Эмма Ходкрофт

шотландско-американский эпидемиолог
Эмма Б. Ходкрофт
Эмма Ходкрофт
Рожденный1986
ОбразованиеТехасский христианский университет (TCU), Эдинбургский университет
Родители
Веб-сайтemmahodcroft.com

Эмма Ходкрофт (родилась в 1986 году) — британо-американский [1] молекулярный эпидемиолог в Институте социальной и профилактической медицины Бернского университета . [2] [3] [4] Ее исследования сосредоточены на филогенетике вирусов и других патогенов , картировании распространения и эволюции различных генетических вариантов. Ходкрофт является разработчиком проекта Nextstrain , [5] открытого научного проекта, который отслеживает цепочки передачи SARS-CoV-2 и других патогенов. [6] В 2020 году она создала CoVariants.org, проект по отслеживанию вариантов SARS-CoV-2. [7]

Работа Nextstrain приобрела мировую известность во время пандемии COVID-19 и широко цитировалась в научных и медийных репортажах. [8] [9] [10] [11] Как ученый, отслеживающий распространение вируса по всему миру, Ходкрофт был соавтором статей по таким темам, как распространение ранней пандемии из страны в страну, потенциальная сезонность, а также распространенность и распространение вызывающих беспокойство вариантов. [12] [13] [14]

Ранняя жизнь и образование

Ходкрофт родилась в семье американки Эллен Луизы Бойер и британца Кена Ходкрофта . [15] После развода родителей она и двое ее младших братьев и сестер жили попеременно в Техасе и Шотландии. [8] [15]

Ходкрофт получила степень бакалавра по биологии в Техасском христианском университете (TCU). Она работала с профессором Джоном Хорнером, изучая плотоядные растения-кувшинчики Sarracenia alata , изучая генетическую изменчивость среди географически различных популяций растений. Эта работа показала, что клональное размножение, считавшееся обычным явлением среди этого вида, на самом деле было довольно низким. [4]

Позже Ходкрофт училась на магистра в Эдинбургском университете , который она получила с отличием. Ее диссертация искала доказательства адаптивного отбора у Drosophila , сравнивая скорость изменений в разных типах тканей, периодах времени и между функциями, связанными с иммунитетом и не связанными с иммунитетом. [4]

Ходкрофт получила докторскую степень в Эдинбурге у профессора Эндрю Ли Брауна. Ее диссертация изучала филогенетические факторы, влияющие на вирусную нагрузку при ВИЧ . [16] Ее трехминутное резюме ее диссертации выиграло школьную и национальную награду на конкурсе трехминутных диссертаций и заняло третье место на мировом конкурсе. [17] [18]

Исследования и карьера

Исследования Ходкрофт были сосредоточены на вычислительных методах отслеживания генетических изменений в патогенах и их влиянии на динамику заболеваний и эпидемиологическую динамику. В настоящее время она является постдокторантом, работающим над Nextstrain совместно с Ричардом Неером. [17]

ВИЧ

Докторская работа Ходкрофт изучала филогенетические факторы, влияющие на вирусную нагрузку при ВИЧ , анализируя генетические последовательности 8500 образцов ВИЧ в Соединенном Королевстве . Она обнаружила, что вариации штаммов ВИЧ B были ответственны лишь за небольшую часть вариаций вирусной нагрузки у пациентов, в то время как штаммы ВИЧ C показали большую степень вирусного влияния на вирусную нагрузку. [19] [16] Она завершила свою первую постдокторскую должность в инициативе PANGEA_HIV, продолжив в лаборатории профессора Ли Брауна. Ходкрофт разработала стохастическую, основанную на агентах модель для моделирования эпидемий ВИЧ в Африке, разработанную к югу от Сахары. [20]

Nextstrain

Ходкрофт — разработчик проекта Nextstrain [5] , открытого научного проекта, который отслеживает цепочки передачи SARS-CoV-2 и других патогенов. Ее работа включала расширение Nextstrain для эффективного анализа бактериальных патогенов, геномы которых значительно больше, чем у вирусов.

