Файл:Белок KLHL7 PDB 3II7.png

/****** Встроенный скрипт Jmol ****

1. Состояние версии Jmol 12.0.41 2011-02-04 14:47;

# полноеИмя = "jmolApplet0__678794401071338__"; # documentBase = "http://www.pdb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3II7&bionumber=1"; # codeBase = "http://www.pdb.org/pdb/Viewers/jmol-12.0.41/";

функция _setWindowState() {

1. высота 776;
2. ширина 1200;

stateVersion = 1200041; фон [xffffff]; axis1Color = "[xff0000]"; axis2Color = "[x008000]"; axis3Color = "[x0000ff]"; установить ambientPercent 45; установить диффузный процент 84; установить зеркальное отражение true; установить specularPercent 22; установить specularPower 40; установить specularExponent 6; установить zShadePower 1; statusReporting = true;

}

функция _setFileState() {

установить allowEmbeddedScripts как false; установить значение appendNew true; установить appletProxy ""; установить applySymmetryToBonds как false; установить autoBond в значение true; установите BondRadiusMilliAngstroms 150; установить bondTolerance 0,45; установить defaultLattice {0.0 0.0 0.0}; установить defaultLoadFilter ""; установить defaultLoadScript ""; установить по умолчанию VDW Auto; установить forceAutoBond как false; #установить defaultDirectory ""; #set loadFormat "http://www.rcsb.org/pdb/files/%FILE.pdb.gz"; #set smilesUrlFormat "http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/%FILE/file?format=sdf&get3d=True"; #set edsUrlFormat "http://eds.bmc.uu.se/eds/dfs/%LC13/%LCFILE/%LCFILE.omap"; #set edsUrlCutoff "load('http://eds.bmc.uu.se/eds/dfs/%LC13/%LCFILE/%LCFILE.sfdat').lines.find('MAP_SIGMA').split(' ')[2]"; установить legacyAutoBonding как false; установить minBondDistance 0,4; установить критерий минимизации 0,0010; установить минимизациюШагов 100; установить pdbGetHeader false; установить pdbSequential в значение false; установить процентVdwAtom 23; установить smallMoleculeMaxAtoms 40000; установить smartAromatic true; загрузить /*файл*/"http://www1.rcsb.org/pdb/files/3II7.pdb1.gz";

