Источник эталонного колокализации
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Бесплатный источник эталонных изображений для проверки колокализации в исследованиях флуоресцентной микроскопии |
| Контакт | |
| Авторы | Вадим Зинчук, Йонг У, Ольга Гроссенбахер-Зинчук |
| Дата выпуска | 2012 |
| Доступ | |
| Формат данных | Формат файла изображения с тегами без потерь (TIFF) |
| Веб-сайт | www.colocalization-benchmark.com |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Бесплатно |
| Версия | 1.1.1 |
Colocalization Benchmark Source ( CBS ) — это бесплатная коллекция загружаемых изображений для проверки и подтверждения степени колокализации маркеров в любых исследованиях флуоресцентной микроскопии . Колокализация — это визуальное явление, когда две интересующие молекулы связаны с теми же структурами в клетках и потенциально имеют общие функциональные характеристики. [1] [2] [3]
CBS предоставляет исследователям справочные инструменты для проверки результатов количественных измерений колокализации. [4] Он служит специализированной базой данных информатики биоизображений компьютерно -моделированных изображений с точно известными (предопределенными) значениями колокализации. Они были созданы с использованием алгоритма моделирования изображений . Эти эталонные изображения можно загружать как наборами, так и по отдельности. Вычисляя и сравнивая значения коэффициентов на своих изображениях с эталонными изображениями, исследователи могут подтверждать результаты количественных исследований колокализации. Использование изображений CBS было описано в ряде исследований. [5] [6] [7] [8]
Примеры
Исследователи могут отправлять примеры пользовательских изображений, когда эталонные изображения использовались для проверки колокализации на них. Отправленные изображения затем размещаются на сайте CBS вместе с описанием их свойств и значениями коэффициентов, таких как коэффициент корреляции Пирсона (Rr) , коэффициент перекрытия (R) и другие. Шаблон для отправки информации о пользовательских изображениях можно загрузить с сайта CBS.
Смотрите также
Ссылки
- ^ Bolte S & Cordelieres FP (2006). «Путеводитель по анализу субклеточной колокализации в световой микроскопии». J Microsc 224:213–232.
- ^ Comeau JW et al. (2006). «Руководство по точным измерениям колокализации с помощью флуоресцентной микроскопии». Biophys J 91:4611–4622.
- ^ Зинчук В. и Гроссенбахер-Зинчук О. (2009). «Последние достижения в количественном анализе колокализации: фокус на нейронауке». Prog Histochem Cytochem 44:125-172.
- ^ Мандерс Э. и др. (1993). «Измерение колокализации объектов на двухцветных конфокальных изображениях». J Microsc Oxford 169:375–382.
- ^ Wu Y и др. (2010). «Количественное определение пространственных белок-белковых корреляций в флуоресцентной конфокальной микроскопии». Biophys J 98:493-504.
- ^ Зинчук В и др. (2011). «Количественная оценка пространственных корреляций флуоресцентных маркеров с использованием улучшенного снижения фона с индексом близости белка и оценками коэффициента корреляции». Nat Protoc 6:1554-1567.
- ^ Зинчук В. и Гроссенбахер-Зинчук О. (2011). "Количественный анализ колокализации изображений конфокальной флуоресцентной микроскопии". Curr Protoc Cell Biol Unit 4.19. Архивировано 28.11.2009 в Wayback Machine
- ^ Зинчук В и др. (2013). «Преодоление разрыва между качественными и количественными результатами колокализации в исследованиях с помощью флуоресцентной микроскопии». Sci Rep 3:1365 doi:10.1038/srep01365.
Внешние ссылки
- Домашняя страница источника Colocalization Benchmark
