dTDP-глюкозо-4,6-дегидратаза
| dTDP-глюкозо-4,6-дегидратаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Номер ЕС | 4.2.1.46 | ||||||||
| Номер CAS | 37259-54-4 | ||||||||
| Альтернативные имена | РмлБ | ||||||||
| Базы данных | |||||||||
| ИнтЭнз | IntEnz вид | ||||||||
| БРЕНДА | запись BRENDA | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme вид | ||||||||
| КЕГГ | запись KEGG | ||||||||
| МетаЦик | метаболический путь | ||||||||
| ПРИАМ | профиль | ||||||||
| Структуры PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Генная онтология | АмиГО / КвикГО | ||||||||
| |||||||||
Фермент dTDP-глюкозо-4,6-дегидратаза ( EC 4.2.1.46 ) катализирует химическую реакцию
- dTDP-глюкоза dTDP-4-дегидро-6-дезокси- D -глюкоза + H 2 O
Структура и механизм действия
Первые белковые структуры dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы (RmlB) были завершены Джимом Тоденом в лаборатории Хейзела Холдена ( Университет Висконсин-Мэдисон ) и Саймоном Аллардом в лаборатории Джима Нейсмита ( Университет Сент-Эндрюс ). [1] [2] Дальнейшие структурные , мутагенные и ферментативные исследования обеих групп, наряду с важной механистической работой групп У. Уоллеса Клеланда и Перри Фрея , привели к хорошему пониманию этого фермента. [3] [4] Вкратце, фермент представляет собой димерный белок с укладкой Россмана ; он использует прочно связанный кофермент НАД + для временного окисления субстрата, активируя его для стадии дегидратации . [5] [6]
Номенклатура
Этот фермент принадлежит к семейству лиаз , а именно гидролиаз, которые расщепляют связи углерод-кислород. Систематическое название этого класса ферментов — dTDP-глюкоза-4,6-гидролиаза (dTDP-4-дегидро-6-дезокси- D -глюкозообразующая) . Другие общеупотребительные названия включают тимидиндифосфоглюкозооксидоредуктазу , TDP-глюкозооксидоредуктазу , RmlB , DESIV и dTDP-глюкозо-4,6-гидролиазу . Этот фермент участвует в 4 метаболических путях : метаболизме нуклеотидных сахаров , биосинтезе стрептомицина, биосинтезе поликетидных сахарных единиц и биосинтезе антибиотиков группы ванкомицина.
Ссылки
- ^ Allard, STM; Cleland WW ; Holden, HM. (2004). "Высокоразрешающая рентгеновская структура dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы из Streptomyces venezuelae". Журнал биологической химии . 279 (3): 2211–20. doi : 10.1074/jbc.M310134200 . PMID 14570895.
- ^ Allard, STM; Giraud, MF; Naismith, JH; et al. (2001). «Кристаллическая структура dTDP-d-глюкозо-4,6-дегидратазы (RmlB) из Salmonella enterica serovar typhimurium, второго фермента в пути dTDP-l-рамнозы». Журнал молекулярной биологии . 307 (1): 283–295. doi :10.1006/jmbi.2000.4470. PMID 11243820.
- ^ Хегеман AD, Гросс JW, Фрей PA (февраль 2002 г.). «Согласованные и пошаговые механизмы дегидратации, наблюдаемые в диком типе и мутировавшей Escherichia coli dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазе». Биохимия . 41 (8): 2797–804. CiteSeerX 10.1.1.557.8752 . doi :10.1021/bi011748c. PMID 11851427.
- ^ Gerratana B, Cleland WW, Frey PA (август 2001 г.). «Механистические роли Thr134, Tyr160 и Lys 164 в реакции, катализируемой dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазой». Биохимия . 40 (31): 9187–95. doi :10.1021/bi0108249. PMID 11478886.
- ^ Allard, STM; Beis K; Giraud MF; Hegeman AD; Gross JW; Wilmouth RC; Whitfield C; Graninger M; Messner P; Allen AG; Maskell DJ ; Naismith JH (январь 2002 г.). «К структурному пониманию механизма дегидратазы». Структура . 10 (1): 81–92. doi : 10.1016/S0969-2126(01)00694-3 . PMID 11796113.
- ^ Бейс К, Аллард; СТМ, Хегеман АД; Муршудов Г; Филп Д; Нейсмит ДжХ (октябрь 2003 г.). «Структура НАДН в ферменте dTDP-d-глюкозодегидратазе (RmlB)». J. Am. Chem. Soc . 125 (39): 11872–8. doi :10.1021/ja035796r. PMID 14505409.
Дальнейшее чтение
- Gilbert JM, Matshushi M, Strominger JL (1965). "Тимидиндифосфат 4-ацетамидо-4,6-дидезоксигексозы. II Очистка и свойства тимидиндифосфат d-глюкозооксидоредуктазы". J. Biol. Chem . 240 : 1305–8. doi : 10.1016/S0021-9258(18)97575-7 . PMID 14284740.
- Melo A, Elliott WH, Glaser L (1968). «Механизм синтеза 6-дезоксигексозы. I. Внутримолекулярный перенос водорода, катализируемый дезокситимидиндифосфат D-глюкозооксидоредуктазой». J. Biol. Chem . 243 (7): 1467–74. doi : 10.1016/S0021-9258(18)93566-0 . PMID 4869560.
- Ван СФ, Габриэль О (1969). «Биологические механизмы, участвующие в образовании дезоксисахаров. V Выделение и кристаллизация тимидиндифосфат-D-глюкозооксидоредуктазы из Escherichia coli B». J. Biol. Chem . 244 (13): 3430–7. doi : 10.1016/S0021-9258(18)83390-7 . PMID 4307450.
