Эйлин Ферлонг
Ирландский молекулярный биолог.

Эйлин Ферлонг
FRS МАЭ
Рожденный
Эйлин Э. М. Ферлонг
Национальностьирландский
Альма-матерУниверситетский колледж Дублина (бакалавр наук, доктор философии)
НаградыЧлен Европейской академии (2016)
Членство в EMBO (2013)
Научная карьера
ПоляУсилители
Топология хроматина
Эмбриональное развитие
Геномика отдельных клеток
Факторы транскрипции [1]
УчрежденияЕвропейская лаборатория молекулярной биологии
Стэнфордского университета
ТезисТканеспецифическая регуляция экспрессии генов транскрипционными факторами Инь-Ян 1 и ядерным фактором 1  (1996)
научный руководительФиниан Мартин [2]
Веб-сайтfurlonglab.embl.de

Эйлин Э. М. Ферлонг, FRS MAE, — ирландский молекулярный биолог, работающий в области транскрипции , биологии хроматина , биологии развития и геномики . [3] Она известна своей работой по пониманию того, как регулируется геном , в частности, того, как функционируют усилители развития , как они взаимодействуют в трехмерной топологии хроматина и как они управляют решениями о судьбе клеток во время эмбриогенеза . [1] [4] [5] Она является руководителем отдела биологии генома в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). Ферлонг была избрана членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2013 году, [6] Academia Europaea в 2016 году [7] и в исследовательский совет EMBO в 2018 году. [8]

Образование

Эйлин Ферлонг получила степень бакалавра наук в Университетском колледже Дублина и степень доктора философии в Институте Конвея при Калифорнийском университете в CD, изучая транскрипционную регуляцию генов немедленного раннего ответа в лаборатории Финиана Мартина. [2]

Карьера и исследования

После получения докторской степени Фурлонг работала научным сотрудником в Стэнфордском университете в лаборатории Мэтью П. Скотта [9] , разрабатывая геномные инструменты для функционального анализа программ развития во время эмбриогенеза. Фурлонг основала свою независимую лабораторию в EMBL в 2002 году [10] и была назначена руководителем отдела [11] в 2009 году. Ее исследования объединяют подходы геномики , генетики и вычислительной биологии для функционального анализа роли некодирующих цис-регуляторных элементов в регуляции экспрессии генов . [12] [13] В частности, она использует спецификацию мезодермы в различные мышечные зачатки в качестве модельной системы. Исследования ее группы выявили ряд свойств энхансеров [14] [15] [16] [17] и связи энхансер -промотор , включая предварительно сформированные « петли » энхансер-промотор [18] [19] и способность многих энхансеров функционировать даже при нарушении более крупных топологий хроматина [20] [21] [22] в дополнение к механизмам, которые позволяют энхансерам противостоять эффектам генетической изменчивости , включая коллективный набор факторов транскрипции , [23] [24] генетический эпистаз внутри энхансеров [25] и промоторов, [26] и обширную избыточность, [27] которые вместе способствуют канализации в формировании паттернов развития. [ необходима ссылка ]

Работа Ферлонга была отмечена за разработку и применение геномных подходов для понимания эмбрионального развития, [28] [29] включая разработку микрочипов Drosophila , [30] [31] автоматического сортировщика трансгенных эмбрионов, [32] [33] иммунопреципитации хроматина (ChIP) в эмбрионах, [34] [35] [36] тканеспецифических [37] [38] [ 39] и подходов с использованием отдельных клеток [40] , которые в сочетании с генетическими манипуляциями дали представление о программах развития во время эмбриогенеза в масштабе всего генома. [41] [42]

Ферлонг входит в состав редколлегий научных журналов Developmental Cell , [43] Development , [44] Molecular Systems Biology , [45] Current Opinion in Genetics Development , [46] Current Opinion in Cell Biology , [47] [48], является членом комиссии Европейского исследовательского совета (ERC) [49] [50] и организатором международных конференций From Functional Genomics to Systems Biology , [51] EMBL Transcription and Chromatin [52] , а также основным докладчиком на национальных и международных конференциях, включая Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). [53] [54] [55] [56] [57] [58] [59] [ чрезмерное цитирование ]