}

функция _setVariableState() {

 установить defaultanglelabel "%VALUE %UNITS"; установить цветовую схему по умолчанию "jmol"; установить метку расстояния по умолчанию "%VALUE %UNITS"; установить defaultdrawarrowscale 0.5; установить defaultlattice "{0 0 0}"; установить defaultloadfilter ""; установить defaultloadscript ""; установить defaulttorsionlabel "%VALUE %UNITS"; установить по умолчанию полупрозрачный 0,5; установить defaultvdw "Авто"; установить allowembeddedscripts в значение true; установить allowrotateselected как false; установить appletproxy ""; установить applysymmetrytobonds как false; установить атомный выбор в истину; установить типы атомов ""; установить автосвязь true; установить autofps false; окно установки осей; установить режим осей 0; установить масштаб осей 2.0; установить bondmode или false; установить бондрадиусмиллиангстрем 150; установить допуск связи 0,45; установить cartoonbaseedges в false; установить cartoonrockets ложным; установить цепочку регистрозависимых ложь; установить разделитель данных "~~~"; установить defaultstructuredssp true; установить задержку максимум 0; установить дипольную шкалу 1.0; установить disablepopupmenu false; установить displaycellparameters в значение true; установить плотность точек 3; установить точечную шкалу 1; установить dotsselectedonly как false; установить dotsurface true; установить dragselected в значение false; установить drawhover false; установить выборку ложной; установить dsspcalculatehydrogenвсегда верно; установить динамические измерения как ложные; установить ellipsoidarcs в значение false; установить эллипсоиды как ложные; задать диаметр оси эллипсоида 0,02; установить эллипсоидболл в значение true; установить ellipsoiddotcount 200; установить ellipsoiddots в значение false; установить ellipsoidfill false; установить forceautobond как false; установить дробно-относительное значение false; установить gestureswipefactor 1.0; установить значение grayscalerendering false; установить hbondsangleminimum 90.0; установить hbondsbackbone в значение false; установить hbondsdistancemaximum 3.25; установить hbondsrasmol true; установить hbondssolid false; установить шаг спирали 1; установить helppath "http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/index.htm"; установить уровень эрмита 0; установить hidenameinpopup как false; установить hidenavigationpoint в false; установить высокое разрешение false; установить уровень истории 0; установить задержку наведения 0,5; установить imagestate в значение true; установить iskiosk false; установить isosurfacepropertysmoothing в значение true; установить justifymeasurements как false; установить loadatomdatatolerance 0,01; установить measureallmodels как false; установить метки измерений истинными; установить messagestylechime false; установить мин. расстояние связи 0,4; установить критерий минимизации 0,0010; установить minimizationrefresh true; установить минимизациюsilent false; установить шаги минимизации 100; установить monitorenergy false; установить множественный радиус-фактор 0,0; установить мультибондспейсинг -1.0; установить navigationsurface false; установить navigationperiodic как false; установить скорость навигации 5.0; установить pdbgetheader false; установить pdbsequential в false; установить процентvdwatom 23; установить скорость вращения 10; установить метку выбора ""; установить допуск на расстояние группы точек 0,2; заданная точкагруппалинейныйдопуск 8,0; установить свойствоatomnumbercolumncount 0; установить свойствоatomnumberfield 0; установить свойствоcolorscheme "roygb"; установить propertydatacolumncount 0; установить свойствоdatafield 0; установить кватернионный кадр "p"; установить rangeselected как false; установить лентусоотношение сторон 16; установить ленту border false; установить ракетные стволы ложными; установить saveproteinstructurestate в значение true; установить selectallmodels в значение true; установить selecthetero true; установить selecthydrogen true; установить сглаживание листов 1.0; установить showhiddenselectionhalos false; установить showhydrogens как true; установить showkeystrokes true; установить showmeasurements в значение true; установить showmultiplebonds true; установите показанную навигационную точку всегда как ложную; установить slabbyatom false; установить slabbymolecule в значение false; набор малыхмолекулмаксатомов 40000; установить smartaromatic true; установить значение параметра SolventProbe false; установить радиус пробы растворителя 1,2; установить ssbondsbackbone true; установить стереоградусы -5; набор нитей для ленты 7; установить количество_строкдля_строк 5; установить радиус стойки по умолчанию 0,3; установить максимальную длину стойки 7,0; установить strutsmultiple false; установить расстояние между распорками 6; установить testflag1 в false; установить testflag2 в false; установить testflag3 в false; установить testflag4 в false; установить tracealpha в значение true; установить usearcball в false; установить useminimizationthread в значение true; установить usenumberlocalization в истину; установить векторный масштаб 1.0; установить вибрационную шкалу 1.0; установить значение wireframerotation false; установить zoomlarge true;

1. значения меток по умолчанию;

не выбирать ничего; цветная метка отсутствует; фоновая метка отсутствует; установить смещение метки 4 4; установить labelAlignment влево; выключить labelPointer; шрифт этикетки 13.0 SansSerif Plain;

