Флаг Молдавской АССР был создан в 1925 году, когда Всеукраинский съезд Советов 10 мая утвердил Конституцию Молдавской АССР . Так, в разделе VII статьи 48 Конституции было установлено: «Молдавская АССР имеет свой государственный герб и флаг, устанавливаемые Молдавским Центральным Исполнительным Комитетом и утверждаемые Украинским Центральным Исполнительным Комитетом ». 4 сентября 1925 года Президиум Центрального Исполнительного Комитета Молдавской АССР обсудил вопрос «о конкурсе на проект герба и флага и его жюри, состоящем из представителей высших партийных органов и властей Республики». 21 сентября 1925 года Малый Президиум Центрального Исполнительного Комитета во главе с И. Н. Чиор-Янаки возобновил «рассмотрение государственного герба и флага Молдавской АССР». Относительно флага Президиум постановил:
а) серп и молот должны быть идентичны изображенным на гербе СССР ,
б) буквы Р. А. С. С. М. (молдавские инициалы Молдавской АССР кириллицей) размещать в правом верхнем углу, дугообразно , концами вниз,
в) кукурузный и пшеничный колос следует обернуть виноградными листьями так, чтобы они висели посередине.
После этого, 19 октября 1925 года, Центральный Исполнительный Комитет Молдавской АССР утвердил проекты государственного герба и флага Молдавской АССР.
6 января 1938 года VII чрезвычайный съезд Советов Молдавской АССР принял вторую Конституцию Молдавии , флаг которой описывался следующим образом:
Статья 112. Государственным флагом Молдавской АССР является флаг Украинской ССР, состоящий из красного полотнища, на котором в левом верхнем углу, у древка, изображены золотые серп и молот и буквы « СССР » на украинском и молдавском языках, а ниже букв «СССР» более мелким шрифтом — «Молдавская АССР» на украинском и молдавском языках.
Этот флаг вышел из употребления 2 августа 1940 года, когда Молдавская АССР была упразднена, а ее территория была разделена между вновь созданными Молдавской Советской Социалистической Республикой и Украинской Советской Социалистической Республикой .