Затем исследования Ходкрофта были сосредоточены на энтеровирусе D68 , вирусе, вовлеченном во вспышки полиомиелитного расстройства, называемого острым вялым миелитом . Работа достигла кульминации в публикации филогенетического анализа эволюции, географического распространения и демографического распределения патогена. [21] [22]

SARS-CoV-2

Во время пандемии COVID-19 научный и общественный интерес к вирусной динамике резко возрос. Ходкрофт внес значительный вклад, поддерживая постоянный анализ вспышки в Nextstrain, запустив новый сайт для отслеживания вариантов SARS-CoV-2 и объясняя динамику вспышки общественности. [7] [8] [9] [10] [11] Как ученый, отслеживающий распространение вируса по всему миру, Ходкрофт публиковал и цитировал работы по многим темам, включая то, как ранняя пандемия распространялась из страны в страну, потенциал сезонности, а также распространенность и распространение вариантов, вызывающих беспокойство. [12] [13] [14]

В начале пандемии Ходкрофт заинтересовалась тем, как одинокий путешественник из Сингапура мог спровоцировать волну случаев в Соединенном Королевстве. Она разместила в Twitter инфографику, отслеживающую распространение от путешественника из Сингапура к другим гостям в горнолыжном шале в Швейцарии, к вспышке в Великобритании. Коллега предложил ей опубликовать работу, она опубликовала статью 26 февраля, и на следующий день она была опубликована в Swiss Medical Weekly . [23]

В течение следующих месяцев филогенетический анализ и платформы открытой науки, такие как Nextstrain, сыграли ключевую роль в усилиях по пониманию эпидемии. [24] Эта работа помогла понять закономерности передачи, отследить ключевые мутации и оценить скорость распространения эпидемии. [14] В октябре 2020 года Ходкрофт и команда Nextstrain опубликовали анализ, который показал, что штамм, вызвавший новую волну в Соединенном Королевстве, впервые появился в Испании, что указывает на то, что поездки в Испанию и из Испании на праздники были вероятным источником вспышки. [25] Ходкрофт опубликовал статью об истории конкурирующих штаммов SARS-CoV-2, чтобы лучше понять возникновение вариантов, вызывающих беспокойство. [26] [27] Ходкрофт писал о круглосуточном характере сбора, анализа, проверки ошибок и аннотирования потока геномных данных со всего мира. [8] [14]

В марте 2021 года Ходкрофт был ведущим автором комментария в Nature о том, как научное сообщество может быстрее отслеживать варианты вируса. [28] В статье рекомендовались способы «устранения узкого места биоинформатики», включая улучшение правил и стимулов для обмена данными, переосмысление стимулов для ученых среднего звена и решение проблем анализа огромных объемов данных, часто из лабораторий, которые не собирали и не сообщали данные в таких объемах. [ необходимо разъяснение ] В статье указывалось, что большая часть генетического отслеживания SARS-CoV-2 была выполнена не органами общественного здравоохранения, а учеными среднего звена, которые отложили свои собственные исследования, чтобы помочь усилиям по борьбе с пандемией. Статья призвала научное сообщество пересмотреть стимулы для этих исследователей, чтобы их усилия не помешали их карьере. Аналогичным образом статья призвала сообщество найти способы стандартизировать обмен данными и гарантировать, что исследователи могут обмениваться данными до публикации, не опасаясь, что их собственные выводы будут предвосхищены.

В 2020 году она создала CoVariants.org — проект по отслеживанию вариантов SARS-CoV-2. [7]

Ходкрофт также проявила себя как научный коммуникатор, как в социальных сетях, так и в прессе. Ее цитировали в статьях о передаче вируса, [29] развенчивая теорию заговора о том, что вирус был создан искусственно, [30] и описывая роль путешествий в отпуске в распространении вируса, [31] и влияние появляющихся вариантов, вызывающих беспокойство. [32]

Статьи

По состоянию на март 2021 года Ходкрофт указан в качестве соавтора в 23 статьях: [33]

  • 8 о SARS-CoV-2 (2020–2021)
  • 1 под названием «Augur: набор биоинформационных инструментов для филогенетического анализа человеческих патогенов» (2021)
  • 3 о энтеровирусе D68 (2019–2020)
  • 9 о ВИЧ (2014–2020)
  • 1 о Sarracenia alata (2014)
  • 1 об автоматизированном анализе филогенетических кластеров (2013).

Презентации

Ходкрофт представила свою работу по ВИЧ на конференции по ретровирусам и оппортунистическим инфекциям (CROI) 2012 в Сиэтле, штат Вашингтон, и CROI 2013 в Атланте, штат Джорджия, а также на многих конференциях, включая 45-ю конференцию группы популяционной генетики в Ноттингеме, Англия, и 19-ю, 20-ю и 21-ю конференции по динамике и эволюции ВИЧ в Эшвилле, штат Северная Каролина; Утрехте, Нидерланды; и Тусоне, штат Аризона. [17]

