Экзонуклеаза III

Экзонуклеаза III
Кристаллическая структура экзонуклеазы III
из E. coli . [1] [2]
Идентификаторы
ОрганизмШтамм кишечной палочки K-12/MG1655
СимволxthA
Альтернативные символыExoIII
Энтрез946254
RefSeq (Прот)NP_416263
UniProtР09030
Другие данные
Номер ЕС3.1.11.2
хромосомагеном: 1,83 - 1,83 Мб
Искать
СтруктурыШвейцарская модель
ДоменыИнтерПро

Экзонуклеаза III (ExoIII) — фермент , принадлежащий к семейству экзонуклеаз . ExoIII катализирует поэтапное удаление мононуклеотидов с 3´-гидроксильных концов двухцепочечной ДНК . [1] Во время каждого события связывания удаляется ограниченное количество нуклеотидов , что приводит к скоординированным прогрессивным делециям в популяции молекул ДНК . [2]

Функция

Предпочтительными субстратами являются тупые или углубленные 3´-концы, хотя ExoIII также действует на надрезы в дуплексной ДНК, создавая одноцепочечные разрывы. Фермент не активен на одноцепочечной ДНК, и, таким образом, 3´-выступающие концы устойчивы к расщеплению. Степень устойчивости зависит от длины удлинения, при этом удлинения длиной 4 основания или длиннее по существу устойчивы к расщеплению. Это свойство используется для создания однонаправленных делеций из линейной молекулы с одним устойчивым (3´-выступ) и одним восприимчивым (тупым или 5´-выступ) концом. [3]

Активность ExoIII частично зависит от спиральной структуры ДНК [4] и проявляет зависимость от последовательности (C>A=T>G) [5] .

Также сообщалось, что ExoIII обладает активностью РНКазы H, 3´-фосфатазы и AP-эндонуклеазы. [1]

Текущие исследования

Существует много различных экзонуклеаз, и многие из них еще предстоит открыть в бактериях, текущие исследования проводятся на E. coli . Многие экзонуклеазы попадают в суперсемейства с различными доменами жизни, что доказывает, что экзонуклеаза III является древней. Экзонуклеазы появились на ранних этапах истории жизни и играют жизненно важную биологическую роль. [6]

Регулирование

Температура , концентрация соли и соотношение фермента и ДНК существенно влияют на активность фермента, поэтому условия реакции должны подбираться в соответствии с конкретными задачами.

Ссылки

  1. ^ abc PDB : 1ako ​; Mol CD, Kuo CF, Thayer MM, Cunningham RP, Tainer JA (март 1995). "Структура и функция многофункционального фермента репарации ДНК экзонуклеазы III". Nature . 374 (6520): 381–6. Bibcode :1995Natur.374..381M. doi :10.1038/374381a0. PMID  7885481. S2CID  4335526.
  2. ^ ab Изображение создано в MacPyMOL©2006 DeLano Scientific
  3. ^ Rogers SG, Weiss B (1980). "Экзонуклеаза III Escherichia coli K-12, эндонуклеаза AP". Nucleic Acids Part I. Methods in Enzymology. Vol. 65. pp. 201–11. doi :10.1016/S0076-6879(80)65028-9. ISBN 978-0-12-181965-1. PMID  6246343.
  4. ^ Maniatis T, Sambrook J, Fritsch EF (1989). Молекулярное клонирование: лабораторное руководство (2-е изд.). Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory. стр. 5.84–5. ISBN 978-0-87969-309-1.
  5. ^ Хеникофф С. (июнь 1984 г.). «Однонаправленное расщепление экзонуклеазой III создает целевые точки разрыва для секвенирования ДНК». Gene . 28 (3): 351–9. doi :10.1016/0378-1119(84)90153-7. PMID  6235151.
  6. ^ Lovett ST (декабрь 2011 г.). «ДНК-экзонуклеазы Escherichia coli». EcoSal Plus . 4 (2). doi :10.1128/ecosalplus.4.4.7. PMC 4238392. PMID  26442508 . 

Дальнейшее чтение

  • Richardson CC, Lehman IR, Kornberg A (январь 1964). "Фосфатаза-экзонуклеаза дезоксирибонуклеиновой кислоты из Escherichia coli. II. Характеристика экзонуклеазной активности" (PDF) . Журнал биологической химии . 239 (1): 251–8. doi : 10.1016/S0021-9258(18)51775-0 . PMID  14114851.
  • Linxweiler W, Hörz W (август 1982 г.). "Специфичность последовательности экзонуклеазы III из E. coli". Nucleic Acids Research . 10 (16): 4845–59. doi : 10.1093/nar/10.16.4845. PMC  320823. PMID  6752885.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Экзонуклеаза_III&oldid=1230319573"