Ccdc60
Ген, кодирующий белок у человека
CCDC60
Идентификаторы
ПсевдонимыCCDC60 , домен спиральной спирали, содержащий 60
Внешние идентификаторыMGI : 2141043; HomoloGene : 18624; GeneCards : CCDC60; OMA :CCDC60 - ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

160777

269693

Ансамбль

ENSG00000183273

ENSMUSG00000043913

UniProt

Q8IWA6

Q8C4J0

РефСек (мРНК)

NM_178499

NM_177759
NM_001360004
NM_001360005

RefSeq (белок)

NP_848594

NP_808427
NP_001346933
NP_001346934

Местоположение (UCSC)Хр 12: 119,33 – 119,54 МбХр 5: 116.26 – 116.43 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Спиральный домен, содержащий 60, представляет собой белок , который у людей кодируется геном CCDC60 , который наиболее сильно экспрессируется в трахее , слюнных железах , мочевом пузыре , шейке матки и придатке яичка . [5]

Ген

Ген, кодирующий CCDC60, расположен на плюс-цепи хромосомы 12 (12q24.23) и содержит 14 экзонов. [6] Ген охватывает позиции 119334712-119541047. [7] Первая запись о гене, кодирующем CCDC60, в базе данных нуклеотидов NCBI возникла из набора данных, содержащего 15 000 полноразмерных последовательностей ДНК человека и мыши . [6]

Белок

Предсказанная структура CCDC60. [8]

CCDC60 состоит из 550 аминокислот. [9] Расчетная изоэлектрическая точка CCDC60 составляет 9,17, а расчетная молекулярная масса составляет приблизительно 63 кДа. [10] Вестерн-блоты линий клеток RT-4 и U-251 подтверждают предсказанную молекулярную массу. [11] Предполагаемое субклеточное расположение CCDC60 — митохондрии . [ 12] Вторичная структура CCDC60 содержит одноименный домен спиральной спирали в дополнение к предсказанным альфа-спиралям и катушкам. [13]

Регулирование

Экспрессия генов

Экспрессия CCDC60 является тканеспецифичной. CCDC60 наиболее сильно экспрессируется в трахее, слюнных железах, мочевом пузыре, шейке матки и придатке яичка. [5] CCDC60 также экспрессируется в эпителиальных клетках верхних дыхательных путей. [14] Данные секвенирования РНК показывают относительно высокие уровни экспрессии в простате, умеренную экспрессию в легких и яичниках и низкую экспрессию в толстой кишке, надпочечниках и мозге. [15]

Факторы транскрипции

Существует много кандидатов на роль факторов транскрипции , которые связываются с промоторной областью гена, кодирующего CCDC60. [16]

Кандидатные сайты связывания факторов транскрипции
СемьяОписание
СААТФактор связывания CCAAT
XBBFФактор привязки X-box
МЗФ1Миелоидный цинковый палец 1 фактор
ЕГРФсупрессор опухоли Вильмса
КЛФСФактор Крюппеля 2 (легкие) (LKLF)
ЗФО2Фактор транскрипции цинкового пальца C2H2 2
СПОКОЙСТВИЕАктиватор транскрипции, связывающий кальмодулин (CAMTA1, CAMTA2)
ИзвинитеSRY (регион определения пола Y)
САЛ1Сплеттоподобный фактор транскрипции 1
ВТБПФактор связывания белка позвоночных TATA
ТОРОПИТЬСЯSWI/SNF-связанный, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство a, член 3
ЕТСФФакторы ETS1 человека и мыши
РУКАПодсемейство Twist класса B фактора транскрипции bHLH
ХЕСФОсновной белок спираль-петля-спираль, известный как Dec2, Sharp1 или BHLHE41
ZFHXДвурукий цинковый палец гомеодоменный фактор транскрипции
КОРЗИНАCart-1 (хрящевой гомеопротеин 1)
НАГРЕВАТЬФактор теплового шока 2

Посттрансляционная модификация

CCDC60 является кандидатом на фосфорилирование протеинкиназой C. [ 17] Предполагается, что начальный остаток метионина будет отщеплен от полипептида после трансляции. [18]

Эволюционная история

Ортологи

Наиболее отдаленным родственным организмом, в котором можно найти вероятный ортолог человеческого CCDC60, является Amphimedon queenslandica , морская губка . Ортологи человеческого CCDC60 не обнаружены ни в одном прокариоте . Интересно, что нет известных ортологов среди членистоногих , хотя есть много других беспозвоночных , которые обладают вероятными ортологами.