}

function _setModelState() { data "connect_atoms" 35 2285 4096 0,0 -2,626 hbond; 46 164 4096 0,0 -2,79 hbond; 54 2272 4096 0,0 -3,04 hbond; 59 141 4096 0,0 -3,04 hbond; 67 2256 4096 0,0 -3,065 hbond; 78 127 4096 0,0 -0,526 hbond; 123 96 8192 0,0 -1,867 hbond; 138 62 4096 0,0 -2,418 hbond; 149 239 4096 0,0 -3,07 hсв; 161 49 4096 0,0 -3,407 hсв; 172 219 4096 0,0 -2,71 hсв; 196 175 8192 0,0 -0,699 hсв; 204 175 10240 0,0 -1,516 hсв; 216 175 12288 0,0 -0,837 hсв; 236 152 4096 0,0 -2,822 hсв; 251 135 4096 0,0 -2,645 hсв; 323 464 4096 0,0 -3,092 hсв; 347 447 4096 0,0 -2,598 hсвязь; 358 427 4096 0,0 -2,098 hсвязь; 380 413 14336 0,0 -2,959 hсвязь; 410 383 8192 0,0 -1,244 hсвязь; 417 557 4096 0,0 -3,011 hсвязь; 424 362 4096 0,0 -3,297 hсвязь; 436 543 4096 0,0 -3,104 hсвязь; 444 350 4096 0,0 -2,716 hсвязь; 456 695 4096 0,0 -2,634 hсвязь; 460 326 4096 0,0 -2,011 hсвязь; 469 489 4096 0,0 -2,433 hсвязь; 504 459 4096 0,0 -2,603 ​​hсвязь; 532 646 4096 0,0 -2,835 hсвязь; 540 439 4096 0,0 -2,234 hсвязь; 548 628 4096 0,0 -2,923 hсвязь; 554 420 4096 0,0 -3,16 hсвязь; 566 608 4096 0,0 -2,748 hсвязь; 574 405 4096 0,0 -3,012 hсвязь; 597 569 10240 0,0 -1,004 hсвязь; 605 569 12288 0,0 -1,579 hсвязь; 625 551 4096 0,0 -3,003 hсвязь; 643 535 4096 0,0 -2,736 hсвязь; 660 515 4096 0,0 -2,959 hсвязь; 703 817 4096 0,0 -2,963 hсвязь; 711 337 4096 0,0 -2,838 hсвязь; 725 803 4096 0,0 -2,503 hсвязь; 735 784 4096 0,0 -1,951 hсвязь; 746 767 14336 0,0 -2,507 hсвязь; 764 749 8192 0,0 -1,619 hсвязь; 773 925 4096 0,0 -3,147 hсвязь; 781 738 4096 0,0 -2,815 hсвязь; 793 910 4096 0,0 -2,291 hсвязь; 800 728 4096 0,0 -2,734 hсвязь; 806 891 4096 0,0 -2,751 hсвязь; 810 1070 4096 0,0 -2,612 hсвязь; 814 706 4096 0,0 -2,739 hсвязь; 820 843 14336 0,0 -0,59 hсвязь; 840 823 8192 0,0 -1,058 hсвязь; 859 813 4096 0,0 -2,097 hсвязь; 907 796 4096 0,0 -2,513 hсвязь; 916 999 4096 0,0 -3,199 hсвязь; 922 776 4096 0,0 -2,907 hсвязь; 934 979 4096 0,0 -3,161 hсвязь; 942 763 4096 0,0 -2,41 hсвязь; 967 937 10240 0,0 -1,637 hсвязь; 976 937 12288 0,0 -1,139 hсвязь; 996 919 4096 0,0 -2,489 hсвязь; 1013 899 4096 0,0 -2,63 hсвязь; 1035 871 4096 0,0 -2,494 hсвязь; 1067 862 4096 0,0 -2,158 hсвязь; 1078 1204 4096 0,0 -2,403 hсвязь; 1087 714 4096 0,0 -2,578 hсвязь; 1103 1190 4096 0,0 -2,106 hсвязь; 1115 1167 4096 0,0 -2,756 hсвязь; 1131 1151 14336 0,0 -2,973 hсвязь; 1148 1134 8192 0,0 -1,67 hсвязь; 1156 1322 4096 0,0 -2,526 hсвязь; 1164 1118 4096 0,0 -3,004 hсвязь; 1176 1306 4096 0,0 -2,982 hсвязь; 1187 1106 4096 0,0 -1,868 hсвязь; 1193 1294 4096 0,0 -2,576 hсвязь; 1197 1458 4096 0,0 -2,775 hсвязь; 1201 1082 4096 0,0 -3,006 hсвязь; 1207 1255 4096 