Награды и почести

В 2013 году Фурлонг была избрана членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) [6] , а в 2016 году — членом Academia Europaea (MAE). [7] Фурлонг получила от ERC финансирование для передовых исследователей CisRegVar 2013–2018 [60] и DeCRypT 2019–2023. [61] В мае 2022 года она была избрана членом Королевского общества. [62]

Ссылки

  1. ^ ab Публикации Эйлин Ферлонг, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ ab Furlong, Eileen EM (1996). Тканеспецифическая регуляция экспрессии генов транскрипционными факторами Ying-Yang 1 и ядерным фактором 1 (диссертация на соискание ученой степени доктора философии). OCLC  605563938. ProQuest  301522152.
  3. ^ Публикации Эйлин Ферлонг из Европы PubMed Central
  4. ^ «Расшифровка нормативного кода». EMBL . 4 ноября 2009 г.
  5. ^ Нимиц, Эмили (2014). «Синтетическое моделирование усилителей развития». Nature Genetics . 46 (2): 99. doi : 10.1038/ng.2888 . ISSN  1546-1718. S2CID  38520086.
  6. ^ ab "Найти людей в сообществах EMBO". people.embo.org .
  7. ^ ab "Академия Европы: Ферлонг Эйлин". ae-info.org .
  8. ^ "Совет". EMBO . 22 марта 2021 г.
  9. ^ Ферлонг, Эйлин Э.М.; Профитт, Дэвид; Скотт, Мэтью П. (2001). «Автоматизированная сортировка живых трансгенных эмбрионов». Nature Biotechnology . 19 (2): 153–156. doi :10.1038/84422. ISSN  1087-0156. PMID  11175730. S2CID  14228050.
  10. ^ "Furlong Group - Регуляция генома и топология во время эмбрионального развития - EMBL". embl.de .
  11. ^ «Биология генома».
  12. ^ Furlong, EEM; Levine, M (28 сентября 2018 г.). «Усилители развития и топология хромосом». Science . 361 (6409): 1341–1345. Bibcode :2018Sci...361.1341F. doi :10.1126/science.aau0320. PMC 6986801 . PMID  30262496. 
  13. ^ Spitz, F; Furlong, EE (сентябрь 2012 г.). «Транскрипционные факторы: от связывания энхансера до контроля развития». Nature Reviews. Genetics . 13 (9): 613–26. doi :10.1038/nrg3207. PMID  22868264. S2CID  205485256.
  14. ^ Zinzen, RP; Girardot, C; Gagneur, J; Braun, M; Furlong, EE (5 ноября 2009 г.). «Комбинаторное связывание предсказывает пространственно-временную цис-регуляторную активность». Nature . 462 (7269): 65–70. Bibcode :2009Natur.462...65Z. doi :10.1038/nature08531. PMID  19890324. S2CID  4320071.
  15. ^ Хе, Синь; Синха, Саурабх (февраль 2010 г.). «ChIPs and Regulation Bits». Nature Biotechnology . 28 (2): 142–143. doi :10.1038/nbt0210-142. ISSN  1546-1696. PMID  20139950. S2CID  30471127.
  16. ^ Старк, Александр (1 января 2009 г.). «Изучение транскрипционного регуляторного кода». Молекулярная системная биология . 5 (1): 329. doi :10.1038/msb.2009.88. ISSN  1744-4292. PMC 2795480. PMID 19920814  . 
  17. ^ Ристер, Йенс; Десплан, Клод (2010). «Расшифровка регуляторного кода генома: множество языков ДНК». BioEssays . 32 (5): 381–384. doi :10.1002/bies.200900197. ISSN  1521-1878. PMC 3024831. PMID 20394065  . 
