EggNOG (база данных)

яичный коктейль
Содержание
Описание	База данных ортологичных белков и функциональных аннотаций на нескольких таксономических уровнях.
Контакт
Исследовательский центр	Европейская лаборатория молекулярной биологии
Авторы	Уэрта-Сепас и др.
Первичная ссылка	Уэрта-Сепас и др. (2015)
Дата выпуска	2015
Доступ
Веб-сайт	http://eggnogdb.embl.de

База данных eggNOG — это база данных биологической информации, размещенная в EMBL . Она основана на оригинальной идее COG (кластеров ортологичных групп) ^[2]^[3] и расширяет эту идею до неконтролируемых ортологичных групп, созданных из многочисленных организмов. [ 4^] База данных была создана в 2007 году ^[5] и обновлена до версии 4.5 в 2015 году. [ 1 ] ^eggNOG означает эволюционную генеалогию генов : неконтролируемые ортологичные группы .

Ссылки

^ ab Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Forslund K, Cook H, Heller D, Walter MC, Rattei T, Mende DR, Sunagawa S, Kuhn M, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2016). "eggNOG 4.5: иерархическая структура ортологии с улучшенными функциональными аннотациями для эукариотических, прокариотических и вирусных последовательностей". Nucleic Acids Res . 44 (D1): D286–93. doi :10.1093/nar/gkv1248. PMC 4702882. PMID 26582926 .
^ Татусов Р.Л., Кунин ЕВ, Липман Д.Дж. (1997). "Геномная перспектива семейств белков". Science . 278 (5338): 631–7. Bibcode :1997Sci...278..631T. doi :10.1126/science.278.5338.631. PMID 9381173.
^ Татусов РЛ, Гальперин МЮ, Натале ДА, Кунин ЕВ (2000). «База данных COG: инструмент для анализа функций белков и эволюции в масштабе генома». Nucleic Acids Res . 28 (1): 33–6. doi :10.1093/nar/28.1.33. PMC 102395. PMID 10592175 .
^ Powell, Sean; Szklarczyk, Damian; Trachana, Kalliopi; Roth, Alexander; Kuhn, Michael; Muller, Jean; Arnold, Roland; Rattei, Thomas; Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Jensen, Lars J; von Mering, Christian; Bork, Peer (январь 2012 г.). "eggNOG v3.0: ортологичные группы, охватывающие 1133 организма в 41 различных таксономических диапазонах". Nucleic Acids Research . 40 (D1): D284–D289. doi :10.1093/nar/gkr1060. PMC 3245133. PMID 22096231 .
^ Jensen LJ, Julien P, Kuhn M, von Mering C, Muller J, Doerks T, Bork P (2008). "eggNOG: автоматизированное построение и аннотация ортологичных групп генов". Nucleic Acids Res . 36 (выпуск базы данных): D250–4. doi :10.1093/nar/gkm796. PMC 2238944. PMID 17942413 .

Внешние ссылки

http://eggnogdb.embl.de

Эта статья, связанная с Биологической базой данных , является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[pmid26582926-1] Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Forslund K, Cook H, Heller D, Walter MC, Rattei T, Mende DR, Sunagawa S, Kuhn M, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2016). "eggNOG 4.5: иерархическая структура ортологии с улучшенными функциональными аннотациями для эукариотических, прокариотических и вирусных последовательностей". Nucleic Acids Res . 44 (D1): D286–93. doi :10.1093/nar/gkv1248. PMC 4702882. PMID 26582926 .

[pmid9381173-2] Татусов Р.Л., Кунин ЕВ, Липман Д.Дж. (1997). "Геномная перспектива семейств белков". Science . 278 (5338): 631–7. Bibcode :1997Sci...278..631T. doi :10.1126/science.278.5338.631. PMID 9381173.

[pmid10592175-3] Татусов РЛ, Гальперин МЮ, Натале ДА, Кунин ЕВ (2000). «База данных COG: инструмент для анализа функций белков и эволюции в масштабе генома». Nucleic Acids Res . 28 (1): 33–6. doi :10.1093/nar/28.1.33. PMC 102395. PMID 10592175 .

[pmid22096231-4] Powell, Sean; Szklarczyk, Damian; Trachana, Kalliopi; Roth, Alexander; Kuhn, Michael; Muller, Jean; Arnold, Roland; Rattei, Thomas; Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Jensen, Lars J; von Mering, Christian; Bork, Peer (январь 2012 г.). "eggNOG v3.0: ортологичные группы, охватывающие 1133 организма в 41 различных таксономических диапазонах". Nucleic Acids Research . 40 (D1): D284–D289. doi :10.1093/nar/gkr1060. PMC 3245133. PMID 22096231 .

[pmid17942413-5] Jensen LJ, Julien P, Kuhn M, von Mering C, Muller J, Doerks T, Bork P (2008). "eggNOG: автоматизированное построение и аннотация ортологичных групп генов". Nucleic Acids Res . 36 (выпуск базы данных): D250–4. doi :10.1093/nar/gkm796. PMC 2238944. PMID 17942413 .