CLK1

CLK1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1Z57, 2VAG, 5J1V, 5J1W
Идентификаторы
Псевдонимы	CLK1 , CLK, CLK/STY, STY, CDC-подобная киназа 1
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 601951; МГИ : 107403; Гомологен : 101535; Генные карты : CLK1; OMA :CLK1 — ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 2 (человек)
Конец	200,864,691 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 1 (мышь)
Конец	58,463,225 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	гранулоцит; ; правая маточная труба; ; правый яичник; ; левый яичник; ; большеберцовый нерв; ; передняя доля гипофиза; ; Сегмент С1; ; левая доля щитовидной железы; ; канал шейки матки; ; слизистая оболочка желудка;
	Верх выражен в
	гранулоцит; ; нервный слой сетчатки; ; шишковидная железа; ; селезенка; ; лимфатический узел; ; левая доля легкого; ; верхний шейный ганглий; ; кровь; ; средняя оболочка зоны аорты; ; кожа наружного уха;
	Больше данных по справочным выражениям
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	трансферазная активность; связывание нуклеотидов; активность протеин серин/треонин/тирозинкиназы; активность протеин серин/треонин киназы; активность протеинкиназы; активность протеинтирозинкиназы; активность тирозинкиназы белка, не проходящего через мембрану; связывание белков; Связывание АТФ; активность киназы;
Клеточный компонент	цитоплазма; ядро;
Биологический процесс	аутофосфорилирование белков; пептидил-тирозиновое фосфорилирование; регуляция сплайсинга РНК; фосфорилирование белков; пролиферация популяции клеток; пептидил-треониновое фосфорилирование; пептидил-сериновое фосфорилирование; фосфорилирование;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	1195
	12747
	ENSG00000013441
	ENSMUSG00000026034
	Р49759
	Р22518
	НМ_001024646 ; НМ_001162407 ; НМ_004071
	NM_001042634 ; NM_009905
	NP_001155879 ; NP_004062
	NP_001036099
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Протеинкиназа двойной специфичности CLK1 — это фермент , который у человека кодируется геном CLK1 . [ ^5]^[6]

Функция

Этот ген кодирует члена семейства протеинкиназ двойной специфичности CDC2 (или LAMMER) . В ядре клетки кодируемый белок фосфорилирует белки, богатые серином / аргинином, участвующие в обработке пре-мРНК, высвобождая их в нуклеоплазму . Выбор участков сплайсинга во время обработки пре-мРНК может регулироваться концентрацией трансактных факторов, включая белки, богатые серином/аргинином. Таким образом, кодируемый белок может играть косвенную роль в управлении выбором участка сплайсинга. ^[6]

Взаимодействия

Было показано, что CLK1 взаимодействует с ASF/SF2 . ^[7]^[8]

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000013441 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000026034 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Talmadge CB, Finkernagel S, Sumegi J, Sciorra L, Rabinow L (декабрь 1998 г.). «Хромосомное картирование трех генов, кодирующих протеинкиназу LAMMER человека». Hum Genet . 103 (4): 523– 4. doi :10.1007/s004390050861. PMID 9856501. S2CID 40593571.
^ ab "Ген Entrez: CLK1 CDC-подобная киназа 1".
^ Colwill K, Feng LL, Yeakley JM, Gish GD, Cáceres JF, Pawson T, Fu XD (октябрь 1996 г.). «Протеинкиназы SRPK1 и Clk/Sty демонстрируют различную субстратную специфичность для факторов сплайсинга, богатых серином/аргинином». J. Biol. Chem . 271 (40): 24569– 75. doi : 10.1074/jbc.271.40.24569 . PMID 8798720.
^ Умехара Х, Нишии Ю, Моришима М, Какехи Ю, Киока Н, Амачи Т, Коидзуми Дж, Хагивара М, Уэда К (февраль 2003 г.). «Влияние лечения цисплатином на пятнистое распределение богатого серином/аргинином ядерного белка CROP/Luc7A». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 301 (2): 324–9 . doi :10.1016/S0006-291X(02)03017-6. ПМИД 12565863.