  18. ^ Ghavi-Helm, Y; Klein, FA; Pakozdi, T; Ciglar, L; Noordermeer, D; Huber, W; Furlong, EE (7 августа 2014 г.). «Петли энхансера кажутся стабильными во время разработки и связаны с приостановленной полимеразой». Nature . 512 (7512): 96–100. Bibcode :2014Natur.512...96G. doi :10.1038/nature13417. PMID  25043061. S2CID  4464054.
  19. ^ «Неожиданная стабильность и сложность взаимодействий транскрипционных энхансеров». phys.org .
  20. ^ Ghavi-Helm, Y; Jankowski, A; Meiers, S; Viales, RR; Korbel, JO; Furlong, EEM (август 2019 г.). «Сильно перестроенные хромосомы обнаруживают несоответствие между топологией генома и экспрессией генов». Nature Genetics . 51 (8): 1272–1282. doi :10.1038/s41588-019-0462-3. PMC 7116017 . PMID  31308546. 
  21. ^ Финн, Элизабет Х.; Мистели, Том (август 2019 г.). «Разрыв генома». Nature Genetics . 51 (8): 1205–1206. doi :10.1038/s41588-019-0476-x. ISSN  1546-1718. PMC 7418859 . PMID  31332379. 
  22. ^ Кох, Линда (октябрь 2019 г.). «Опровержение принципов TAD». Nature Reviews Genetics . 20 (10): 565. doi : 10.1038/s41576-019-0164-9 . ISSN  1471-0064. PMID  31367009. S2CID  199056689.
  23. ^ Junion, G; Spivakov, M; Girardot, C; Braun, M; Gustafson, EH; Birney, E; Furlong, EE (3 февраля 2012 г.). «Совокупность факторов транскрипции определяет судьбу сердечных клеток и отражает историю происхождения». Cell . 148 (3): 473–86. doi : 10.1016/j.cell.2012.01.030 . PMID  22304916. S2CID  7990140.
  24. ^ Khoueiry, P; Girardot, C; Ciglar, L; Peng, PC; Gustafson, EH; Sinha, S; Furlong, EE (9 августа 2017 г.). «Разъединение эволюционных изменений в последовательности ДНК, занятости факторов транскрипции и активности энхансеров». eLife . 6 . doi : 10.7554/eLife.28440 . PMC 5550276 . PMID  28792889. 
  25. ^ Каннаво, Э; Келлинг, Н; Харнетт, Д; Гарфилд, Д; Казале, ФП; Сиглар, Л; Густавсон, HE; Виалес, РР; Марко-Ферререс, Р.; Дегнер, Дж. Ф.; Чжао, Б; Стегл, О; Бирни, Э; Ферлонг, EE (19 января 2017 г.). «Генетические варианты, регулирующие уровни экспрессии и разнообразие изоформ во время эмбриогенеза». Природа . 541 (7637): 402–406. Бибкод : 2017Natur.541..402C. дои : 10.1038/nature20802. PMID  28024300. S2CID  205252947.
  26. ^ Schor, IE; Degner, JF; Harnett, D; Cannavò, E; Casale, FP; Shim, H; Garfield, DA; Birney, E; Stephens, M; Stegle, O; Furlong, EE (апрель 2017 г.). «Форма промотора различается в разных популяциях и влияет на эволюцию промотора и шум экспрессии». Nature Genetics . 49 (4): 550–558. doi :10.1038/ng.3791. hdl : 11336/65679 . PMID  28191888. S2CID  3331476.
  27. ^ Каннаво, Э.; Хуэйри, П.; Гарфилд, ДА; Джилехер, П.; Зихнер, Т.; Густафсон, Э.Х.; Сиглар, Л.; Корбель, ДЖ.О.; Фурлонг, Э.Е. (11 января 2016 г.). «Усилители тени — распространенные особенности регуляторных сетей развития». Current Biology . 26 (1): 38–51. Bibcode :2016CBio...26...38C. doi :10.1016/j.cub.2015.11.034. PMC 4712172 . PMID  26687625. 