0,0 -2,458 hсвязь; 1248 1222 10240 0,0 -1,009 hсвязь; 1252 1210 4096 0,0 -2,581 hсвязь; 1270 1200 4096 0,0 -3,168 hсвязь; 1303 1180 4096 0,0 -2,422 hсвязь; 1312 1391 4096 0,0 -2,633 hсвязь; 1319 1159 4096 0,0 -3,153 hсвязь; 1331 1370 4096 0,0 -2,03 hсвязь; 1351 1334 8192 0,0 -0,8 hсвязь; 1358 1334 10240 0,0 -1,675 hсвязь; 1367 1334 12288 0,0 -1,035 hсвязь; 1388 1315 4096 0,0 -2,939 hсвязь; 1404 1300 4096 0,0 -2.499 hсвязь; 1425 1282 4096 0,0 -2,956 hсвязь; 1455 1273 4096 0,0 -2,065 hсвязь; 1466 1604 4096 0,0 -2,631 hсвязь; 1475 1090 4096 0,0 -2,48 hсвязь; 1493 1589 4096 0,0 -2,647 hсвязь; 1505 1573 4096 0,0 -2,223 hсвязь; 1523 1551 14336 0,0 -2,733 hсвязь; 1539 1526 6144 0,0 -2,044 hсвязь; 1547 1526 8192 0,0 -0,884 hсвязь; 1562 1693 4096 0,0 -1,995 hсвязь; 1570 1508 4096 0,0 -2,981 hсвязь; 1581 1672 4096 0,0 -2,913 hсвязь; 1586 1496 4096 0,0 -2,509 hсвязь; 1593 1657 4096 0,0 -1,916 hсвязь; 1601 1469 4096 0,0 -2,213 hсвязь; 1610 1633 14336 0,0 -3,195 hсвязь; 1630 1613 8192 0,0 -1,224 hсвязь; 1638 1600 4096 0,0 -1,808 hсвязь; 1638 1844 4096 0,0 -1,786 hсвязь; 1669 1584 4096 0,0 -2,437 hсвязь; 1678 1769 4096 0,0 -3,044 hсвязь; 1690 1565 4096 0,0 -3,001 hсвязь; 1702 1746 4096 0,0 -3,078 hсвязь; 1710 1542 4096 0,0 -1,2 hсвязь; 1710 1693 6144 0,0 -0,916 hсвязь; 1735 1705 10240 0,0 -1,624 hсвязь; 1743 1705 12288 0,0 -1,221 hсвязь; 1766 1681 4096 0,0 -2,578 hсвязь; 1783 1665 4096 0,0 -2,476 hсвязь; 1803 1649 4096 0,0 -2,524 hсвязь; 1845 1978 4096 0,0 -2,518 hсвязь; 1852 1978 4096 0,0 -1,932 hсвязь; 1859 1478 4096 0,0 -2,107 hсвязь; 1870 1969 4096 0,0 -2,609 hсвязь; 1894 1942 4096 0,0 -2,524 hсвязь; 1904 1927 14336 0,0 -2,316 hсвязь; 1924 1907 8192 0,0 -1,654 hсвязь; 1932 2082 4096 0,0 -2,894 hсвязь; 1939 1897 4096 0,0 -2,803 hсвязь; 1951 2065 4096 0,0 -2,693 hсвязь; 1958 1874 4096 0,0 -2,607 hbond; 1966 1874 4096 0,0 -1,337 hbond; 1986 2019 14336 0,0 -2,792 hbond; 2032 1974 4096 0,0 -3,067 hbond; 2054 2189 4096 0,0 -2,58 hbond; 2062 1954 4096 0,0 -2,432 hbond; 2070 2154 4096 0,0 -2,94 hbond; 2079 1935 4096 0,0 -2,984 hbond; 2091 2133 4096 0,0 -2,852 hсвязь; 2099 1919 4096 0,0 -2,144 hсвязь; 2122 2094 10240 0,0 -1,466 hсвязь; 2130 2094 12288 0,0 -1,315 hсвязь; 2151 2073 4096 0,0 -2,669 hсвязь; 2163 2057 4096 0,0 -3,114 hсвязь; 2171 2161 6144 0,0 -0,967 hсвязь; 2186 2166 8192 0,0 -1,421 hсвязь; 2204 2043 4096 0,0 -2,066 hbond; 2209 1961 4096 0,0 -3,065 hbond; 2234 2223 6144 0,0 -1,016 hbond; 2247 2230 8192 0,0 -1,086 hbond; 2253 70 4096 0,0 -2,787 hbond; 2269 57 4096 0,0 -2,106 hbond; 2282 38 4096 0,0 -3,055 hbond; 2297 18 4096 0,0 -2,373 hbond; конец "connect_atoms";0 -1,624 