Ортологи CCDC60
ОрганизмТаксономическая группаДивергенция (MYA) [19]Регистрационный номерДлина последовательностиОбщая идентичность последовательности [20]
ЧеловекГоминиды0NP_848594.2550100%
Филиппинский долгопятTarsiidae67XP_008067500.155977.29%
Серый мышиный лемурЛемурообразные73XP_012612137.154877.60%
Желтобрюхий сурокГрызуны90XP_027779037.155976.32%
Морская выдраХищные96XP_022373045.154884.90%
Флоридский ламантинПлаценталия105XP_004379174.155183,64%
Обыкновенный вомбатСумчатые159XP_027721296.156462.86%
Южный страусАвес312XP_009685824.148937.03%
Белоголовый орланАвес320XP_010573943.166132.02%
Лягушка Хай ГималаевАмфибии352XP_018413991.154037.31%
Западная когтистая лягушкаАмфибии352XP_012824143.165732.70%
Желтоголовый сомOsteichthyes435XP_027018543.157726.93%
Китовая акулаХрящевые рыбы473XP_020385120.167234,87%
Морская вазаАсцидиевые676XP_009860110.281828.31%
Желудевый червьПолухордовые684XP_006811258.173327,87%
Тихоокеанский пурпурный морской ёжEchinoidea684XP_011683370.179123,76%
Калифорнийский двухточечный осьминогМоллюски797XP_014780749.168927.05%
Горный звездный кораллКнидарии824XP_020617162.186431.28%
ТрихоплаксПлакозоа948XP_002117053.1124734,84%
ГубкаПорифера952XP_011405574.256922.87%

Паралоги

Паралоги CCDC60 неизвестны .

Взаимодействие белков

Существует несколько бинарных белковых взаимодействий с участием CCDC60, которые были экспериментально подтверждены. [21]

Взаимодействующие белки
БелокФункция [22]Взаимодействие
UPF3BУчаствует в бессмысленно-опосредованном распаде (NMD) мРНК, содержащих преждевременные стоп-кодоны, связываясь с комплексом ядерного экзонного соединения (EJC) и выступая в качестве связующего звена между ядром EJC и аппаратом NMD.Физическая ассоциация [23]
ZNF593Отрицательно модулирует активность связывания ДНК Oct-2 и, следовательно, его транскрипционную регуляторную активность.Физическая ассоциация [23]
ФАМ32АИзоформа 1, но не изоформа 2 или изоформа 3, может вызывать остановку G2 и апоптоз.Физическая ассоциация [23]
РБМ42Связывается (через домен RRM) с 3'-нетранслируемой областью (UTR) мРНК CDKN1A.Физическая ассоциация [23]
DCP1BМожет играть роль в деградации мРНК, как при нормальном обороте мРНК, так и при распаде мРНК, опосредованном бессмысленными молекулами.Физическая ассоциация [23]
ЭФРРецепторная тирозинкиназа связывает лиганды семейства EGF и активирует несколько сигнальных каскадов для преобразования внеклеточных сигналов в соответствующие клеточные ответы.Физическая ассоциация [24]
ФАМ204АНеизвестная функция.Физическая ассоциация [23]
ПРИЛОЖЕНИЕФункционирует как рецептор клеточной поверхности и выполняет физиологические функции на поверхности нейронов, связанные с ростом нейритов, нейрональной адгезией и аксоногенезом.Прямое взаимодействие [25]
МТУС2Связывает микротрубочки. Вместе с MAPRE1 может нацеливать деполимеразу микротрубочек KIF2C на плюс-конец микротрубочек.Прямое взаимодействие [26]
Б9Д1Компонент тектоноподобного комплекса, комплекса, локализованного в переходной зоне первичных ресничек и действующего как барьер, препятствующий диффузии трансмембранных белков между ресничками и плазматическими мембранами.Прямое взаимодействие [27]

