Дэвид Бейкер (биохимик)
Американский биохимик и биолог-вычислитель (родился в 1962 году)

Дэвид Бейкер
Дэвид Бейкер на подкасте в 2020 году
Бейкер в 2020 году
Рожденный( 1962-10-06 )6 октября 1962 г. (62 года)
Сиэтл , Вашингтон, США
Альма-матер
Известный
СупругХаннеле Руохола-Бейкер
Награды
Научная карьера
ПоляВычислительная биология
Учреждения
ТезисРеконструкция межкомпартментного транспорта белков в дрожжевых экстрактах  (1989)
научный руководительРэнди Шекман
Другие научные консультантыДэвид Агард
ДокторантыРичард Бонно
Другие известные студентыБрайан Кульман , Таня Кортемме
Веб-сайтwww.bakerlab.org

Дэвид Бейкер (родился 6 октября 1962 года) — американский биохимик и вычислительный биолог , который стал пионером в области методов проектирования белков и прогнозирования их трехмерных структур . Он является профессором биохимии имени Генриетты и Обри Дэвис, исследователем в Медицинском институте Говарда Хьюза и адъюнкт-профессором геномных наук, биоинженерии, химической инженерии, компьютерных наук и физики в Вашингтонском университете . Он был удостоен совместной Нобелевской премии по химии 2024 года за свою работу по вычислительному проектированию белков . [3] [4]

Бейкер является членом Национальной академии наук США и директором Института белкового дизайна Вашингтонского университета. [5] Он стал соучредителем более дюжины биотехнологических компаний и был включен в первый список журнала Time «100 самых влиятельных людей в сфере здравоохранения» в 2024 году. [6]

Биография

Ранняя жизнь и образование

Бейкер родился в еврейской семье в Сиэтле , штат Вашингтон, 6 октября 1962 года, в семье физика Маршалла Бейкера и геофизика Марсии (урожденной Бургин) Бейкер. [7] Он окончил среднюю школу Гарфилда в Сиэтле . [8]

Бейкер получил степень бакалавра гуманитарных наук со специализацией в области биологии в Гарвардском университете в 1984 году. Затем он присоединился к лаборатории Рэнди Шекмана , где занимался в основном транспортом белков и торговлей ими в дрожжах, и получил степень доктора философии по биохимии в Калифорнийском университете в Беркли в 1989 году. [9] В 1993 году он завершил постдокторскую подготовку по биофизике у Дэвида Агарда в Калифорнийском университете в Сан-Франциско .

Карьера

В 1993 году Бейкер присоединился к кафедре биохимии Медицинской школы Вашингтонского университета в качестве преподавателя. В 2000 году он стал исследователем Медицинского института Говарда Хьюза . [10] В 2009 году Бейкер был избран членом Американской академии искусств и наук. [11]

Личная жизнь

Бейкер женат на Ханнеле Руохола-Бейкер , еще одном биохимике из Вашингтонского университета. У них двое детей.

Исследовать

Хотя Бейкер в первую очередь известен разработкой вычислительных методов для прогнозирования и проектирования структур и функций белков, он поддерживает активную экспериментальную биохимическую группу. [12] Он является автором более 600 научных работ. [13]

Группа Бейкера разработала алгоритм Rosetta для ab initio предсказания структуры белка , который был расширен до инструмента для проектирования белков, проекта распределенных вычислений под названием Rosetta@home , [12] [14] [15] и компьютерной игры Foldit . [16] [17] [18] Бейкер занимал должность директора Rosetta Commons, консорциума лабораторий и исследователей, которые разрабатывают программное обеспечение для предсказания и проектирования биомолекулярной структуры. Группа Бейкера регулярно участвовала в конкурсе предсказания структуры CASP , специализируясь на методах ab initio , включая как ручные, так и автоматизированные варианты протокола Rosetta. [19] [20] Используя искусственный интеллект , его группа позже разработала более новую версию программы, известную как RoseTTAFold. [21] [22]

Группа Бейкера также активна в области дизайна белков ; [12] [23] они известны разработкой Top7 , первого искусственного белка с новой структурой. [24]

В 2017 году Институт дизайна белков Бейкера получил более 11 миллионов долларов от Open Philanthropy [25] [26] , а в 2021 году — еще 3 миллиона долларов. [27]

В апреле 2019 года Бейкер выступил с докладом на конференции TED2019 в Ванкувере , Канада, под названием «5 проблем, которые мы могли бы решить, разработав новые белки». [28]

Бейкер стал соучредителем нескольких биотехнологических компаний, включая Prospect Genomics, которая была приобретена дочерней компанией Eli Lilly в 2001 году, [29] Icosavax, которая была приобретена AstraZeneca в 2023 году, [30] Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics и Xaira Therapeutics.

