Эндров

Эндров
	Окна изображений Эндрова
Разработчик(и)	Йохан Хенрикссон ( Каролинский институт )
Окончательный релиз	2.15 / 17 июня 2009 (официальный релиз)
Операционная система	Любой ( на основе Java )
Тип	Обработка изображений и анализ изображений
Лицензия	Новая лицензия BSD
Веб-сайт	www.endrov.net

Программное обеспечение для анализа изображений и обработки данных

Endrov ^[1] — это архитектура плагина с открытым исходным кодом , предназначенная для анализа изображений и обработки данных. ^[2] Будучи основанной на Java , она является переносимой и может быть запущена как локально, так и в качестве апплета . Она возникла из потребности в передовом программном обеспечении с открытым исходным кодом, которое может справляться со сложными пространственно-временными данными изображений, в основном полученными с микроскопов в биологических исследованиях. Она заимствует большую часть философии из ImageJ, но стремится заменить ее, имея более современный дизайн.

Эндров возник из-за необходимости создания программного обеспечения для картирования эмбриогенеза C.elegans . ^[3]

Ведущий разработчик Йохан Хенрикссон — аспирант Каролинского института .

Технические характеристики

Endrov — это и библиотека, и программа визуализации. В дизайне особое внимание уделено отделению кода GUI от типов данных, фильтров и других плагинов обработки данных. Идея заключается в том, что программа может использоваться для большинства повседневных задач или прототипирования, а для более масштабной пакетной обработки или интеграции код вызывается как библиотека.

Как программа, Endrov может делать то, что вы ожидаете от обычного программного обеспечения для обработки изображений. Он должен быть хакерским; интеграция новых инструментов редактирования, окон и типов данных должна быть простой. Главные особенности, которые отличают его от другого программного обеспечения для обработки изображений, заключаются в том, что он может обрабатывать дополнительные измерения (XYZ, время, канал), которые необходимы для более серьезной микроскопии. Фильтры также могут использоваться без непосредственного применения и могут быть составлены в последовательности фильтров. Данные (например, полученные в результате анализа) хранятся вместе с изображениями.

Исходный формат изображения — OST, но поддерживаются большинство распространенных форматов.

Сравнение с ImageJ

ImageJ старше, поэтому он более зрелый и имеет больше плагинов. Это ограничивает то, сколько ImageJ можно изменить, не нарушая обратную совместимость, что привело к накоплению недостатков дизайна с течением времени. Endrov жертвует всей обратной совместимостью ради чистого дизайна. В то время как ImageJ состоит из ядра и довольно независимых плагинов, Endrov имеет мало основных функций и множество зависимостей плагин-плагин. Цель состоит в том, чтобы усилить интеграцию и увеличить инкапсуляцию, тем самым уменьшив избыточность кода и упростив обслуживание. Например, графический интерфейс отделен от большинства плагинов алгоритмов; алгоритмы просто предоставляют описания ввода и вывода.

Смотрите также

Ссылки

^ Endrov впервые был представлен на международном уровне на Международной конференции по червям 2007 г.: Йохан Хенрикссон и др.: Virtual-Worm Base — инструмент для изучения генной экспрессии C. elegans.
^ "Endrov: интегрированная платформа для анализа изображений" Nature Methods . Получено 22 сентября 2013 г.
^ Хенч, Дж.; Хенрикссон, Дж.; Люпперт, М.; Бюрглин, ТР. (2009). «Пространственно-временная референтная модель эмбриогенеза Caenorhabditis elegans с картами контактов клеток». Developmental Biology . 333 (1): 1– 13. doi : 10.1016/j.ydbio.2009.06.014 . PMID 19527702.

Внешние ссылки

Официальный сайт Эндрова

[1] Endrov впервые был представлен на международном уровне на Международной конференции по червям 2007 г.: Йохан Хенрикссон и др.: Virtual-Worm Base — инструмент для изучения генной экспрессии C. elegans.

[2] "Endrov: интегрированная платформа для анализа изображений" Nature Methods . Получено 22 сентября 2013 г.

[3] Хенч, Дж.; Хенрикссон, Дж.; Люпперт, М.; Бюрглин, ТР. (2009). «Пространственно-временная референтная модель эмбриогенеза Caenorhabditis elegans с картами контактов клеток». Developmental Biology . 333 (1): 1– 13. doi : 10.1016/j.ydbio.2009.06.014 . PMID 19527702.