Мотив РНК GP20
| ГП20-б | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности РНК GP20-b | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ГП20-б |
| Рфам | РФ03003 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Цис-рег |
| ТАК | SO:0005836 |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив GP20 РНК представляет собой консервативную структуру РНК , которая была открыта биоинформатикой . [1] Мотив GP20 подразделяется на два связанных мотива, называемых GP20-a и GP20-b. РНК GP20-a обнаружены исключительно в метагеномных последовательностях, выделенных из кишечника , в то время как РНК GP20-b обнаружены в бактериях, классифицируемых как Clostridia . Оба мотива имеют схожие, но не идентичные вторичные структуры .
GP20 мотив РНК, вероятно, функционируют как цис-регуляторные элементы , ввиду их расположения выше генов , кодирующих белок . В частности, они последовательно находятся выше генов GP20, функция которых неизвестна. GP20 обычно обнаруживаются в фагах , что позволяет предположить, что GP20 РНК также являются частью фагов. Действительно, одна GP20-b РНК была обнаружена в секвенированном фаге: Streptococcus phage EJ-1.
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (октябрь 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811–10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