Награды

За свою работу по сворачиванию белков Бейкер получил множество наград, включая премию Овертона (2002), [31] Международную премию Саклера по биофизике (2008), [32] премию Уайли (2022) [33] и премию BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award в категории «Биология и биомедицина» (2022). [34]

За свою работу по дизайну белков Бейкер получил премию Ньюкомба Кливленда (2004), [35] премию Фейнмана в области нанотехнологий (2004) [36] и премию за прорыв в области наук о жизни (2021). [37]

В 2024 году Бейкеру была присуждена половина Нобелевской премии по химии за его работу по дизайну белков; другая половина досталась Джону М. Джамперу и Демису Хассабису за разработку AlphaFold , программы для прогнозирования структуры белков . [3] [4]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ "David Baker". Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Архивировано из оригинала 2 августа 2018 г. Получено 1 августа 2018 г.
  2. ^ "Institute for Protein Design wins $45M in finance from TED's Audacious Project". 17 апреля 2019 г. Архивировано из оригинала 18 апреля 2019 г. Получено 18 апреля 2019 г.
  3. ^ ab "Нобелевская премия по химии 2024". Nobel Media AB. Архивировано из оригинала 9 октября 2024 г. Получено 9 октября 2024 г.
  4. ^ ab "Пресс-релиз: Нобелевская премия по химии 2024 года". NobelPrize.org . Архивировано из оригинала 9 октября 2024 года . Получено 9 октября 2024 года .
  5. ^ "UW to Establish Institute for Protein Design". Вашингтонский университет. 13 апреля 2012 г. Архивировано из оригинала 15 января 2019 г. Получено 14 января 2019 г.
  6. ↑ Henshall, Will (2 мая 2024 г.). «Дэвид Бейкер». Time . Архивировано из оригинала 9 октября 2024 г. . Получено 30 сентября 2024 г. .
  7. ^ JINFO. «Еврейские лауреаты Нобелевской премии по химии». www.jinfo.org . Получено 9 октября 2024 г. .
  8. ^ Смит, Дженн (9 октября 2024 г.). «Дэвид Бейкер, профессор Вашингтонского университета, выросший в Сиэтле, получил Нобелевскую премию». The Seattle Times .{{cite web}}: CS1 maint: дата и год ( ссылка )
  9. ^ Бейкер, Дэвид (1989). Восстановление межкомпартментного транспорта белков в дрожжевых экстрактах (диссертация на соискание степени доктора философии). Калифорнийский университет в Беркли . OCLC  905883076. ProQuest  303670112.
  10. ^ "David Baker, PhD". hhmi.org . Медицинский институт Говарда Хьюза . Получено 30 сентября 2024 г. .
  11. ^ "Book of Members, 1780–2010: Chapter B" (PDF) . Американская академия искусств и наук. Архивировано (PDF) из оригинала 8 июля 2018 г. . Получено 5 мая 2011 г. .
  12. ^ abc Howes, Laura (23 июля 2019 г.). «Протеиновый обработчик, серийный предприниматель и строитель сообщества: внутри мозга Дэвида Бейкера». Новости химии и машиностроения .
  13. ^ Публикации Дэвида Бейкера, проиндексированные Google Scholar
  14. ^ Кастильо, Оскар; Мелин, Патрисия; Кацпшик, Януш, ред. (2018). Нечеткое логическое расширение нейронных и оптимизационных алгоритмов: теоретические аспекты и реальные приложения. Springer. стр. 455. ISBN 9783319710075. Архивировано из оригинала 9 октября 2024 г. . Получено 2 августа 2018 г. .
  15. ^ Бонно, Ричард; Ручински, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Контактный порядок и предсказание структуры белка ab initio». Protein Science . 11 (8): 1937–1944. doi :10.1110/ps.3790102. PMC 2373674 . PMID  12142448. 
  16. ^ Hand, E. (2010). «Гражданская наука: власть народа». Nature . 466 (7307): 685–687. doi : 10.1038/466685a . PMID  20686547.
  17. ^ Купер, С.; Хатиб, Ф.; Трей, А.; Барберо, Дж.; Ли, Дж.; Бинен, М.; Ливер-Фэй, А.; Бейкер, Д.; Попович, З.; Плеерс, Ф. (2010). «Предсказание структур белков с помощью многопользовательской онлайн-игры». Nature . 466 (7307): 756–760. Bibcode :2010Natur.466..756C. doi :10.1038/nature09304. PMC 2956414 . PMID  20686574. 
  18. ^ Маршалл, Джессика (22 января 2012 г.). «Победа краудсорсингового дизайна биомолекул». Nature . Nature Publishing Group. doi :10.1038/nature.2012.9872. Архивировано из оригинала 4 февраля 2024 г. Получено 30 сентября 2024 г.