Внешние ссылки

Расположение генома человека CLK1 и страница с подробностями гена CLK1 в браузере геномов UCSC .

Дальнейшее чтение

Джонсон К. В., Смит К. А. (1991). «Молекулярное клонирование новой человеческой протеинкиназы, подобной cdc2/CDC28». J. Biol. Chem . 266 (6): 3402– 7. doi : 10.1016/S0021-9258(19)67807-5 . PMID 1704889.
Ben-David Y, Letwin K, Tannock L, Bernstein A, Pawson T (1991). «Протеинкиназа млекопитающих с потенциалом фосфорилирования серина/треонина и тирозина связана с регуляторами клеточного цикла». EMBO J . 10 (2): 317– 25. doi :10.1002/j.1460-2075.1991.tb07952.x. PMC 452648 . PMID 1825055.
Hanes J, von der Kammer H, Klaudiny J, Scheit KH (1995). «Характеристика двух новых человеческих протеинкиназ с помощью клонирования кДНК. Доказательства путем сравнения последовательностей нового семейства млекопитающих протеинкиназ». J. Mol. Biol . 244 (5): 665–72 . doi :10.1006/jmbi.1994.1763. PMID 7990150.
Colwill K, Pawson T, Andrews B, Prasad J, Manley JL, Bell JC, Duncan PI (1996). «Протеинкиназа Clk/Sty фосфорилирует факторы сплайсинга SR и регулирует их внутриядерное распределение». EMBO J . 15 (2): 265– 75. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00357.x. PMC 449941 . PMID 8617202.
Colwill K, Feng LL, Yeakley JM, Gish GD, Cáceres JF, Pawson T, Fu XD (1996). "Протеинкиназы SRPK1 и Clk/Sty демонстрируют различную субстратную специфичность для факторов сплайсинга, богатых серином/аргинином". J. Biol. Chem . 271 (40): 24569– 75. doi : 10.1074/jbc.271.40.24569 . PMID 8798720.
Nestel FP, Colwill K, Harper S, Pawson T, Anderson SK (1997). "RS-циклофилины: идентификация циклофилина, связанного с NK-TR1". Gene . 180 ( 1– 2): 151– 5. doi :10.1016/S0378-1119(96)00436-2. PMID 8973360.
Moeslein FM, Myers MP, Landreth GE (1999). "Киназы семейства CLK, CLK1 и CLK2, фосфорилируют и активируют тирозинфосфатазу, PTP-1B". J. Biol. Chem . 274 (38): 26697– 704. doi : 10.1074/jbc.274.38.26697 . PMID 10480872.
Menegay HJ, Myers MP, Moeslein FM, Landreth GE (2000). «Биохимическая характеристика и локализация двойной специфичности киназы CLK1». J. Cell Sci . 113 (18): 3241– 53. doi :10.1242/jcs.113.18.3241. PMID 10954422.
Кодзима Т., Зама Т., Вада К., Оноги Х., Хагивара М. (2001). «Клонирование человеческого PRP4 выявляет взаимодействие с Clk1». J. Biol. Chem . 276 (34): 32247– 56. doi : 10.1074/jbc.M103790200 . PMID 11418604.
Hartmann AM, Rujescu D, Giannakouros T, Nikolakaki E, Goedert M, Mandelkow EM, Gao QS, Andreadis A, Stamm S (2001). "Регулирование альтернативного сплайсинга экзона 10 человеческого тау фосфорилированием факторов сплайсинга". Mol. Cell. Neurosci . 18 (1): 80– 90. doi :10.1006/mcne.2001.1000. PMID 11461155. S2CID 18388526.
Lai MC, Lin RI, Tarn WY (2003). "Дифференциальные эффекты гиперфосфорилирования на фактор сплайсинга SRp55". Biochem. J . 371 (Pt 3): 937– 45. doi :10.1042/BJ20021827. PMC 1223332 . PMID 12549978.
Умехара Х., Нисии Ю., Моришима М., Какехи Ю., Киока Н., Амачи Т., Коидзуми Дж., Хагивара М., Уэда К. (2003). «Влияние лечения цисплатином на пятнистое распределение богатого серином/аргинином ядерного белка CROP/Luc7A». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 301 (2): 324–9 . doi :10.1016/S0006-291X(02)03017-6. ПМИД 12565863.
Kantham L, Kerr-Bayles L, Godde N, Quick M, Webb R, Sunderland T, Bond J, Walder K, Augert G, Collier G (2003). «Beacon взаимодействует с киназами, подобными cdc2/cdc28». Biochem. Biophys. Res. Commun . 304 (1): 125– 9. doi :10.1016/S0006-291X(03)00549-7. PMID 12705895.
Прасад Дж., Мэнли Дж. Л. (2003). «Регуляция и субстратная специфичность протеинкиназы SR Clk/Sty». Mol. Cell. Biol . 23 (12): 4139– 49. doi :10.1128/MCB.23.12.4139-4149.2003. PMC 156123. PMID 12773558 .
Hillman RT, Green RE, Brenner SE (2005). "Недооцененная роль РНК-надзора". Genome Biol . 5 (2): R8. doi : 10.1186/gb-2004-5-2-r8 . PMC 395752. PMID 14759258 .
Muraki M, Ohkawara B, Hosoya T, Onogi H, Koizumi J, Koizumi T, Sumi K, Yomoda J, Murray MV, Kimura H, Furuichi K, Shibuya H, Krainer AR, Suzuki M, Hagiwara M (2004). «Манипуляция альтернативным сплайсингом с помощью недавно разработанного ингибитора Clks». J. Biol. Chem . 279 (23): 24246– 54. doi : 10.1074/jbc.M314298200 . PMID 15010457.
Руал Дж.Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С., Лламосас Е., Чевик С., Бекс С., Ламеш П., Сикорски Р.С., Ванденхаут Дж., Зогби Х.Ю., Смоляр А., Босак С., Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Е., Хилл Д.Е., Рот Ф.П., Видал М. (2005). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173– 8. Библиографический код : 2005Natur.437.1173R. doi : 10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Velazquez-Dones A, Hagopian JC, Ma CT, Zhong XY, Zhou H, Ghosh G, Fu XD, Adams JA (2006). "Масс-спектрометрический и кинетический анализ фосфорилирования ASF/SF2 с помощью SRPK1 и Clk/Sty". J. Biol. Chem . 280 (50): 41761– 8. doi : 10.1074/jbc.M504156200 . PMID 16223727.

