Дэвид Пенни
Новозеландский биолог (1938–2024)

Дэвид Пенни
CNZM FRSNZ
Пенни в 2004 году
Рожденный(1938-09-28)28 сентября 1938 г.
Таумарунуи , Новая Зеландия
Умер20 мая 2024 г. (2024-05-20)(85 лет)
Палмерстон-Норт , Новая Зеландия
Альма-матер
Награды
Научная карьера
ПоляТеоретическая биология
Учреждения
ДокторантыБарбара Р. Холланд [1]
Майк Стил [2]

Эдвард Дэвид Пенни CNZM FRSNZ (28 сентября 1938 г. – 20 мая 2024 г.) [3] был новозеландским теоретиком и эволюционным биологом . Он исследовал природу эволюционных преобразований и широко публиковался в областях филогенетического дерева , генетики и эволюционной биологии . Вклад Пенни в науку был отмечен несколькими наградами и почестями, а также принятием в Национальную академию наук .

Образование и карьера

Родившийся в Таумарунуи , Пенни получил образование в New Plymouth Boys' High School , а затем получил степень бакалавра по ботанике и химии в Университете Кентербери . Он получил докторскую степень по ботанике в Йельском университете в 1965 году, а затем работал научным сотрудником в Университете Макмастера . [4] Он вернулся в Новую Зеландию в 1966 году и присоединился к коллективу Университета Мэсси , на кафедре биологии растений, в Школе биологических наук, Институте молекулярных биологических наук и Институте фундаментальных наук, а в 2005 году Пенни был назван почетным профессором. [4] С 2002 по 2010 год Пенни был одним из руководителей Центра Аллана Уилсона , одного из первых новозеландских центров передового опыта в области исследований , размещенного в Университете Мэсси. До его закрытия в 2015 году центр был сосредоточен на исследовании эволюции и экологии новозеландских и тихоокеанских растений и животных. После выхода на пенсию в 2017 году Пенни получил звание почетного профессора в Университете Мэсси. [4]

Избранные исследования

Исследования Пенни сосредоточены на теоретической биологии, молекулярной эволюции , эволюции человека и истории науки. [4]

Ранние работы

В 1970-х годах Пенни изучал, как генетическая информация обо всех формах жизни может быть использована для исследования таких вопросов, как происхождение жизни, возникновение эволюции и взаимосвязь между видами и сообществами. Он помог разработать «математические методы и компьютерные программы для анализа последовательностей ДНК и построения эволюционных деревьев... [разрабатывая]... новые идеи, которые поддерживают идею о том, что люди эволюционировали в Африке, а затем мигрировали из нее, и что первые формы жизни были основаны на более простой молекуле РНК, а не на ДНК». [5] [6] В 1998 году он стал соавтором статьи, в которой были представлены убедительные доказательства на основе ДНК, что миграция маори в Новую Зеландию включала от 50 до 100 женщин, открытие, отмеченное авторами как «полностью соответствующее устной истории маори , а также результатам недавних путешествий на каноэ, воссоздающих ранние трансокеанские плавания». [7]

Филогенетические деревья

Говорят, что статья «Построение филогенетических деревьев» (1967) [8] была тем, что впервые заставило Пенни заинтересоваться отслеживанием процесса эволюции. [9] Один из авторов этой статьи, Уолтер Фитч, в 1988 году размышлял о том, что вдохновением для их исследования 1967 года была разработка компьютерной программы, которая взломала бы генетический код и разработала бы «молекулярную палеонтологическую запись в белках и нуклеиновой кислоте». [10] Ранние исследования Пенни бросили вызов теориям эволюции того времени. Пытаясь прояснить надежную основу классификации, в 1982 году он вступил в спор о том, следует ли выражать отношения между организмами в «эволюционных терминах или в кластерах, основанных на общем сходстве», и пришел к выводу, что сохранение исходных данных поддерживает надежную классификацию. [11]

