Консорциум по функциональной гликомиксе
Исследовательская инициатива Glycomics
Консорциум по функциональной гликомиксе
Формирование2001
Цельопределить парадигмы, посредством которых взаимодействия белков и углеводов опосредуют клеточную коммуникацию
Штаб-квартираНаучно-исследовательский институт Скриппса
Членствооткрыто для любого исследователя, проводящего финансируемые грантом исследования гликансвязывающих белков или их лигандов
Главный исследователь
Джеймс Полсон, доктор философии.
Бюджетфинансируется за счет 10-летнего гранта от Национального института общих медицинских наук, входящего в состав Национальных институтов здравоохранения США (NIH)
Веб-сайтhttp://www.functionalglicomics.org

Консорциум по функциональной гликомиксе ( CFG ) — это крупная исследовательская инициатива, финансируемая в 2001 году грантом Национального института общих медицинских наук (NIGMS) для «определения парадигм, с помощью которых взаимодействия белков и углеводов опосредуют клеточную коммуникацию ». [1] Для достижения этой цели CFG изучает функции:

CFG состоит из восьми основных учреждений и более 500 участвующих исследователей, которые работают вместе, чтобы разрабатывать ресурсы и услуги и предоставлять их научному сообществу бесплатно. Данные, полученные этими ресурсами, сохраняются в базах данных, доступных через Functional Glycomics Gateway, веб-ресурс, поддерживаемый партнерством между CFG и Nature Publishing Group .

Организация

CFG состоит из трех основных компонентов: участвующих исследователей, основных членов и руководящего комитета.

Участвующие исследователи

Прогресс в достижении общей цели CFG обусловлен исследованиями более 500 участвующих исследователей (ПИ) по всему миру, чьи лаборатории используют ресурсы, услуги и данные, полученные научными центрами CFG.

PIs являются крупнейшим компонентом программы, продолжая расти с новыми членами каждый год. У каждого PI также есть программа исследований в рамках CFG, поддерживаемая не-CFG фондами. Исследователи подают заявку на членство и должны иметь финансируемый грант в рамках CFG, но им не обязательно присоединяться к CFG, чтобы получить доступ к ресурсам. Несколько PI также имеют финансируемые CFG мостовые гранты, которые в первую очередь привязаны к целям научных ядер и способствуют их достижению, на благо всех PI.

ИП организованы в 10 подгрупп, возглавляемых лидерами подгрупп:

  • Распознавание микроорганизмами гликанов хозяина
  • Иммунное распознавание гликанов
  • Гликаны в коммуникации иммунных клеток
  • Гликаны в развитии и физиологии
  • Гликаны в биологии рака
  • Гликаны в конформации и функции белка
  • Аналитическая гликомика
  • Химический синтез и микрочипы гликанов
  • 3-D структурная гликобиология
  • Биоинформатика

Подгруппы проводят не менее трех семинаров в год, где они сформировали несколько рабочих групп для использования финансирования CFG в своих усилиях по определению биологии GBP. Вклад PI в разъяснение парадигм, определяющих функцию GBP, зафиксирован в базах данных CFG, а также в исследовательских публикациях и обзорных статьях.

Ядра

Большая часть средств CFG инвестируется в научные ядра, которые отвечают за создание новых ресурсов, новых технологий и платформы информации, которую исследователи используют в своих исследованиях. Восемь ядер CFG описаны ниже:

