Дифференциальный дисплей

Дифференциальное отображение (также называемое DDRT-PCR или DD-PCR ) — это лабораторный метод, который позволяет исследователю сравнивать и идентифицировать изменения в экспрессии генов на уровне мРНК между двумя или более образцами эукариотических клеток. ^[1] Это был наиболее часто используемый метод сравнения профилей экспрессии двух образцов эукариотических клеток в 1990-х годах. ^[1] К 2000 году дифференциальное отображение было заменено подходами с использованием ДНК-микрочипов . ^[2]

При дифференциальном отображении сначала вся РНК в каждом образце подвергается обратной транскрипции с использованием набора 3 ′ «закрепленных праймеров » (с короткой последовательностью дезокситимидиновых нуклеотидов на конце) для создания библиотеки кДНК для каждого образца, затем следует ПЦР- амплификация с использованием произвольных 3 ′ праймеров для амплификации цепи кДНК вместе с закрепленными 3 ′ праймерами для амплификации цепи РНК, идентичными тем, которые использовались для создания библиотеки; около сорока произвольных праймеров — оптимальное количество для транскрипции почти всей мРНК. Затем полученные транскрипты разделяются электрофорезом и визуализируются, чтобы их можно было сравнить. ^[1] Метод был подвержен ошибкам из-за того, что разные мРНК мигрировали в отдельные полосы, различия в менее распространенных мРНК тонули в более распространенных мРНК, ^[1] чувствительность к небольшим изменениям в условиях культивирования клеток и тенденция к амплификации 3' - фрагментов, а не полных мРНК, а также необходимость использования около 300 праймеров для захвата всех мРНК. ^{[3] : 316–317} Метод был впервые опубликован в журнале Science в 1992 году. ^{[1] [4]}