Пенни был вовлечен в исследовательские группы, которые изучали методы построения деревьев. В 1985 году он сотрудничал в работе, которая оценивала их надежность, и исследовательская работа пришла к выводу, что необходимо соблюдать баланс между традиционным подходом « взвешивания символов » и компьютерным подходом, использующим растущую осведомленность о числовой таксономии . [12] Другая работа 1992 года, хотя и отмечала, что временами традиционные методы были надежными, также представляла новый подход. Он был известен как LogDet и, по словам авторов статьи, «[позволил] методам выбора деревьев последовательно восстанавливать правильное дерево, когда последовательности развиваются в рамках простых асимметричных моделей... производят последовательности с различным составом нуклеотидов... и являются более реалистичными, чем большинство стандартных моделей». [13] В 1993 году он стал соавтором исследовательской работы, в которой утверждалось, что прогресс был достигнут с методами для эволюционных деревьев. В Реферате авторы объяснили сигналы макромолекул из общей истории и разъяснили цель исследования как обсуждение методов, которые были бы «эффективными (быстрыми), последовательными, мощными, надежными и фальсифицируемыми», для вывода эволюционных деревьев из этих шаблонов или сигналов. В статье сделан вывод, что большинство методов вывода деревьев нуждаются в исправлениях, но «признание того, что методы могут быть как эффективными, так и последовательными, также было полезным». [14]

Эволюция эукариот

Статья, написанная в соавторстве с Пенни в 2006 году, [15] подвергла сомнению преобладающее в то время мнение о том, что эукариоты эволюционировали путем слияния геномов архей и бактерий, предположив, что они «скорее всего, были редуцированы из-за потери последовательности и упрощения клеток после возможного появления хищных эукариот». [16] : стр. 12  Это исследование было значимым, поскольку оно предполагало, что современные эукариотические и прокариотические клетки долго следовали отдельным эволюционным траекториям, подтверждая, «что эволюция не идет монотонно от более простого к более сложному». [15] Пенни сказал NBC News, что результаты могли быть неожиданными для некоторых, но подчеркнул, что было мало доказательств того, что теория слияния объясняет «особые генетические и клеточные особенности эукариот». Он предположил, что это пример эволюции, идущей «назад, вбок и иногда вперед». [17] Группа международных ученых оспорила выводы статьи 2006 года. Они утверждали, что авторы «высказали предвзятые мнения», которые представили « ранний (и эукариот ) взгляд на раннюю эволюцию, который был актуален в 1980 году и который был показан общепринятыми научными критериями как несостоятельный более десяти лет назад». [18] : стр. 542-543  В том же журнале Пенни и др. ответили, что новая информация из клеточной и молекулярной геномики предоставила ранее недоступную информацию о происхождении эукариот. Они согласились, что «еще преждевременно делать выбор между интронами первыми, ранними или поздними... тем не менее, наш основной вывод заключается в том, что есть хороший прогресс в понимании сложности предковой эукариотической клетки». [18] : стр. 543 

Пенни также была частью исследовательской группы, которая изучала теории происхождения эукариот и отметила, что некоторые из них игнорируют историю жизни и экологические принципы, и было необходимо оспорить предсказания о том, что в ранней жизни был длительный период без хищников . Авторы пришли к выводу, что их результаты «согласуются с ожиданием того, что способность получать энергию путем поглощения других одноклеточных организмов развилась на ранних этапах эволюции... таким образом, исходя из первых принципов, маловероятно, что когда-либо был длительный период (1–3 миллиарда лет), когда не было хищников, которые жили, поглощая более мелкие клетки». Это имело значение при рассмотрении наиболее вероятного времени появления эукариот и поставило под сомнение точку зрения, что эти клетки возникли где-то между 9,85 и 2,75 миллиардами лет назад. Исходя из того, что фагоцитарные хищники были почти исключительно эукариотическими, в статье утверждалось, что они существовали на более ранних этапах эволюции. [19]