  • Административное ядро ​​(A) , расположенное в Научно-исследовательском институте Скриппса , поддерживает руководящий комитет CFG, ядра и участвующих исследователей, планирует встречи и семинары, публикует ежеквартальный информационный бюллетень, содействует запросам ресурсов, отслеживает публикации, связанные с CFG, и пишет отчеты о ходе работы для NIGMS. Ядро A также тесно сотрудничает с ядром B для обновления и разработки нового контента для сайта Functional Glycomics Gateway.
  • Bioinformatics Core (B) , расположенный в Массачусетском технологическом институте , отвечает за получение, хранение и распространение всех данных и информации, связанных с CFG. Для этой цели Core B работает с Nature Publishing Group над разработкой сайта CFG's Functional Glycomics Gateway. Здесь Core B создал сложные реляционные базы данных для интеграции разнообразных наборов данных, созданных научными ядрами CFG и участвующими исследователями, а также наборов данных из других общедоступных баз данных. Чтобы повысить удобство использования этих баз данных, Core B сотрудничает с научными ядрами для разработки инструментов биоинформатики для добычи данных и прогнозирования [2] [3]
  • Аналитическое ядро ​​гликотехнологии (C) , расположенное в Имперском колледже Лондона , предлагает масс-спектрометрическое профилирование белковых N- и O-связанных гликанов из клеток млекопитающих, при этом наивысший приоритет отдается чистым популяциям человеческих или мышиных иммунных клеток. [4] [5]
  • Glycan Array Synthesis Core (D) , расположенный в Научно-исследовательском институте Скриппса , производит и собирает углеводные соединения (моносахариды, дисахариды и т. д.), гликансвязывающие белки и антигликановые антитела для распространения среди исследователей. Многие из этих реагентов были щедро предоставлены участвующими исследователями. Core D также синтезирует гликаны для CFG glycan array и печатает его (см. Core H ниже) [6] [7] [8]
  • Gene Microarray Core (E) , расположенный в Научно-исследовательском институте Скриппса , проверяет образцы РНК, предоставленные исследователями, на специально разработанном чипе гликогена, разработанном с использованием технологии Affymetrix . Чип содержит наборы зондов, предназначенных для мониторинга экспрессии приблизительно 2000 человеческих и мышиных генов, включая гликозилтрансферазы, гликансвязывающие белки, белки деградации гликанов, межклеточные белки транспорта белков, транспортеры сахара, молекулы адгезии, интерлейкины, муцины, факторы роста, цитокины, хемокины и многое другое. [9]
  • Mouse Transgenics Core (F) , ранее располагавшийся в The Scripps Research Institute , теперь закрыт. С 2001 по 2009 год Core F создал 26 линий мышей с полным и условным нокаутом, дефицитных по гликан-связывающим белкам или гликозилтрансферазам. Все штаммы Core F теперь архивируются в Mutant Mouse Regional Resource Center (MMRRC) в Калифорнийском университете в Дэвисе или в The Jackson Laboratory (Jax). В качестве услуги сообществу CFG по-прежнему поддерживает сайт в Functional Glycomics Gateway, чтобы помочь исследователям находить потенциальные источники линий мышей с нокаутом гликогена.
  • Mouse Phenotype Core (G) , расположенный в Медицинском исследовательском институте Санфорд-Бернхэм , работает с участвующими «наставниками» исследователей для оценки гистологии, гематологии, метаболизма, иммунологической функции и поведения линий мышей, созданных Core F, с целью описания фенотипических результатов удаления одного или нескольких гликогенов. По усмотрению Подкомитета по мышам Core G также иногда оценивает линии мышей, предоставленные исследователями.
  • Ядро взаимодействия белков и гликанов (H) , расположенное в Университете Эмори , анализирует созданные исследователем лектины, антитела, антисыворотки, микроорганизмы или предполагаемые гликансвязывающие белки человеческого, животного и микробного происхождения на массиве гликанов млекопитающих для определения углеводной специфичности и идентификации специфических лигандов. Текущая версия массива (v4.1), разработанная и напечатанная Core D, содержит 465 различных гликанов. [10] [11]

Руководящий комитет

CFG управляется руководящим комитетом под председательством Джеймса С. Полсона , доктора философии, профессора Исследовательского института Скриппса и главного исследователя гранта CFG на клей. Одиннадцать дополнительных экспертов по гликомике и один научный сотрудник NIGMS составляют остальную часть комитета.

Пять подкомитетов контролируют работу основных направлений и дают рекомендации руководящему комитету относительно приоритетов ресурсов и развития технологий: подкомитет по биоинформатике, подкомитет по гликановым массивам/библиотеке углеводов, подкомитет по анализу гликанов, подкомитет по мышам и подкомитет по номенклатуре.

Ресурсы

Описанные выше ресурсы и услуги CFG бесплатны для использования исследователями, изучающими сложную биологию, которая управляет взаимодействиями гликансвязывающих белков и их лигандов при обеспечении клеточной коммуникации.

Ресурсы можно запросить, отправив форму на веб-сайте Functional Glycomics Gateway. После получения запроса соответствующий основной директор рассматривает его и связывается с исследователем, если требуется дополнительная информация. После того, как основной директор завершает запрос и определяет, способно ли ядро ​​его выполнить, Руководящий комитет CFG рассматривает запрос для окончательного утверждения.

Членство в CFG не является обязательным условием для получения ресурсов, но исследовательское учреждение должно одобрить соглашение CFG об обмене данными для завершения процесса запроса ресурсов.

Базы данных

Данные, полученные научными ядрами CFG с образцами, представленными ПИ, и данные, полученные исследователями в их собственных лабораториях с использованием ресурсов CFG, загружаются в базы данных CFG для распространения среди исследователей и научного сообщества. Специальные базы данных для GBP, гликановых структур и гликозилтрансфераз предназначены для помощи в интеграции данных и оценке прогресса в отношении общей цели. [12]

Самый простой способ поиска по всей информации, связанной с CFG, — ввести ключевое слово (например, «галектин-1», «сиаловая кислота» и т. д.) или номенклатуру углеводов ИЮПАК в поле поиска в верхней части портала Functional Glycomics Gateway.