Клиническое значение

Мутации в CCDC60 связаны с уменьшением скорости ходьбы. [28] Кроме того, CCDC60 является одним из многих генов-кандидатов, которые связаны с диагностикой шизофрении в исследовании всего генома. [29]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000183273 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000043913 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ ab She X, Rohl CA, Castle JC, Kulkarni AV, Johnson JM, Chen R (июнь 2009 г.). «Определение, сохранение и эпигенетика генов домашнего хозяйства и обогащения тканей». BMC Genomics . 10 (1): 269. doi : 10.1186/1471-2164-10-269 . PMC 2706266 . PMID  19534766. 
  6. ^ ab "Homo sapiens спирально-спиральный домен, содержащий 60 (CCDC60), мРНК". 2018-12-29. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  7. ^ Kent WJ, Sugnet CW, Furey TS, Roskin KM, Pringle TH, Zahler AM, Haussler D (июнь 2002 г.). «Браузер генома человека в Калифорнийском университете в Санта-Крузе». Genome Research . 12 (6): 996– 1006. doi :10.1101/gr.229102. PMC 186604. PMID  12045153 . 
  8. ^ Kelley LA, Mezulis S, Yates CM, Wass MN, Sternberg MJ (июнь 2015 г.). «Веб-портал Phyre2 для моделирования, прогнозирования и анализа белков». Nature Protocols . 10 (6): 845–58 . doi :10.1038/nprot.2015.053. PMC 5298202. PMID  25950237 . 
  9. ^ "белок 60, содержащий домен спиральной спирали [Homo sapiens] - Белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 04.03.2019 .
  10. ^ Bjellqvist B, Hughes GJ, Pasquali C, Paquet N, Ravier F, Sanchez JC, Frutiger S, Hochstrasser D (октябрь 1993 г.). "Фокусирующие позиции полипептидов в иммобилизованных градиентах pH можно предсказать по их аминокислотным последовательностям". Электрофорез . 14 (10): 1023–31 . doi :10.1002/elps.11501401163. PMID  8125050. S2CID  38041111.
  11. ^ "Антитело Anti-CCDC60, полученное у кролика HPA039048". Иммуногистохимия, Western . Получено 2019-05-12 .
  12. ^ Эмануэльссон О., Нильсен Х., Брунак С., фон Хейне Г. (июль 2000 г.). «Предсказание субклеточной локализации белков на основе их N-концевой аминокислотной последовательности». Журнал молекулярной биологии . 300 (4): 1005–16 . doi :10.1006/jmbi.2000.3903. PMID  10891285.
  13. ^ Клаусен М.С., Йесперсен MC, Нильсен Х, Йенсен К.К., Юрц В.И., Сондерби К.К., Соммер М.О., Винтер О., Нильсен М., Петерсен Б., Маркатили П. (июнь 2019 г.). «NetSurfP-2.0: Улучшенное предсказание структурных особенностей белка с помощью интегрированного глубокого обучения». Белки . 87 (6): 520–527 . bioRxiv 10.1101/311209 . дои : 10.1002/prot.25674. PMID  30785653. S2CID  216629401. 
  14. ^ "Десять лучших салфеток CCDC60". Genevisible .
  15. ^ "Эксперимент < Атлас выражений < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 12.05.2019 .
  16. ^ Cartharius K, Frech K, Grote K, Klocke B, Haltmeier M, Klingenhoff A, Frisch M, Bayerlein M, Werner T (июль 2005 г.). «MatInspector и дальше: анализ промотора на основе сайтов связывания факторов транскрипции». Биоинформатика . 21 (13): 2933– 42. doi : 10.1093/bioinformatics/bti473 . PMID  15860560.
  17. ^ Blom N, Sicheritz-Pontén T, Gupta R, Gammeltoft S, Brunak S (июнь 2004 г.). «Предсказание посттрансляционного гликозилирования и фосфорилирования белков из аминокислотной последовательности». Proteomics . 4 (6): 1633– 49. doi :10.1002/pmic.200300771. PMID  15174133. S2CID  18810164.