Эволюция птиц

После работы в качестве члена группы, исследующей эволюцию птиц в 2008 году, Пенни стал соавтором статьи, которая подтвердила, что в этой области существуют проблемы для эволюционных биологов. Авторы заявили, что это было отчасти из-за того, что ученые были введены в заблуждение «конвергенцией морфологии... [и]... проблемами и филогениями, основанными на коротких последовательностях ДНК». В статье также была предпринята попытка решить вопросы, связанные с «связями между кладами и сроками эволюции птиц», и на основе филогенетических данных был сделан вывод, что «семь видов Metave не имеют общей эволюционной истории в пределах Neoaves ». [20] Разрешение противоречий вокруг понимания эволюционных отношений между современными птицами из-за этой политомии в основании Neonaves является фокусом более поздних исследований, в которых участвовал Пенни. Новые разработки, предложенные в этой статье, включали снижение уровня шума и более точное использование формул для поиска предопределенных группировок в оптимальном дереве. Примечательно, что исследование сообщило о существовании девяти новых митохондриальных геномов , [которые] «подтверждают значительную диверсификацию по крайней мере 12 неоавианских линий в позднем меловом периоде ». [21] Пенни также принимал участие в исследовании 2010 года, которое предположило, что некоторые бескилевые птицы гнездились и, следовательно, ранее летали. [22] Одним из примеров является вымерший моа , тесно связанный с породой птиц тинаму из Южной Америки, который, по словам Пенни, мог прилететь или «быть занесен ветром в Новую Зеландию через Антарктиду до того, как она замерзла». [23]

Происхождение наземных растений

В статье, написанной в соавторстве с Пенни в 1995 году, отмечалось, что необходимо больше геномных данных для «установления и уточнения эволюционных связей... для точной оценки филогенетических деревьев... [для]... происхождения наземных растений как предпосылки для понимания перехода от водной к наземной среде обитания растений». [24] : стр. 137  В статье подвергается сомнению точка зрения о том, что изменчивость между генными деревьями из разных ядерных генов может привести к выводу о дереве «супергена», и предлагается включить высокие уровни изменчивости (герерогенности) генных деревьев в исследования происхождения наземных растений. Вывод состоял в том, что исследования показали, что «метод коалесцентного анализа различных подмножеств данных последовательно предполагает, что предки Zygnematales являются ближайшими родственниками наземных растений». [24] : стр. 139  Пенни была частью команды, которая в 2013 году продолжила изучать связь между зелеными водорослями и эволюцией наземных растений. В статье об исследовании, соавтором которой является Пенни, сделан вывод о том, что после анализа набора данных хлоропластного генома « только Zygnematales или клада , состоящая из Coleochaetales и Zygnematales, [являются] ближайшими ныне живущими родственниками наземных растений» [25] .

Вирусы

В 1989 году группа ученых, в которую входил Пенни, использовала науку эволюционных деревьев для анализа последовательностей из цепи H1 человеческих вирусов и пришла к выводу, что их выводы «согласуются с биологической (эволюционной) моделью». [26] К 2006 году исследователи, включая Пенни, описали молекулярную эпидемиологию респираторно-синцитиального вируса (РСВ), предоставив ключевую информацию для помощи в разработке вакцины против РСВ и разработке новых стратегий лечения. [27] Частота вируса гепатита С на островах Западной части Тихого океана была проверена в 2013 году, и в статье, соавтором которой был Пенни, была выдвинута гипотеза о том, что «генотипы 1 и/или 4 [циркулируют] среди жителей островов Южной части Тихого океана и что эти люди [были] генетически предрасположены к большей вероятности спонтанного разрешения инфекции ВГС, чем к тому, чтобы стать хроническими носителями». Однако исследователи предположили, что «распространенность и преобладание вируса гепатита С [сделали] его глобальной проблемой здравоохранения, и точные эпидемиологические данные должны лежать в основе любых усилий по предотвращению передачи и контролю вируса» [28] .

