Основной олигосахарид

Короткая цепь остатков сахара в грамотрицательном липополисахариде

Липополисахарид. Ядро включает как внутреннее, так и внешнее ядро.

Core олигосахарид (или Core-OS ) представляет собой короткую цепочку остатков сахара в грамотрицательном липополисахариде (LPS) . Core-OS очень разнообразны среди видов бактерий и даже внутри штаммов видов ^[1]

Структура

Основной домен всегда содержит олигосахаридный компонент, который присоединяется непосредственно к липиду А и обычно содержит сахара, такие как гептоза и 3-дезокси- D -маннооктулозоновая кислота (также известная как KDO или кето-дезоксиоктулозонат). ^[2] Ядра ЛПС многих бактерий также содержат неуглеводные компоненты, такие как фосфат , аминокислоты и этаноламиновые заместители.

Многие основные структуры были описаны в литературе, это описание основано на традиционной общей структуре (как обнаружено у кишечных бактерий и Pseudomonas ). Смотрите рисунок выше для обзора структуры, обнаруженной в E. coli R1.

Внутреннее ядро

«Основа» внутреннего ядра — 1–3 остатка KDO. Последний KDO часто модифицирован фосфатной или этаноламиновой группой. К KDO присоединены 2–3 гептозы (т. е. L-глицеро-D -манногептулоза ), которые обычно фосфорилируются. Эти KDO и гептозы составляют «внутреннее ядро». Кетозидная связь между KDO и липидом A (α2→6) особенно восприимчива к кислотному расщеплению. Исследователи LPS используют слабую кислотную обработку для разделения липидной и полисахаридной частей LPS.

Молекула ЛПС, в состав которой входит только липид А и внутреннее ядро (или меньше. См. пример ), называется «глубокошероховатым ЛПС».

Внешнее ядро

Внешнее ядро состоит из остатков гексозы , которые присоединены к последнему остатку гептозы во внутреннем ядре. Гексозы, часто встречающиеся во внешнем ядре, включают: D - глюкозу , D - маннозу , D - галактозу и т. д . Обычно имеется по крайней мере три гексозы, связанные β1→3, причем антиген O лигирован с третьей гексозой. Другие гексозы часто обнаруживаются присоединенными к внешнему ядру, ответвляясь от основного олигомера.

ЛПС, в состав которых входит липид А и полный основной олигосахарид (внутренний и внешний), называют «шероховатым ЛПС».

Биосинтез

Ферменты, участвующие в синтезе основных олигосахаридов, сохраняются среди Escherichia coli и Salmonella . У Pseudomonas aeruginosa есть некоторые уникальные ферменты. ^[3]^{: 273}

Функция

Механизм, посредством которого основной олигосахарид липополисахарида влияет на поведение мембраны, до конца не изучен.

Смотрите также

Эндотоксин

Ссылки

^ ab Heinrichs DE, Yethon JA, Whitfield C (октябрь 1998 г.). «Молекулярная основа структурного разнообразия в основных областях липополисахаридов Escherichia coli и Salmonella enterica». Молекулярная микробиология . 30 (2): 221– 32. doi :10.1046/j.1365-2958.1998.01063.x. PMID 9791168.
^ Hershberger C, Binkley SB (апрель 1968). «Химия и метаболизм 3-дезокси-D-маннооктулозоновой кислоты. I. Стереохимическое определение». Журнал биологической химии . 243 (7): 1578–84 . PMID 4296687.^{[ постоянная мертвая ссылка ‍ ]}
^ King JD, Kocíncová D, Westman EL, Lam JS (октябрь 2009 г.). «Обзор: биосинтез липополисахаридов у Pseudomonas aeruginosa». Innate Immunity . 15 (5): 261– 312. doi : 10.1177/1753425909106436 . PMID 19710102.

[heinrichs-1] Heinrichs DE, Yethon JA, Whitfield C (октябрь 1998 г.). «Молекулярная основа структурного разнообразия в основных областях липополисахаридов Escherichia coli и Salmonella enterica». Молекулярная микробиология . 30 (2): 221– 32. doi :10.1046/j.1365-2958.1998.01063.x. PMID 9791168.

[2] Hershberger C, Binkley SB (апрель 1968). «Химия и метаболизм 3-дезокси-D-маннооктулозоновой кислоты. I. Стереохимическое определение». Журнал биологической химии . 243 (7): 1578–84 . PMID 4296687.^{[ постоянная мертвая ссылка ‍ ]}

[King-3] King JD, Kocíncová D, Westman EL, Lam JS (октябрь 2009 г.). «Обзор: биосинтез липополисахаридов у Pseudomonas aeruginosa». Innate Immunity . 15 (5): 261– 312. doi : 10.1177/1753425909106436 . PMID 19710102.