Награды

Работа Ходкрофта на конкурсе трехминутных тезисов 2014 года «Некоторые штаммы ВИЧ вызывают у людей заболевание быстрее, чем другие?» выиграла первый приз и приз «зрителей» в финале конкурса «3-минутных тезисов» Эдинбургского университета. Видеозапись презентации заняла 3-е место на всемирном конкурсе Universitas 21 в 2014 году. [17] [18]

Инструмент Nextstrain, разработанный совместно с Hodcroft, получил премию Webby Special Achievement Award в мае 2020 года. [34]

В марте 2021 года газета The New York Times назвала Ходкрофт ученым нового поколения, «меняющим ландшафт лидерства» для женщин в науке. [35]

Ссылки

  1. ^ Люти Т., Хирштейн А. «Эмма Ходкрофт: «Я никогда не перестаю думать о пандемии»». NZZ am Sonntag . Получено 9 марта 2021 г.
  2. ^ Callaway E (сентябрь 2020 г.). «Коронавирус мутирует — имеет ли это значение?». Nature . 585 (7824): 174– 177. Bibcode : 2020Natur.585..174C. doi : 10.1038/d41586-020-02544-6. PMID  32901123. S2CID  221573069.
  3. ^ "Hodcroft Emma, ​​PhD". Институт социальной и профилактической медицины (ISPM) . 17 ноября 2020 г. Получено 9 марта 2021 г.
  4. ^ abc "Эмма Ходкрофт - доктор философии". emmahodcroft.com . Получено 9 марта 2021 г. . Главная: Добро пожаловать на emmahodcroft.com
  5. ^ ab "Nextstrain". nextstrain.org . Получено 9 марта 2021 г. .
  6. ^ Hadfield J, Megill C, Bell SM, Huddleston J, Potter B, Callender C и др. (декабрь 2018 г.). «Nextstrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени». Биоинформатика . 34 ( 23): 4121– 4123. doi :10.1093/bioinformatics/bty407. PMC 6247931. PMID  29790939. 
  7. ^ abc "CoVariants". covariants.org . Получено 28 марта 2021 г. .
  8. ^ abcd Сарага Д (15 мая 2020 г.). «Эмма Ходкрофт:« Охотница за вирусами »». SWI swissinfo.ch . Проверено 9 марта 2021 г.
  9. ^ ab Toy S (20 февраля 2021 г.). «Задержки вакцинации от COVID-19 могут привести к появлению новых вариантов вируса, что затруднит усилия по прекращению пандемии». Wall Street Journal . ISSN  0099-9660 . Получено 9 марта 2021 г.
  10. ^ ab Cookson C (29 октября 2020 г.). «Ученые предупреждают о распространении нового варианта коронавируса по всей Европе | Бесплатно для чтения». www.ft.com . Получено 9 марта 2021 г. .
  11. ^ ab Grubaugh ND, Hodcroft EB, Fauver JR, Phelan AL, Cevik M (март 2021 г.). «Действия общественного здравоохранения по контролю новых вариантов SARS-CoV-2». Cell . 184 (5): 1127– 1132. doi :10.1016/j.cell.2021.01.044. ISSN  0092-8674. PMC 7846239 . PMID  33581746. 
  12. ^ ab Neher RA, Dyrdak R, Druelle V, Hodcroft EB, Albert J (март 2020 г.). «Потенциальное воздействие сезонного воздействия на пандемию SARS-CoV-2» (PDF) . Swiss Medical Weekly . 150 : w20224. doi : 10.4414/smw.2020.20224 . PMID  32176808. S2CID  212739046.
  13. ^ ab Fauver JR, Petrone ME, Hodcroft EB, Shioda K, Ehrlich HY, Watts AG и др. (март 2020 г.). «Распространение SARS-CoV-2 от побережья к побережью в Соединенных Штатах, выявленное геномной эпидемиологией». medRxiv 10.1101/25.03.2020.20043828 . 
  14. ^ abcd Hodcroft EB, De Maio N, Lanfear R, MacCannell DR, Minh BQ, Schmidt HA и др. (март 2021 г.). «Хотите отслеживать пандемические варианты быстрее? Устраните узкое место биоинформатики» (PDF) . Nature . 591 (7848): 30– 33. Bibcode :2021Natur.591...30H. doi : 10.1038/d41586-021-00525-x . PMID  33649511.
  15. ^ ab Hall J (24 августа 2018 г.). «Дочь владельца футбольного клуба превращается из отчаяния в королеву чатни». ChronicleLive . Получено 9 марта 2021 г. .
  16. ^ ab University of Edinburgh (30 июня 2014 г.). «Трехминутная диссертация Эммы Ходкрофт». YouTube . Получено 27 марта 2021 г. .