Взгляды на теорию эволюции

Пенни сказал Ким Хилл на RNZ в 2008 году, что любая модель, которую нельзя проверить, не имеет «большой пользы» [29], и статья, которую он написал в соавторстве в 1982 году, рассматривала утверждения Карла Поппера о том, что «дарвинизм [не был] проверяемой научной теорией». Исследование попыталось проверить теорию эволюции, сравнивая филогенетические деревья, занимая научную позицию, представляя программу, которая теоретически могла бы опровергнуть существование эволюционных деревьев. В нем был сделан вывод, что, поскольку это была «фальсифицируемая гипотеза», она соответствовала критериям научных теорий и могла поддерживать теорию эволюции, не принимая во внимание механику эволюции. [30] В 1986 году Пенни и Майкл Хенди написали главу в книге «Очарование статистики» . Они пересмотрели утверждение Карла Поппера о том, что теория эволюции не может быть проверена как научная теория из-за трудностей в прогнозировании прошлых событий, и пришли к выводу, что «статистику можно использовать для проведения тестов уникальных событий, которые произошли в прошлом». [31] Этот спор должен был стать постоянной темой в работе Пенни. Он участвовал в исследовании в 1991 году, целью которого было определить, без двусмысленности, может ли эволюционная теория соответствовать критериям Поппера для демаркации науки. Работа обнаружила, сравнивая деревья из тех же таксонов, но из «разных наборов данных», то, что, по заключению авторов, показало, что теория единственной последовательности, достаточной для реконструкции всей истории жизни, осталась «Мифом об универсальном дереве». [32] В 2003 году он стал соавтором статьи, в которой признавалось, что доказательство теории эволюции сопряжено с трудностями, но отмечалось, что «вопросы, связанные с проверяемостью эволюционной теории, решаются лучшей наукой... [редко с]... одним окончательным тестом... [скорее с]... конкретными тестами, ведущими к проверяемым предсказаниям». [33]

Пенни сказал, что то, что стало известно как дерево жизни , имеет библейское происхождение, а не фразу, впервые использованную Дарвином, хотя он и описал ее как «полезное сравнение». Пенни утверждал, что вместо использования концепции дерева жизни Дарвин называл свою теорию «происхождением с модификацией», которая могла включать идею эволюционного дерева, но технически была больше о циклах, возникающих в результате « гибридизации , эндосимбиотического переноса генов , латерального переноса генов , рекомбинации, сортировки линий , сложностей генеалогических отношений... [выделяя, например]... непрерывности между популяциями, подвидами и видами-братьями». [34]

Ассоциации

Пенни был президентом Ассоциации ученых Новой Зеландии с 1989 по 1991 год. [35]

Смерть

Пенни умерла в Палмерстон-Норте 20 мая 2024 года в возрасте 85 лет. [36] [37] [38]

Почести и награды

В 1990 году Пенни был избран членом Королевского общества Новой Зеландии . [39] В 2000 году он был награжден медалью Марсдена за выдающиеся заслуги перед наукой в ​​Новой Зеландии и на международном уровне, где он имел широкое признание и сеть соратников, был отмечен за «ассоциированные стипендии в Мертон-колледже, Оксфорд, и Дарвин-колледже, Кембридж, а также как бывший президент Общества молекулярной биологии и эволюции». [5]

В 2004 году Пенни получила медаль Резерфорда за вклад в теоретическую биологию, молекулярную эволюцию и анализ ДНК. [40]

Пенни был назначен кавалером новозеландского ордена «За заслуги» в новогодних почестях 2006 года за заслуги перед наукой. [41] В ежегодном отчете Института молекулярных биологических наук за 2007 год отмечалось, что эта награда присуждается «тем лицам, которые в любой области деятельности оказали достойную службу короне и нации или стали известными благодаря своим выдающимся заслугам, талантам, вкладу или другим заслугам». [16] : стр. 6 

В 2018 году Пенни стала третьим новозеландцем, удостоенным звания иностранного члена Национальной академии наук . [4]

Вклад Пенни в науку был широко признан современниками-учеными. Питер Локхарт из Университета Мэсси сказал, что Пенни внес «пожизненный и непреходящий вклад в изучение молекулярной эволюции ... [и]... его работа характеризуется большим любопытством, интуицией и способностью пересекать дисциплины. В частности, он неоднократно демонстрировал сверхъестественную способность распознавать инновационные решения проблем и видеть доказательства, которые математики в конечном итоге откроют». [4] Майк Стил из Университета Кентербери написал в дани уважения в New Zealand Science Review в 2009 году, что «формула Пенни [осталась] самым замечательным выражением в замкнутой форме для любого класса филогенетических деревьев в эволюционной биологии». [4]