  18. ^ Charpilloz C, Veuthey AL, Chopard B, Falcone JL (июль 2014 г.). «Дерево мотивов: новый метод прогнозирования посттрансляционных модификаций» (PDF) . Биоинформатика . 30 (14): 1974–82 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu165 . PMID  24681905.
  19. ^ "TimeTree - The Timescale of Life". TimeTree . Архивировано из оригинала 13 мая 2019 . Получено 12 мая 2019 .
  20. ^ "Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью запроса по белкам". blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 12.05.2019 .
  21. ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk . Получено 2019-05-12 .
  22. ^ "UniProt". www.uniprot.org . Получено 2019-05-12 .
  23. ^ abcdef Huttlin EL, Bruckner RJ, Paulo JA, Cannon JR, Ting L, Baltier K и др. (май 2017 г.). «Архитектура человеческого интерактома определяет белковые сообщества и сети заболеваний». Nature . 545 (7655): 505– 509. Bibcode :2017Natur.545..505H. doi :10.1038/nature22366. PMC 5531611 . PMID  28514442. 
  24. ^ Яо З, Даровски К, Сен-Дени Н, Вонг В, Оффенсперже Ф, Вильдье А и др. (январь 2017 г.). «Глобальный анализ взаимодействия рецепторной тирозинкиназы и протеинфосфатазы». Molecular Cell . 65 (2): 347– 360. doi :10.1016/j.molcel.2016.12.004. PMC 5663465 . PMID  28065597. 
  25. ↑ Олах Дж, Винце О, Вирок Д, Симон Д, Божо З, Тыкеши Н, Хорват I, Главанда Е, Ковач Дж, Мадьяр А, Шоч М, Орос Ф, Пенке Б, Овади Дж (сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических характерных белков: полимеризация тубулина, способствующая белку / p25, бета-амилоиду и альфа-синуклеину». Журнал биологической химии . 286 (39): 34088– 100. doi : 10.1074/jbc.M111.243907 . ПМК 3190826 . ПМИД  21832049. 
  26. ^ Ролланд Т., Ташан М., Шарлото Б., Певзнер С.Дж., Чжун К., Сахни Н. и др. (ноябрь 2014 г.). «Карта сети человеческого интерактома в масштабе протеома». Cell . 159 (5): 1212– 1226. doi :10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588 . PMID  25416956. 
  27. ^ Даудл В.Е., Робинсон Дж.Ф., Кнейст А., Сирерол-Пикер М.С., Фринц С.Г., Корбит К.С., Заглул Н.А., Заглул Н.А., ван Лейншотен Г., Малдерс Л., Вервер Д.Е., Зеррес К., Рид Р.Р., Аттие-Битач Т., Джонсон К.А., Гарсиа-Вердуго Дж.М., Катсанис Н., Бергманн С., Райтер JF (июль 2011 г.). «Нарушение белкового комплекса ресничек B9 вызывает синдром Меккеля». Американский журнал генетики человека . 89 (1): 94–110 . doi :10.1016/j.ajhg.2011.06.003. ПМК 3135817 . ПМИД  21763481. 
  28. ^ Lunetta KL, D'Agostino RB, Karasik D, Benjamin EJ, Guo CY, Govindaraju R, Kiel DP, Kelly-Hayes M, Massaro JM, Pencina MJ, Seshadri S, Murabito JM (сентябрь 2007 г.). "Генетические корреляты долголетия и выбранные возрастные фенотипы: исследование ассоциаций по всему геному в исследовании Фрамингема". BMC Medical Genetics . 8 (Suppl 1): S13. doi : 10.1186/1471-2350-8-s1-s13 . PMC 1995604 . PMID  17903295. 
  29. ^ Киров Г, Захариева И, Георгиева Л, Москвина В, Николов И, Сичон С, Хиллмер А, Тончева Д, Оуэн М.Дж., О'Донован М.С. (август 2009 г.). "Исследование ассоциаций по всему геному в 574 трио больных шизофренией с использованием объединения ДНК". Молекулярная психиатрия . 14 (8): 796– 803. doi : 10.1038/mp.2008.33 . PMID  18332876. S2CID  7969539.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ccdc60&oldid=1188049532"