FlexAID
 | В этой статье используются пустые URL-адреса , которые неинформативны и уязвимы для ссылочной порчи . ( Сентябрь 2022 г. ) |
| Оригинальный автор(ы) | Луи-Филипп Моранси, Франсис Годро, Рафаэль Дж. Найманович |
|---|---|
| Репозиторий | github.com/NRGlab/FlexAID |
| Написано в | С , С++ |
| Операционная система | Linux, macOS, Win64 (поддержка и разработка прекращены с 2022 года) |
| Платформа | x86_64, система на чипе на базе ARM (Apple M1 [ Pro Max ]) |
| Тип | Стыковка белок-лиганд |
| Лицензия | Лицензия Apache |
| Веб-сайт | nrglab.github.io |
FlexAID — это программное обеспечение для молекулярной стыковки , которое может использовать малые молекулы и пептиды в качестве лигандов, а также белки и нуклеиновые кислоты в качестве стыковочных целей. Как следует из названия, FlexAID поддерживает полную гибкость лиганда, а также гибкость боковой цепи цели. Он делает это с помощью функции мягкой оценки, основанной на комплементарности двух поверхностей (лиганда и цели).
FlexAID, как было показано, превосходит существующее широко используемое программное обеспечение, такое как AutoDock Vina и FlexX, в прогнозировании поз связывания. Это особенно верно в случаях, когда гибкость цели имеет решающее значение, например, как это, вероятно, будет иметь место при использовании моделей гомологии. [1] [2] [3] Исходный код доступен на GitHub по лицензии Apache . [4]
Графический пользовательский интерфейс
Оригинальными авторами также был разработан плагин PyMOL для FlexAID, NRGsuite. [ 5 ]
Смотрите также
- Стыковка (молекулярная)
- Виртуальный скрининг
- Список программного обеспечения для стыковки белок-лиганд
Ссылки
- ^ https://nrglab.github.io
- ^ Моренси, Луи-Филипп; Годро, Фрэнсис; Найманович, Рафаэль (2018). «Применение NRGsuite и программного обеспечения для молекулярной стыковки FlexAID в вычислительном открытии и проектировании лекарств». Вычислительное открытие и проектирование лекарств . Методы в молекулярной биологии. Том 1762. С. 367–388. doi :10.1007/978-1-4939-7756-7_18. ISBN 978-1-4939-7755-0. PMID 29594781.
- ^ Годро, Фрэнсис; Найманович, Рафаэль Дж. (2015-07-27). «FlexAID: Пересмотр стыковки с неродными сложными структурами». Журнал химической информации и моделирования . 55 (7): 1323–1336. doi : 10.1021/acs.jcim.5b00078 . ISSN 1549-9596. PMID 26076070.
- ^ GitHub - NRGlab/FlexAID: Гибкая стыковка искусственного интеллекта., NRGlab, 2018-02-28 , получено 2019-05-22
- ^ Годро, Фрэнсис; Моренси, Луи-Филипп; Найманович, Рафаэль Дж. (2015-12-01). "NRGsuite: плагин PyMOL для выполнения моделирования стыковки в реальном времени с использованием FlexAID". Биоинформатика . 31 (23): 3856–3858. doi :10.1093/bioinformatics/btv458. ISSN 1367-4803. PMC 4653388. PMID 26249810 .
Внешние ссылки
- — Ресурсы исследовательской группы Наймановича
 | Эта статья о научном программном обеспечении — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее. |
