Файл:Dna-SNP.svg

Этот файл был получен из 3D-модели ДНК, преобразован в SVG и раскрашен с помощью скрипта STL2SVG Дэвида Эклза:

тип=orig; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svgтип=mut; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg

Затем модели ДНК были объединены и аннотированы с помощью Inkscape. ДНК-скелет для модели представляет собой пятиугольник, выдавленный по синусоиде с помощью скрипта Дэвида Экклза «Guide Path Extrude». Исходный файл модели (в формате OpenSCAD) показан ниже:

использовать <guided_extrude.scad>;hl = 100; // длина спиралиhp = 33,2; // шаг спирали [в ангстремах]hr = 10; // радиус спирали [в ангстремах]bbr = 1.5; // радиус остовапетли = гл / лс;// случайные базы//bases = rands(0, 4, ceil(360 * loops / 34.3),1);// *ГРИНГЕН* -- ТАА ГГН МГН АТХ ААЙ ГГН ГАР ААЙ ГАР ТГА// -- TAA GGC AGG ATC AAC GGC GAG AAC GAG TGA// А = 0; Г = 1; С = 2; Т = 3// [отличается от моего обычного заказа,// для упрощения логики 3D-модели]основания = [3,3,3, 1,1,2, 0,1,1, 0,3,2, 0,0,2, 1,1,2, 1,0,1, 0,0,2, 1,0,1, 3,1,0];bAng = atan2(sin(120) - sin(0), cos(120) - cos(0));drawMode = "все";модуль lineTo(x1, x2){ корпус(){ перевести(x1) сферу(r=0.25, $fn=5); перевести(x2) сферу(r=0.25, $fn=5); }}backbone_profile = [for(th = [0:72:359]) [bbr*cos(th), bbr*sin(th)*1]];вкл = пол($t * 30);thf = ($t * 30) - вкл;h1limit = (360 * циклы);h1jump = (360 * циклы);helix_1 = [for(th = [(thf*34.3):(34.3/2):h1jump]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * th / (360 * циклов)]];helix_2 = [for(th = [120:(34.3/2):(360 * loops+120)]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * (th-120) / (360 * циклы)]];модуль пурин(){ linear_extrude(высота=0,75, центр=истина){ // средняя длина водородной связи в воде: 1,97 А // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details  перевести([-0.985,0]) // шкала: среднее значение длины связи CC и C=C масштаб (1,435) перевод ([-2,0]) поворот (12) поворот (18) { вращать(-30) перевести([1,0]) круг(r=1, $fn=6); цвет("синий") вращать(36) перевести([-1 / (2*sin(36)),0]) круг(r=1 / (2*sin(36)), $fn=5); } }}модуль пиримидин(){ linear_extrude(высота=0,75, центр=истина){ // средняя длина водородной связи в воде: 1,97 А // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details  перевести([-0.985,0]) масштаб(1.435) перевести([-2, 0]) перевести([1,0]) круг(r=1, $fn=6); }}$vpt = [0, 0, 0];//$vpr = [310, 105, 10];$vpr = [0, 0, 0];вращать([310, 105, 130]) переводить([0,0,-hl/2]) { если(drawMode == "все" || drawMode == "helix1") цвет("светло-голубой") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_1); если(drawMode == "все" || drawMode == "helix2") цвет("розовый") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_2); для (thb = [inc:(360 * циклы / 34,3 + inc)]) { thi = thb-inc; th = (thi-thf) * 34,3; этаБаза = базы[этаж(thb%30)]; doPur = (thisBase < 2); // базовая связь имеет угол -1,2°; // не совсем уверен, как это реализовать baseFrac = (doPur ? 0,55 : 0,45); baseFInv = 1 - baseFrac; translate([0,0,hl * th / (360 * циклы)]) rotate([-1.2,0,0]){ если(drawMode == "все" || drawMode == "helix2") цвет("розовый") lineTo([hr * cos(th)*(baseFrac-0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac+0.15), hr * sin(th)*(baseFrac-0,15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac+0,15)], [hr * cos(th+120), hr * sin(th+120)]); если(th < (h1jump)) если(drawMode == "все" || drawMode == "helix1") цвет("светло-голубой") lineTo([hr * cos(th), hr * sin(th)], [hr * cos(th)*(baseFrac+0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac-0.15), hr * sin(th)*(baseFrac+0,15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac-0.15)]); если(drawMode == "все" || (drawMode == "A" && thisBase == 0) || (drawMode == "G" && thisBase == 1) || (drawMode == "C" && thisBase == 2) || (drawMode == "T" && thisBase == 3) ) цвет((thisBase < 1) ? "зеленый" : (thisBase < 2) ? "золото" : (thisBase < 3) ? "синий" : "красный") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) поворот(180 + bAng + th) если(doPur) { пурин(); } иначе { пиримидин(); }; если(drawMode == "все" || (drawMode == "A" && thisBase == 3) || (drawMode == "G" && thisBase == 2) || (drawMode == "C" && thisBase == 1) || (drawMode == "T" && thisBase == 0) ) если(th < (h1jump)) цвет((thisBase < 1) ? "красный" : (thisBase < 2) ? "синий": (thisBase < 3) ? "золото" : "зеленый") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) вращать(bAng+th) если(doPur) { пиримидин(); } иначе { пурин(); }; } } если(drawMode == "все" || drawMode == "helix1") цвет("светло-голубой") { перевести(helix_1[len(helix_1)-1]) сфера(r=bbr, $fn=5); перевести(helix_1[0]) сфера(r=bbr, $fn=5); } если(drawMode == "все" || drawMode == "helix2") цвет("розовый") { перевести(helix_2[0]) сфера(r=bbr, $fn=5); translate(helix_2[len(helix_2)-1]) сфера(r=bbr, $fn=5); }}

Я, владелец авторских прав на данную работу, настоящим публикую ее на условиях следующих лицензий:

Разрешается копировать, распространять и/или изменять этот документ в соответствии с условиями GNU Free Documentation License версии 1.2 или любой более поздней версии, опубликованной Free Software Foundation; без неизменяемых разделов, без текстов на передней обложке и без текстов на задней обложке. Копия лицензии включена в раздел под названием GNU Free Documentation License .http://www.gnu.org/copyleft/fdl.htmlГФДЛЛицензия свободной документации GNUистинныйистинный

Этот файл лицензирован по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.

Атрибуция: модель SNP Дэвида Эклза (Gringer)

Вы свободны:

• делиться – копировать, распространять и передавать работу
• ремиксовать – адаптировать произведение

При следующих условиях:

• атрибуция – Вы должны указать соответствующее авторство, предоставить ссылку на лицензию и указать, были ли внесены изменения. Вы можете сделать это любым разумным способом, но не таким образом, который подразумевает, что лицензиар одобряет вас или ваше использование.

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0CC BY 4.0Лицензия Creative Commons Attribution 4.0истинныйистинный

Вы можете выбрать лицензию по своему усмотрению.