Белок 9-го мотива связывания РНК (RBM9) , также известный как Rbfox2 , представляет собой белок , который у людей кодируется геном RBM9 . [5]
Функция
Rbfox2 — один из нескольких человеческих генов, похожих на ген Fox-1 C. elegans . Этот ген кодирует белок, связывающий РНК, который считается ключевым регулятором альтернативного сплайсинга в нервной системе и других типах клеток. Rbfox2 и связанный с ним белок Rbfox1 связываются с консервативными мотивами РНК (U)GCAUG в интронах, смежных со многими альтернативно сплайсированными экзонами, и способствуют включению или исключению альтернативного экзона в зрелых транскриптах. [6] [7] Белок также взаимодействует с фактором транскрипции эстрогенового рецептора 1 и регулирует транскрипционную активность эстрогенового рецептора 1. Для этого гена были обнаружены множественные варианты транскриптов, кодирующие различные изоформы. [5]
Rbfox2, как определено CLIP-seq, связывается около альтернативно сплайсированных экзонов и регулирует включение или исключение экзонов во время альтернативного сплайсинга путем связывания в интронах либо ниже по течению (включение), либо выше по течению (пропуск экзона) экзонов. Его присутствие важно для выживания стволовых клеток, а нокдауны Rbfox2 активируют маркеры апоптоза . [8]
^ abc ENSG00000100320 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000277564, ENSG00000100320 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000033565 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ ab "Ген Entrez: белок 9 мотива связывания РНК RBM9".
^ Jin, Y. (2003-02-17). «РНК-связывающий белок позвоночных Fox-1 регулирует тканеспецифический сплайсинг через пентануклеотид GCAUG». The EMBO Journal . 22 (4): 905–912 . doi :10.1093/emboj/cdg089. ISSN 1460-2075. PMC 145449. PMID 12574126 .
^ Ponthier, Julie L.; Schluepen, Christina; Chen, Weiguo; Lersch, Robert A.; Gee, Sherry L.; Hou, Victor C.; Lo, Annie J.; Short, Sarah A.; Chasis, Joel A.; Winkelmann, John C.; Conboy, John G. (14.03.2006). "Fox-2 Splicing Factor Binds to a Conserved Intron Motif to Promote Inclusion of Protein 4.1R Alternative Exon 16". Journal of Biological Chemistry . 281 (18): 12468– 12474. doi : 10.1074/jbc.m511556200 . ISSN 0021-9258. PMID 16537540.
^ Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (февраль 2009 г.). «РНК-код регулятора сплайсинга FOX2, выявленный путем картирования взаимодействий РНК-белок в стволовых клетках». Nature Structural & Molecular Biology . 16 (2): 130– 137. doi :10.1038/nsmb.1545. PMC 2735254 . PMID 19136955.
Дальнейшее чтение
Dunham I, Shimizu N, Roe BA и др. (1999). «Последовательность ДНК человеческой хромосомы 22». Nature . 402 (6761): 489– 495. Bibcode :1999Natur.402..489D. doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208.
Либерман АП, Фридлих ДЛ, Хармисон Г и др. (2001). «Андрогены регулируют гомологи генов определения пола беспозвоночных млекопитающих tra-2 и fox-1». Biochem. Biophys. Res. Commun . 282 (2): 499– 506. doi :10.1006/bbrc.2001.4617. PMID 11401487. S2CID 16858834.
Norris JD, Fan D, Sherk A, McDonnell DP (2002). «Отрицательный корегулятор для человеческого ER». Mol. Endocrinol . 16 (3): 459– 468. doi : 10.1210/me.16.3.459 . PMID 11875103.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH и др. (2003). «Создание и начальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей ДНК человека и мыши». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899– 16903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .
Collins JE, Goward ME, Cole CG и др. (2003). «Повторная оценка аннотации генов человека: анализ второго поколения хромосомы 22». Genome Res . 13 (1): 27– 36. doi :10.1101/gr.695703. PMC 430954. PMID 12529303 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК». Nat. Genet . 36 (1): 40– 45. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039.
Collins JE, Wright CL, Edwards CA и др. (2005). «Подход к клонированию человеческого ORF на основе аннотации генома». Genome Biol . 5 (10): R84. doi : 10.1186 /gb-2004-5-10-r84 . PMC 545604. PMID 15461802.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA и др. (2004). «Состояние, качество и расширение проекта NIH по полноразмерной ДНК: коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res . 14 (10B): 2121– 2127. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 .
Rual JF, Venkatesan K, Hao T и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Nature . 437 (7062): 1173– 1178. Bibcode :2005Natur.437.1173R. doi :10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Underwood JG, Boutz PL, Dougherty JD и др. (2005). «Гомологи белка Fox-1 Caenorhabditis elegans являются регуляторами нейронального сплайсинга у млекопитающих». Mol. Cell. Biol . 25 (22): 10005– 10016. doi :10.1128/MCB.25.22.10005-10016.2005. PMC 1280273. PMID 16260614 .
Кимура К, Вакамацу А, Сузуки Й и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: крупномасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов человеческих генов». Genome Res . 16 (1): 55– 65. doi :10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560 .
Ponthier JL, Schluepen C, Chen W, et al. (2006). "Фактор сплайсинга Fox-2 связывается с консервативным мотивом интрона, способствуя включению альтернативного экзона 16 белка 4.1R". J. Biol. Chem . 281 (18): 12468– 12474. doi : 10.1074/jbc.M511556200 . PMID 16537540.
Lim J, Hao T, Shaw C и др. (2006). «Сеть взаимодействия белок-белок при наследственных атаксиях и расстройствах дегенерации клеток Пуркинье у человека». Cell . 125 (4): 801– 814. doi : 10.1016/j.cell.2006.03.032 . PMID 16713569.
Внешние ссылки
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : O43251 (РНК-связывающий белок fox-1 гомолог 2) на сайте PDBe-KB .