Финансирование

В 2001 году CFG получил пятилетний грант на клей в размере 34 миллионов долларов от NIGMS. [13] В 2006 году грант на клей CFG был продлен еще на пять лет с дополнительными 40,7 миллионами долларов. [14] Финансирование гранта на клей закончилось 31 августа 2011 года. CFG ищет альтернативное финансирование для продолжения многих аспектов CFG после периода финансирования гранта на клей.

Ссылки

  1. ^ Пресс-релиз NIGMS: "NIGMS присуждает грант "Glue Grant" для изучения Cell Talk - Национальный институт общих медицинских наук". Архивировано из оригинала 2010-05-27 . Получено 2010-03-05 .
  2. ^ Раман Р., Рагурам С., Венкатараман Г., Полсон Дж. К., Сасисекхаран Р. (2005). «Гликомика: комплексный системный подход к структурно-функциональным связям гликанов». Nature Methods . 2 (11): 817– 24. doi :10.1038/nmeth807. PMID  16278650. S2CID  4644919.
  3. ^ Танигучи Н., Полсон Дж. К. (май 2007 г.). «Границы гликомики; биоинформатика и биомаркеры в болезнях. 11–13 сентября 2006 г. Natcher Conference Center, кампус NIH, Бетесда, Мэриленд, США». Proteomics . 7 (9): 1360– 3. doi :10.1002/pmic.200700123. PMID  17436269. S2CID  33184910.
  4. ^ Haslam SM, North SJ, Dell A (октябрь 2006 г.). «Масс-спектрометрический анализ N- и O-гликозилирования тканей и клеток». Current Opinion in Structural Biology . 16 (5): 584–91 . doi :10.1016/j.sbi.2006.08.006. PMID  16938453.
  5. ^ Haslam SM, Julien S, Burchell JM, Monk CR, Ceroni A, Garden OA, Dell A (октябрь 2008 г.). «Характеристика гликома иммунной системы млекопитающих». Иммунология и клеточная биология . 86 (7): 564–73 . doi : 10.1038/icb.2008.54 . PMID  18725885. S2CID  46283701.
  6. ^ Новые технологии позволят нам лучше понять роль сложных сахарных цепей, украшающих поверхность клеток в организме. News-Medical.Net . 8 декабря 2004 г.
  7. ^ Paulson JC, Blixt O, Collins BE (май 2006). «Сладкие пятна в функциональной гликомике». Nature Chemical Biology . 2 (5): 238–48 . doi :10.1038/nchembio785. PMID  16619023. S2CID  22207047.
  8. ^ Blixt O, Razi N (2006). "Хемоферментативный синтез библиотек гликанов". Гликобиология . Методы в энзимологии. Т. 415. С.  137–53 . doi :10.1016/S0076-6879(06)15009-0. ISBN 9780121828202. PMID  17116472.
  9. ^ Комелли EM, Амадо M, Хэд SR, Полсон JC (2002). «Индивидуальный микрочип для гликобиологов: соображения по профилированию экспрессии гена гликозилтрансферазы». Симпозиум Биохимического общества . 69 (69): 135–42 . doi :10.1042/bss0690135. PMID  12655780.
  10. ^ Blixt O, Head S, Mondala T и др. (декабрь 2004 г.). «Печатный ковалентный гликановый массив для лигандного профилирования разнообразных гликан-связывающих белков». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (49): 17033– 8. Bibcode : 2004PNAS..10117033B . doi : 10.1073/pnas.0407902101 . PMC 534418. PMID  15563589. 
  11. ^ Альварес РА, Бликст О (2006). «Идентификация лигандной специфичности для гликан-связывающих белков с использованием гликановых массивов». Гликобиология . Методы в энзимологии. Т. 415. С.  292–310 . doi :10.1016/S0076-6879(06)15018-1. ISBN 9780121828202. PMID  17116481.
  12. ^ Раман Р., Венкатараман М., Рамакришнан С., Ланг В., Рагурам С., Сасисекхаран Р. (май 2006 г.). «Развитие гликомики: стратегии внедрения в консорциуме функциональной гликомики». Гликобиология . 16 (5): 82R – 90R . doi : 10.1093/glycob/cwj080 . PMID  16478800.
  13. ^ "Glue Grants - National Institute of General Medical Sciences". 29 января 2010 г. Архивировано из оригинала 29 января 2010 г.
  14. ^ Пресс-релиз TSRI: http://www.scripps.edu/news/press/090706.html
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Консорциум_по_функциональным_гликомиксам&oldid=1230314486"