hсвязь; 1743 1705 12288 0,0 -1,221 hсвязь; 1766 1681 4096 0,0 -2,578 hсвязь; 1783 1665 4096 0,0 -2,476 hсвязь; 1803 1649 4096 0,0 -2,524 hсвязь; 1845 1978 4096 0,0 -2,518 hсвязь; 1852 1978 4096 0,0 -1,932 hсвязь; 1859 1478 4096 0,0 -2,107 hсвязь; 1870 1969 4096 0,0 -2,609 hсвязь; 1894 1942 4096 0,0 -2,524 hсвязь; 1904 1927 14336 0,0 -2,316 hсвязь; 1924 1907 8192 0,0 -1,654 hсвязь; 1932 2082 4096 0,0 -2,894 hсвязь; 1939 1897 4096 0,0 -2,803 hсвязь; 1951 2065 4096 0,0 -2,693 hсвязь; 1958 1874 4096 0,0 -2,607 hсвязь; 1966 1874 4096 0,0 -1,337 hbond; 1986 2019 14336 0,0 -2,792 hbond; 2032 1974 4096 0,0 -3,067 hbond; 2054 2189 4096 0,0 -2,58 hbond; 2062 1954 4096 0,0 -2,432 hbond; 2070 2154 4096 0,0 -2,94 hbond; 2079 1935 4096 0,0 -2,984 hbond; 2091 2133 4096 0,0 -2,852 hbond; 2099 1919 4096 0,0 -2,144 hсвязь; 2122 2094 10240 0,0 -1,466 hсвязь; 2130 2094 12288 0,0 -1,315 hсвязь; 2151 2073 4096 0,0 -2,669 hсвязь; 2163 2057 4096 0,0 -3,114 hсвязь; 2171 2161 6144 0,0 -0,967 hсвязь; 2186 2166 8192 0,0 -1,421 hсвязь; 2204 2043 4096 0,0 -2,066 hсвязь; 2209 1961 4096 0,0 -3,065 hbond; 2234 2223 6144 0,0 -1,016 hbond; 2247 2230 8192 0,0 -1,086 hbond; 2253 70 4096 0,0 -2,787 hbond; 2269 57 4096 0,0 -2,106 hbond; 2282 38 4096 0,0 -3,055 hbond; 2297 18 4096 0,0 -2,373 hbond; конец "connect_atoms";0 -1,624 hсвязь; 1743 1705 12288 0,0 -1,221 hсвязь; 1766 1681 4096 0,0 -2,578 hсвязь; 1783 1665 4096 0,0 -2,476 hсвязь; 1803 1649 4096 0,0 -2,524 hсвязь; 1845 1978 4096 0,0 -2,518 hсвязь; 1852 1978 4096 0,0 -1,932 hсвязь; 1859 1478 4096 0,0 -2,107 hсвязь; 1870 1969 4096 0,0 -2,609 hсвязь; 1894 1942 4096 0,0 -2,524 hсвязь; 1904 1927 14336 0,0 -2,316 hсвязь; 1924 1907 8192 0,0 -1,654 hсвязь; 1932 2082 4096 0,0 -2,894 hсвязь; 1939 1897 4096 0,0 -2,803 hсвязь; 1951 2065 4096 0,0 -2,693 hсвязь; 1958 1874 4096 0,0 -2,607 hсвязь; 1966 1874 4096 0,0 -1,337 hbond; 1986 2019 14336 0,0 -2,792 hbond; 2032 1974 4096 0,0 -3,067 hbond; 2054 2189 4096 0,0 -2,58 hbond; 2062 1954 4096 0,0 -2,432 hbond; 2070 2154 4096 0,0 -2,94 hbond; 2079 1935 4096 0,0 -2,984 hbond; 2091 2133 4096 0,0 -2,852 hbond; 2099 1919 4096 0,0 -2,144 hсвязь; 2122 2094 10240 0,0 -1,466 hсвязь; 2130 2094 12288 0,0 -1,315 hсвязь; 2151 2073 4096 0,0 -2,669 hсвязь; 2163 2057 4096 0,0 -3,114 hсвязь; 2171 2161 6144 0,0 -0,967 hсвязь; 2186 2166 8192 0,0 -1,421 hсвязь; 2204 2043 4096 0,0 -2,066 hсвязь; 2209 1961 4096 0,0 -3,065 hbond; 2234 2223 6144 0,0 -1,016 hbond; 2247 2230 8192 0,0 -1,086 hbond; 2253 70 4096 0,0 -2,787 hbond; 2269 57 4096 0,0 -2,106 hbond; 2282 38 4096 0,0 -3,055 hbond; 2297 18 4096 0,0 -2,373 hbond; конец "connect_atoms";