Дальнейшие публикации

  • Evolution Now (2017). [42] Эту книгу Пенни описывают как «представляющую исторический взгляд на эволюцию... [призывающую к]... «истинному уважению» к научным знаниям». [43] Другой рецензент начал с того, что назвал Пенни «старейшиной новозеландской науки, всемирно признанным, высоко награждаемым и высоко цитируемым теоретиком и молекулярным биологом, который всю жизнь был увлечен эволюцией». В обзоре сделан вывод, что книга представляет собой «познавательную и увлекательную экскурсию по мышлению одного из величайших новозеландских ученых-эволюционистов... [и]... излагает ключевые шаги на пути к нашему современному пониманию эволюции, рассматривает некоторые общие истории, которые возникают в этой области, и определяет основные вопросы, которые остаются». [44]
  • Сотрудничество и эгоизм возникают в ходе молекулярной эволюции (2014). [45] В этой статье Пенни оспаривает понятие «эгоистичного гена» в эволюционной теории и приводит доводы о том, что «на макромолекулярном уровне генов и белков кооперативный аспект эволюции [был] более очевиден... [потому что]... тысячи белков должны функционировать вместе интегрированным образом, чтобы использовать и производить множество молекул, необходимых для функционирующей клетки». [45] : стр. 1  В своем обзоре статьи Билл Мартин из Дюссельдорфского университета, Германия, сказал, что, хотя выводы Пенни «не новы... эссе [было] достойным вкладом в отчет». [45] : стр. 6  Другой рецензент, Энтони Пул из Кентерберийского университета, сказал, что рукопись является своевременным обновлением и переосмыслением идеи. Он предложил, что дальнейшие пункты для обсуждения включают изучение проделанной работы, которая показала, что «кооперативность может происходить на более высоком уровне, даже если [была] конкуренция между особями на более низком уровне», и как компартментализация может избежать попадания в приписывание агентства. Пенни ответил и согласился с расширением обсуждения, и отметил, что некоторые из примеров, приведенных Пулом, показывающих взаимодействие между организмами, были полезны. [45] : стр. 7-8 
  • Our Relative Genetics (2004). [46] Пенни написал эту журнальную статью как обсуждение исследований, которые были проведены другими, чтобы выяснить, может ли геномная последовательность шимпанзе предоставить информацию о том, как генетическая конституция людей могла возникнуть как микроэволюция с фокусом на фактических генах, а не на регуляции генов. Он пришел к выводу, что если бы существовал «генетический континуум между нами и нашими предками и высшими обезьянами... [тогда]... эти процессы [были] генетически достаточными для полного объяснения человеческой уникальности — и это был бы мой кандидат на главную научную проблему, решенную в первом десятилетии нового тысячелетия». [46]