  28. ^ Макгуайр, Алабама; Габриэль, С; Тишкофф, С.А.; Вонкам, А; Чакраварти, А; Ферлонг, EEM; Трейтлейн, Б; Мейснер, А; Чанг, Хай; Лопес-Бигас, Н.; Сигал, Э; Ким, Дж.С. (октябрь 2020 г.). «Путь вперед в генетике и геномике». Обзоры природы. Генетика . 21 (10): 581–596. дои : 10.1038/s41576-020-0272-6. ПМЦ 7444682 . ПМИД  32839576. 
  29. ^ Флинтофт, Луиза (февраль 2013 г.). «Предсказания в пространстве и времени». Nature Reviews Genetics . 14 (2): 78–79. doi :10.1038/nrg3411. ISSN  1471-0064. PMID  23269464. S2CID  41780530.
  30. ^ Arbeitman, MN; Furlong, EE; Imam, F; Johnson, E; Null, BH; Baker, BS; Krasnow, MA; Scott, MP; Davis, RW; White, KP (2002). «Экспрессия генов в течение жизненного цикла Drosophila melanogaster». Science . 297 (5590): 2270–5. Bibcode :2002Sci...297.2270A. doi :10.1126/science.1072152. PMID  12351791. S2CID  15639586.
  31. ^ Science, Американская ассоциация содействия развитию (27 сентября 2002 г.). «Эта неделя в науке: редакторские резюме статей этой недели». Science . 297 (5590): 2165. doi :10.1126/science.2002.297.5590.twis. ISSN  0036-8075. S2CID  239597164.
  32. ^ Ферлонг, EE; Профитт, D; Скотт, MP (февраль 2001 г.). «Автоматизированная сортировка живых трансгенных эмбрионов». Nature Biotechnology . 19 (2): 153–6. doi :10.1038/84422. PMID  11175730. S2CID  14228050.
  33. ^ "Биологический сортировщик частиц". Google Patents . 21 марта 2001 г.
  34. ^ Sandmann, T; Jensen, LJ; Jakobsen, JS; Karzynski, MM; Eichenlaub, MP; Bork, P; Furlong, EE (июнь 2006 г.). «Временная карта активности факторов транскрипции: mef2 напрямую регулирует целевые гены на всех стадиях развития мышц». Developmental Cell . 10 (6): 797–807. doi : 10.1016/j.devcel.2006.04.009 . PMID  16740481.
  35. ^ Sandmann, T; Girardot, C; Brehme, M; Tongprasit, W; Stolc, V; Furlong, EE (15 февраля 2007 г.). «Основная транскрипционная сеть для раннего развития мезодермы у Drosophila melanogaster». Genes & Development . 21 (4): 436–49. doi :10.1101/gad.1509007. PMC 1804332 . PMID  17322403. 
  36. ^ Скиппер, Магдалена (апрель 2007 г.). «Урезание сетей развития». Nature Reviews Genetics . 8 (4): 249. doi : 10.1038/nrg2077 . ISSN  1471-0064. S2CID  38908110.
  37. ^ Бонн, С.; Цинцен, РП; Жирардо, К.; Густафсон, Э.Х.; Перес-Гонзалес, А.; Деломм, Н.; Гави-Хелм, И.; Вильчинский, Б.; Ридделл, А.; Фурлонг, Э.Е. (8 января 2012 г.). «Тканеспецифический анализ состояния хроматина выявляет временные сигнатуры активности энхансера во время эмбрионального развития». Nature Genetics . 44 (2): 148–56. doi :10.1038/ng.1064. PMID  22231485. S2CID  143727.
  38. ^ Бонн, С.; Зинзен, Р.П.; Перес-Гонсалес, А.; Ридделл, А.; Гэвин, А.С.; Фурлонг, Э.Э. (26 апреля 2012 г.). «Специфическая иммунопреципитация хроматина из многоклеточных сложных образцов с использованием BiTS-ChIP». Nature Protocols . 7 (5): 978–94. doi :10.1038/nprot.2012.049. PMID  22538849. S2CID  20098167.