  19. ^ Dimaio, F.; Terwilliger, TC; Read, RJ ; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, HL; Das, D.; Vorobiev, SM; Iwaï, H.; Pokkuluri, PR; Baker, D. (2011). «Улучшенная молекулярная замена с помощью оптимизации структуры белка, управляемой плотностью и энергией». Nature . 473 (7348): 540–3. Bibcode :2011Natur.473..540D. doi :10.1038/nature09964. PMC 3365536 . PMID  21532589. 
  20. ^ Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, AJ; Read, RJ ; Baker, D. (2007). «Высокоразрешающее предсказание структуры и проблема кристаллографической фазы». Nature . 450 (7167): 259–64. Bibcode :2007Natur.450..259Q. doi :10.1038/nature06249. PMC 2504711 . PMID  17934447. 
  21. ^ "Protein structures for all". Science . American Association for the Advancement of Science. 16 декабря 2021 г. Архивировано из оригинала 16 декабря 2022 г. Получено 30 сентября 2024 г.
  22. ^ «Как ИИ произвел революцию в науке о белках, но не положил ей конец». Журнал Quanta . Фонд Саймонса. 26 июня 2024 г. Архивировано из оригинала 9 октября 2024 г. Получено 30 сентября 2024 г.
  23. ^ Циммер, Карл (26 декабря 2017 г.). «Ученые разрабатывают кустарные белки для вашего тела». The New York Times . Архивировано из оригинала 2 августа 2018 г. Получено 2 августа 2018 г.
  24. ^ Кульман, Брайан; Дантас, Гаутам; Айретон, Грегори К.; Варани, Габриэль; Стоддард, Барри Л.; Бейкер, Дэвид (21 ноября 2003 г.). «Дизайн новой глобулярной белковой складки с точностью на атомном уровне». Science . 302 (5649): 1364–1368. Bibcode :2003Sci...302.1364K. doi :10.1126/science.1089427. PMID  14631033. S2CID  1939390.
  25. ^ "Open Philanthropy awards $11.3 million to the Institute for Protein Design". Institute for Protein Design . 4 апреля 2018 г. Получено 9 октября 2024 г.
  26. ^ "Университет Вашингтона — Универсальная вакцина от гриппа и вычислительная разработка белка (Дэвид Бейкер и Нил Кинг)". Open Philanthropy . Ноябрь 2017 г. Получено 9 октября 2024 г.
  27. ^ "Университет Вашингтона — Исследования дизайна белков (Дэвид Бейкер)". Open Philanthropy . Получено 9 октября 2024 г. .
  28. ^ "5 проблем, которые мы могли бы решить, разработав новые белки". 17 июня 2019 г. Архивировано из оригинала 9 февраля 2020 г. Получено 26 февраля 2020 г.
  29. ^ Гамильтон, Дэвид (2001). «Structural GenomiX приобретает исследовательскую фирму Prospect Genomics». Архивировано из оригинала 9 октября 2024 г. Получено 15 сентября 2024 г.
  30. ↑ Soper, Taylor (12 декабря 2023 г.). «AstraZeneca заплатит до 1,1 млрд долларов за приобретение Icosavax, биотехнологического подразделения Вашингтонского университета». GeekWire . Архивировано из оригинала 15 июля 2024 г. Получено 1 октября 2024 г.
  31. ^ "Лауреат премии Овертона 2002 года – Дэвид Бейкер". iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Получено 30 сентября 2024 г. .
  32. ↑ Лейла Грей (24 ноября 2008 г.). «Биохимик из Вашингтонского университета Дэвид Бейкер получит Международную премию Саклера по биофизике 2008 года за открытия в области сворачивания белков». Вашингтонский университет . Получено 29 апреля 2013 г.
  33. ^ "The Wiley Prize in Biomedical Sciences". wiley.com . Архивировано из оригинала 14 марта 2023 г. . Получено 30 сентября 2024 г. .
  34. ^ "BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award 2022". Архивировано из оригинала 21 сентября 2021 г. Получено 25 января 2023 г.
  35. ^ "Лауреаты премии Ньюкомба Кливленда". aaas.org . Архивировано из оригинала 11 декабря 2023 г. . Получено 30 сентября 2024 г. .
  36. ^ "Лауреаты премии Фейнмана 2004 года по нанотехнологиям". foresight.org . Архивировано из оригинала 9 октября 2024 г. . Получено 30 сентября 2024 г. .
  37. ^ "Премия за прорыв — объявлены победители Премии за прорыв 2021 года в области наук о жизни, фундаментальной физики и математики". breakingprize.org . Архивировано из оригинала 26 января 2021 г. . Получено 13 декабря 2021 г. .
В Scholia есть профиль Дэвида Бейкера (Q3814528).
  • Онлайн-лекция Дэвида Бейкера: «Краудсорсинг фолдинга белка: Rosetta@Home и FoldIt». Архивировано 2 июля 2017 г. на Wayback Machine
  • Онлайн-семинар Дэвида Бейкера: «Введение в проектирование белков». Архивировано 1 апреля 2016 г. на Wayback Machine.
  • Онлайн-семинар Дэвида Бейкера: «Разработка новых функций белков». Архивировано 1 апреля 2016 г. на Wayback Machine.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=David_Baker_(biochemist)&oldid=1251741044"