Ссылки

  1. ^ Холланд, Барбара Рут (2001). Эволюционный анализ больших наборов данных: деревья и далее: диссертация, представленная в качестве частичного выполнения требований для получения степени доктора философии по математике в Университете Мэсси (Докторская диссертация). Университет Мэсси.
  2. ^ Стил, Майкл Энтони (1989). Распределения на двуцветных эволюционных деревьях: диссертация, представленная в частичном соответствии с требованиями для получения степени доктора философии по математике в Университете Мэсси (Докторская диссертация). Университет Мэсси.
  3. ↑ Майкл А. Чарльстон: Дэвид Пенни — неукротимый эволюционный биолог. PNAS, т. 121, № 36, 2024, e2414870121, doi:10.1073/pnas.2414870121.
  4. ^ abcdefg "Профессор-эмеритус присоединяется к известной академии США". Университет Мэсси. Архивировано из оригинала 4 мая 2018 года . Получено 30 января 2019 года .
  5. ^ ab "Marsden Medal". Новозеландская ассоциация ученых NZAS . Архивировано из оригинала 24 декабря 2018 года . Получено 20 мая 2022 года .
  6. ^ Penny, David; et al. (1995). «Улучшенный анализ последовательностей мтДНК человека подтверждает недавнее африканское происхождение Homo sapiens» (PDF) . Молекулярная биология и эволюция . 12 (5). Oxford University Press (OUP): 863– 882. doi :10.1093/oxfordjournals.molbev.a040263. ISSN  1537-1719. PMID  7476132. Архивировано (PDF) из оригинала 14 мая 2022 г.
  7. ^ Мюррей-Макинтош, Розалинд П. и др. (21 июля 1998 г.). «Тестирование миграционных схем и оценка размера популяции-основателя в Полинезии с использованием последовательностей митохондриальной ДНК человека». PNAS . 95 (15): 9047– 9052. Bibcode :1998PNAS...95.9047M. doi : 10.1073/pnas.95.15.9047 . PMC 21200 . PMID  9671802. 
  8. ^ Fitch, Walter M.; Margoliash, Emanuel (20 января 1967 г.). «Построение филогенетических деревьев». Science . 155 (2760). Американская ассоциация содействия развитию науки: 279– 284. Bibcode :1967Sci...155..279F. doi :10.1126/science.155.3760.279. JSTOR  1720651. PMID  5334057. Архивировано из оригинала 23 мая 2022 г.
  9. ^ "E. David Penny". Национальная академия наук . Справочник участников. Архивировано из оригинала 24 марта 2019 года . Получено 18 мая 2022 года .
  10. ^ Fitch, Walter M. (4 июля 1988 г.). "Классика цитирования этой недели: построение филогенетических деревьев Фитчем и Марголиашем" (PDF) . Текущее содержание (27). Архивировано (PDF) из оригинала 24 апреля 2005 г.
  11. ^ Пенни, Дэвид (21 мая 1982 г.). «К основе классификации: неполнота мер расстояний, анализ несовместимости и фенетическая классификация». Журнал теоретической биологии . 96 (2): 129– 142. Bibcode : 1982JThBi..96..129P. doi : 10.1016/0022-5193(82)90216-8. PMID  7121024. Архивировано из оригинала 24 января 2022 г. Получено 19 мая 2022 г.
  12. ^ Penny, David; Hendy, MD (июнь 1985). «Тестирование методов построения эволюционного дерева». Cladistics . 1 (3): 266– 278. doi :10.1111/j.1096-0031.1985.tb00427.x. PMID  34965674. S2CID  84162845. Архивировано из оригинала 19 мая 2022 г.
  13. ^ Локхарт, Питер Дж.; Стил, Майкл А.; Хенди, Майкл Д.; Пенни (1994). «Восстановление эволюционных деревьев в рамках более реалистичной модели эволюции последовательностей». Молекулярная биология и эволюция . 11 (4): 605– 612. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040136 . PMID  19391266. Архивировано из оригинала 19 мая 2022 г.
  14. ^ Penny, David; et al. (1993). «Некоторые недавние достижения в методах эволюционных деревьев, New Zealand Journal of Botany». New Zealand Journal of Botany . 31 (3): 275– 288. doi : 10.1080/0028825X.1993.10419505 . Архивировано из оригинала 1 июля 2022 г.
  15. ^ ab Курланд, К. Г.; Коллинз, Л. Дж.; Пенни, Д. (июнь 2006 г.). «Геномика и нередуцируемая природа эукариотических клеток». Science . 312 (5776): 1011– 1014. Bibcode :2006Sci...312.1011K. doi :10.1126/science.1121674. PMID  16709776. S2CID  30768101. Архивировано из оригинала 20 мая 2022 г.