Эта статья о гене на хромосоме 2 человека — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000013441 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000026034 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9856501-5] Talmadge CB, Finkernagel S, Sumegi J, Sciorra L, Rabinow L (декабрь 1998 г.). «Хромосомное картирование трех генов, кодирующих протеинкиназу LAMMER человека». Hum Genet . 103 (4): 523– 4. doi :10.1007/s004390050861. PMID 9856501. S2CID 40593571.

[entrez-6] "Ген Entrez: CLK1 CDC-подобная киназа 1".

[pmid8798720-7] Colwill K, Feng LL, Yeakley JM, Gish GD, Cáceres JF, Pawson T, Fu XD (октябрь 1996 г.). «Протеинкиназы SRPK1 и Clk/Sty демонстрируют различную субстратную специфичность для факторов сплайсинга, богатых серином/аргинином». J. Biol. Chem . 271 (40): 24569– 75. doi : 10.1074/jbc.271.40.24569 . PMID 8798720.

[pmid12565863-8] Умехара Х, Нишии Ю, Моришима М, Какехи Ю, Киока Н, Амачи Т, Коидзуми Дж, Хагивара М, Уэда К (февраль 2003 г.). «Влияние лечения цисплатином на пятнистое распределение богатого серином/аргинином ядерного белка CROP/Luc7A». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 301 (2): 324–9 . doi :10.1016/S0006-291X(02)03017-6. ПМИД 12565863.