  17. ^ abcd "About Emma Hodcroft". emmahodcroft.com . Получено 13 февраля 2021 г. . Обо мне: About Emma Hodcroft
  18. ^ ab "История конкурса (3-минутных тезисов)". www.ed.ac.uk . Получено 13 февраля 2021 г. .
  19. ^ Hodcroft EB (2015). «Оценка наследуемости вирулентности ВИЧ». Эдинбургский исследовательский архив . Получено 14 декабря 2023 г.
  20. ^ Yebra G, Hodcroft EB, Ragonnet-Cronin ML, Pillay D, Brown AJ (декабрь 2016 г.). «Использование данных о последовательности почти полного генома ВИЧ улучшает реконструкцию филогении в смоделированной эпидемии». Scientific Reports . 6 (1): 39489. Bibcode :2016NatSR...639489Y. doi :10.1038/srep39489. PMC 5180198 . PMID  28008945. 
  21. ^ Ходкрофт Э.Б., Дирдак Р., Андрес С., Эгли А., Рейст Дж., де Артола Д.Г. и др. (18 января 2020 г.). «Эволюция, географическое и демографическое распространение энтеровируса D68» (PDF) . bioRxiv : 2020.01.10.901553. дои : 10.1101/2020.01.10.901553. S2CID  211142598.
  22. ^ "Энтеровирус D68". nextstrain.org . Получено 28 марта 2021 г. .
  23. ^ Йегер, Эшли (6 марта 2020 г.). «Генетика коронавируса намекает на его скрытое распространение в сообществах». The Scientist Magazine® . Получено 28 марта 2021 г.
  24. ^ Zastrow M (май 2020 г.). «Открытая наука берется за пандемию коронавируса». Nature . 581 (7806): 109– 110. Bibcode :2020Natur.581..109Z. doi :10.1038/d41586-020-01246-3. PMID  32332909. S2CID  216129647.
  25. ^ Hodcroft EB, Zuber M, Nadeau S, Crawford KH, Bloom JD, Veesler D и др. (ноябрь 2020 г.). «Появление и распространение варианта SARS-CoV-2 по Европе летом 2020 г.». medRxiv 10.1101/2020.10.25.20219063 . 
  26. ^ Lauring AS, Hodcroft EB (февраль 2021 г.). «Генетические варианты SARS-CoV-2 — что они означают?». JAMA . 325 (6): 529–531 . doi : 10.1001/jama.2020.27124 . PMID  33404586. S2CID  230783233.
  27. ^ Grubaugh ND, Hodcroft EB, Fauver JR, Phelan AL, Cevik M (март 2021 г.). «Действия общественного здравоохранения по контролю новых вариантов SARS-CoV-2». Cell . 184 (5): 1127– 1132. doi :10.1016/j.cell.2021.01.044. ISSN  0092-8674. PMC 7846239 . PMID  33581746. 
  28. ^ Hodcroft EB, De Maio N, Lanfear R, MacCannell DR, Minh BQ, Schmidt HA и др. (март 2021 г.). «Хотите отслеживать пандемические варианты быстрее? Устраните узкое место биоинформатики» (PDF) . Nature . 591 (7848): 30–33 . Bibcode : 2021Natur.591...30H. doi : 10.1038/d41586-021-00525-x . PMID  33649511.
  29. ^ «Детектив по COVID-19 отслеживает след болезни с помощью генетических подсказок». Bloomberg.com . 24 марта 2020 г. Получено 28 марта 2021 г.
  30. ^ «Нет, коронавирус не был создан в лаборатории. Генетический анализ показывает, что он природного происхождения». Science News . 26 марта 2020 г. Получено 28 марта 2021 г.
  31. ^ «Исследователи говорят, что 90% недавних последовательностей коронавируса в Великобритании пришли из Испании». NPR.org . Получено 28 марта 2021 г. .
  32. ^ Мандавилли А. (25 февраля 2021 г.). «Коронавирус грозит возвращением. Вот как его остановить». The New York Times . ISSN  0362-4331 . Получено 28 марта 2021 г.
  33. ^ "ORCID: Эмма Ходкрофт". orcid.org . Получено 10 марта 2021 г. .
  34. ^ "Webby Special Achievement". winners.webbyawards.com . Получено 29 декабря 2020 г. .
  35. ^ "10 женщин, меняющих ландшафт лидерства". The New York Times . 5 марта 2021 г. ISSN  0362-4331 . Получено 9 марта 2021 г.
  • Поиск Эммы Б. Ходкрофт в PubMed
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Эмма_Ходкрофт&oldid=1209243386"