  16. ^ ab Годовой отчет Института молекулярных биологических наук (PDF) (Отчет). 2007. Архивировано (PDF) из оригинала 23 февраля 2013 г. Получено 20 мая 2022 г.
  17. ↑ Хэм, Бекки (19 мая 2006 г.). «Может ли эволюция сделать вещи менее сложными?». NBC News . Архивировано из оригинала 18 мая 2021 г. Получено 21 мая 2022 г.
  18. ^ ab Martin, W.; Dagan, T.; Koonin, EV; Dipippo, JL; Gogarten, JP; Lake, JA (27 апреля 2007 г.). Kavanagh, Etta (ред.). "Letters: The Evolution of Eukaryotes - Response". Science . 316 (5824): 542– 543. doi :10.1126/science.316.5824.542c. PMID  17463271. S2CID  42994518. Архивировано из оригинала 22 мая 2022 г.
  19. ^ de Nooijer, Silvester; Holland, Barbara R.; Penny, David (июнь 2009). «Появление хищников в ранней жизни: не было никакого Эдемского сада». PLOS ONE . 4 (6): e5507. Bibcode : 2009PLoSO...4.5507D. doi : 10.1371/journal.pone.0005507 . PMC 2685975. PMID  19492046 . 
  20. ^ Морган-Ричардс, Мэри и др. (23 января 2008 г.). «Эволюция птиц: тестирование клады Metaves с шестью новыми митохондриальными геномами». BMC Evolutionary Biology . 8 (20): 20. Bibcode : 2008BMCEE ...8...20M. doi : 10.1186/1471-2148-8-20 . PMC 2259304. PMID  18215323. 
  21. ^ Pratt, Renae C.; et al. (2009). «Toward Resolving Deep Neoaves Phylogeny: Data, Signal Enhancement, and Priors». Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 313– 326. doi : 10.1093/molbev/msn248 . hdl : 1885/57145 . PMID  18981298. Архивировано из оригинала 24 ноября 2022 г.
  22. ^ Филлипс, Мэтью Дж.; Гибб, Джиллиан К.; Кримп, Элизабет А.; Пенни, Дэвид (январь 2010 г.). «Тинаму и моа собираются вместе: анализ последовательности митохондриального генома выявляет независимые потери способности к полету среди бескилевых». Systematic Biology . 59 (1): 90– 107. doi : 10.1093/sysbio/syp079 . PMID  20525622. Архивировано из оригинала 22 мая 2022 г.
  23. ↑ Massey University (2 февраля 2010 г.). «ДНК предполагает, что Моа когда-то летал». Phys Org . Архивировано из оригинала 28 июля 2015 г. Получено 23 мая 2022 г.
  24. ^ ab Zhong, Bojian; Linhua, Sun; Penny, David (июль 2015 г.). «Происхождение наземных растений: филогеномная перспектива». Evolutionary Bioinformatics Online . 11 (11): 137– 41. doi :10.4137/EBO.S29089. PMC 4498653. PMID 26244002.  Архивировано из оригинала 22 мая 2022 г. 
  25. ^ Чжун, Боцзянь и др. (17 октября 2013 г.). «Водоросли-стрептофиты и происхождение наземных растений снова пересмотрены с использованием гетерогенных моделей с тремя новыми геномами хлоропластов водорослей». Молекулярная биология и эволюция . 31 (1): 177– 183. doi : 10.1093/molbev/mst200 . PMID  24136916. Архивировано из оригинала 19 мая 2022 г.
  26. ^ Хендерсон, IM; Хенди, Майкл Д.; Денни, Дэвид (9 октября 1989 г.). «Вирусы гриппа, кометы и наука об эволюционных деревьях». Журнал теоретической ботаники . 3 (9): 289– 303. Bibcode : 1989JThBi.140..289H. doi : 10.1016/S0022-5193(89)80087-6. PMID  2615399. Архивировано из оригинала 23 мая 2022 г.
  27. ^ Matheson, James W.; et al. (2006). «Различные закономерности эволюции между подгруппами A и B респираторно-синцитиального вируса из новозеландских изолятов, собранных за тридцать семь лет». Журнал медицинской вирусологии . 78 (10): 1354– 1364. doi : 10.1002/jmv.20702. PMID  16927286. S2CID  7701907. Архивировано из оригинала 23 мая 2022 г.
  28. ^ Харрисон, Г. Л. Эбби; и др. (20 августа 2013 г.). Худяков, Юрий Евгеньевич (ред.). «Частота заражения вирусом гепатита С и гаплотипами IL28B в Папуа-Новой Гвинее, Фиджи и Кирибати». ПЛОС ОДИН . 8 (8). Публичная научная библиотека (PLoS): e66749. Бибкод : 2013PLoSO...866749H. дои : 10.1371/journal.pone.0066749 . ISSN  1932-6203. ПМЦ 3748064 . PMID  23976941. Архивировано из оригинала 23 мая 2022 года. 