  39. ^ Реддингтон, JP; Гарфилд, Д.А.; Сигалова О.М.; Карабачак Кальвиелло, А; Марко-Ферререс, Р.; Жирардо, К; Виалес, РР; Дегнер, Дж. Ф.; Олер, Ю; Ферлонг, EEM (7 декабря 2020 г.). «Использование энхансера и промотора с разрешением по происхождению во время эмбриогенеза». Развивающая клетка . 55 (5): 648–664.e9. дои : 10.1016/j.devcel.2020.10.009 . PMID  33171098. S2CID  226302320.
  40. ^ Кусанович, Д.А.; Реддингтон, JP; Гарфилд, Д.А.; Даза, РМ; Агамирзае, Д; Марко-Ферререс, Р.; Плинер, штат Ха; Кристиансен, Л; Цю, Х; Стимерс, Ф.Дж.; Трапнелл, К; Шендюр, Дж; Ферлонг, EEM (2018). «Цис-регуляторная динамика эмбрионального развития при разрешении одной клетки». Природа . 555 (7697): 538–542. Бибкод : 2018Natur.555..538C. дои : 10.1038/nature25981. ПМК 5866720 . ПМИД  29539636. 
  41. ^ Ферлонг, EE; Андерсен, EC; Нулл, B; Уайт, KP; Скотт, MP (31 августа 2001 г.). «Закономерности экспрессии генов во время развития мезодермы дрозофилы». Science . 293 (5535): 1629–33. Bibcode :2001Sci...293.1629F. doi : 10.1126/science.1062660 . PMID  11486054. S2CID  13826608.
  42. ^ Science, Американская ассоциация содействия развитию (31 августа 2001 г.). «Эта неделя в науке: исследования в научных журналах». Science . 293 (5535): 1553. doi :10.1126/science.2001.293.5535.twis. ISSN  0036-8075.
  43. ^ "Редакционная коллегия: Развивающаяся клетка". cell.com .
  44. ^ "Редакторы и коллегия | Разработка". dev.biologists.org .
  45. ^ "Редакторы и коллегия | Молекулярная системная биология". embopress.org .
  46. ^ «Современное мнение в редакционной коллегии журнала Genetics & Development».
  47. ^ «Современное мнение в области клеточной биологии — Журнал — Elsevier».
  48. ^ «Современное мнение в редакционной коллегии журнала «Клеточная биология»».
  49. ^ "Исследователи ERC - EMBL". embl.de .
  50. ^ "Futures: Genome Regulation - ERC Grantee Eileen Furlong". EMBL . 13 марта 2017 г.
  51. ^ «Конференция EMBL — от функциональной геномики к системной биологии —».
  52. ^ "14-я конференция EMBL - Транскрипция и хроматин - Виртуальная - Спикеры".
  53. ^ "Биология эволюционных систем". Добро пожаловать на курсы и конференции Connecting Science .
  54. ^ "Конференция CSH Asia 2020 Системная биология регуляции генов и редактирования генома". cshl.csh-asia.org .
  55. ^ «Флаер онлайн-симпозиума Симпозиум Минервы-Гентнер 2020» (PDF) .
  56. ^ "Докладчик - Клеточные симпозиумы: Транскрипционная регуляция". cell-symposia.com .
  57. ^ "Эйлин Ферлонг". iscb.org .
  58. ^ "Профессор EMBL Эйлин Ферлонг: основной доклад о регуляции генома". UBC . 4 октября 2017 г.
  59. ^ Патология, Научно-исследовательский институт молекулярной патологии. "Эйлин Ферлонг прочтет лекцию Макса Бирнстила". Научно-исследовательский институт молекулярной патологии .
  60. ^ "ERC грант CisRegVar".
  61. ^ "ERC грант DeCRypT".
  62. ^ «Выдающиеся ученые, избранные членами и иностранными членами Королевского общества». Королевское общество . 10 мая 2022 г. Получено 11 мая 2022 г.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Эйлин_Ферлонг&oldid=1249432512"