выбрать ({0:2309 2410:2747}); цветные атомы непрозрачная структура; выбрать ({2310:2409}); Заполнение пространства 0,5; выбрать ({0:2309 2410:2747}); Заполнение пространства 0,0; выберите ОБЛИГАЦИИ ({2383:2457}); каркас 0,16; выберите ОБЛИГАЦИИ ({2458:2614}); цветные связки непрозрачные [xff00ff]; выберите ОБЛИГАЦИИ ({0:2382 2458:2614}); каркас 0.0;

меры удалить; выберите *; установите меры ангстремы; Размер шрифта 15.0 SansSerif Plain;

выбрать ({0:2309}); Мультфильм включен; цветная мультяшная непрозрачная структура;

boundBox выключен; шрифт boundBox 14.0 SansSerif Plain; boundBox выключен;

ячейка выключена; шрифт unitcell 14.0 SansSerif Plain; ячейка выключена;

наведите курсор на «%U»;

откровенно; шрифт frank 16.0 SansSerif Bold; выбирать *;

}

функция _setPerspectiveState() {

установить перспективуМодель 11; установить масштабАнгстремперинч 0,0; установить perspectiveDepth в значение true; установить visualRange 5.0; установить камеруDepth 3.0; углы ограниченного поля {-6,2770004 -11,601002 -6,4210014} {47,374 37,259 40,634} # объем = 123349,414; центр {20,5485 12,828999 17,106499}; moveto -1,0 {0 0 1 0} 100,0 0,0 0,0 {20,5485 12,828999 17,106499} 33,47283 {0,0 0,0 0,0} 0,0 0,0 0,0; сохранить ориентацию «по умолчанию»; moveto 0,0 { 810 -577 -106 112,82} 87,06 0,0 0,0 {20,5485 12,828999 17,106499} 33,47283 {0,0 0,0 0,0} 9,258357 -49,300667 0,0;; плита 100;глубина 0; установить spinX 0; установить spinY 30; установить spinZ 0; установить spinFps 30; установить navX 0; установить navY 0; установить navZ 0; установить navFps 10;

}

функция _setSelectionState() {

установить hideNotSelected как false;

}

функция _setState() {

инициализировать; установить обновление false; _setWindowState; _setFileState; _setVariableState; _setModelState; _setPerspectiveState; _setSelectionState; установить обновление true; установить antialiasDisplay true; установить antialiasTranslucent true; установить antialiasImages true;

}

_setState;

• • /