  29. ^ "Дэвид Пенни: биология и генетика". Radio NZ. 17 марта 2011 г. Архивировано из оригинала 7 февраля 2018 г. Получено 30 января 2019 г.
  30. ^ Пенни, Дэвид; Фоулдс, Л.Р.; Хенди, М.Д. (20 мая 1982 г.). «Проверка теории эволюции путем сравнения филогенетических деревьев, построенных из пяти различных последовательностей белков». Nature . 297 (5863): 197– 200. Bibcode :1982Natur.297..197P. doi :10.1038/297197a0. PMID  7078635. S2CID  4270111.[ мертвая ссылка ‍ ] Альтернативный URL
  31. ^ Хенди, Майкл Д.; Пенни, Дэвид (1986). «Как теория эволюции могла быть опровергнута, но не опровергнута». Очарование статистики. doi : 10.1201/9781003065388. ISBN 9781003065388. S2CID  243399147. Архивировано из оригинала 5 июня 2022 г.
  32. ^ Пенни, Дэвид; Хенди, Майкл Д.; Стил, Майкл А. (1991). «Проверка теории происхождения» (PDF) . Филогенетический анализ последовательностей ДНК : 154–183 . Архивировано (PDF) из оригинала 17 января 2015 г. Получено 23 мая 2022 г.
  33. ^ Penny, David; Hendy, Michael D.; Poole, Anthony M. (2003). «Проверка фундаментальных эволюционных гипотез». Journal of Theoretical Biology . 223 (3): 377– 385. Bibcode : 2003JThBi.223..377P. doi : 10.1016/S0022-5193(03)00099-7. PMID  12850457. Архивировано из оригинала 30 сентября 2023 г. Получено 1 октября 2023 г.
  34. ^ Пенни, Дэвид (июль 2011 г.). «Теория происхождения Дарвина с модификациями против библейского древа жизни». PLOS Biology . 9 (7): e1001096. doi : 10.1371/journal.pbio.1001096 . PMC 3130011. PMID 21750664. Архивировано из оригинала  25 июня 2022 г. 
  35. ^ "Past Presidents" (PDF) . Новозеландская ассоциация ученых. 17 марта 2011 г. Архивировано (PDF) из оригинала 25 января 2022 г. Получено 15 ноября 2021 г.
  36. ^ "Некролог Дэвида Пенни". The New Zealand Herald . 25 мая 2024 г. Получено 24 мая 2024 г.
  37. ^ "Умер всемирно признанный ученый из Университета Мэсси". Manawatū Standard . 29 мая 2024 г. Получено 30 мая 2024 г.
  38. ^ Филлипс, Мэтью Дж.; Пул, Энтони М.; Макленачан, Патрисия А.; Локхарт, Питер Дж.; Хенди, Майкл Д. (2024). «Дэвид Пенни (1938–2024)». Nature Ecology & Evolution . 8 (11): 2006–2007 . doi :10.1038/s41559-024-02540-3.
  39. ^ "Royal Society Te Apārangi, Our Fellows PR". Royal Society Te Apārangi. Архивировано из оригинала 2 января 2022 года . Получено 30 января 2019 года .
  40. ^ "Recipients of the Rutherford Medal". Royal Society Te Aparāngi . Архивировано из оригинала 30 апреля 2017 года . Получено 20 мая 2022 года .
  41. ^ "The New Year Honours". New Zealand Gazette Te Kahīti o Aotearoa . 13 января 2006 г. Архивировано из оригинала 22 января 2015 г. Получено 20 мая 2022 г.
  42. ^ Пенни, Дэвид (2017). Эволюция сейчас. Новая Зеландия : Xlibris. ISBN 9781499099317.
  43. ^ Даймонд, Роберт (2017). «Дэвид Пенни бросает вызов «антинаучным» взглядам в последней книге» (рецензия на книгу) . Broadway World . Архивировано из оригинала 21 мая 2022 г.
  44. ^ Crampton, James (2018). «Evolution Now» (рецензия на книгу) . Журнал Королевского общества Новой Зеландии . 48 (4): 291– 293. Bibcode : 2018JRSNZ..48..291C. doi : 10.1080/03036758.2017.1392325. S2CID  220463666. Архивировано из оригинала 21 мая 2022 года.Альтернативный URL-адрес
  45. ^ abcd Пенни, Дэвид (ноябрь 2014 г.). «Во время молекулярной эволюции возникают и сотрудничество, и эгоизм». Biology Direct . 10 (1): 26. doi : 10.1186/s13062-014-0026-5 . PMC 4266915. PMID  25486885. Архивировано из оригинала 23 мая 2022 г. 
  46. ^ ab Penny, David (15 января 2004 г.). «Our Relative Genetics». Nature . 427 (6971): 208– 209. doi :10.1038/427208a. PMID  14724623. S2CID  4341090. Архивировано из оригинала 1 июля 2022 г.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=David_Penny&oldid=1257822233"