CLC биография
 | |
| Тип компании | Частная компания |
|---|---|
| Промышленность | Биоинформатика |
| Основан | 2005 |
| Штаб-квартира | , |
Обслуживаемая территория | Дания Кембридж, Массачусетс Токио Тайбэй Дели |
| Продукция | Программное обеспечение и консалтинг |
| Веб-сайт | http://www.clcbio.com (мертв) |
CLC bio была компанией , занимающейся программным обеспечением для биоинформатики , которая разработала программный пакет , впоследствии купленный QIAGEN . [1]
История
CLC bio начала коммерческую деятельность 1 января 2005 года, ее главный офис находится в Орхусе , Дания . Разработка ее продукта также частично финансировалась за счет сотрудничества с исследователями в рамках проектов, финансируемых за счет грантов. [2] [3] К 2012 году у нее были дополнительные офисы в Кембридже, Массачусетсе , Токио , Тайбэе и Дели , с персоналом, в основном имеющим исследовательский опыт (30% имели докторскую степень) [4] , и была создана пользовательская база из около 250 000 пользователей как в академических учреждениях, так и в биотехнологических компаниях. [5] [6]
CLC bio была приобретена QIAGEN в 2013 году и объединена с ее подразделением биоинформатических исследований и разработок вместе с несколькими другими приобретенными платформами в 2014 году. [7] [8] [9]
Программное обеспечение
Основная деятельность CLC bio заключалась в разработке программного обеспечения для настольных компьютеров ( Mac OS X , Windows и Linux ), корпоративного и облачного программного обеспечения для анализа биологических данных . CLC bio разработала некоторые из своих собственных алгоритмов с открытым исходным кодом , а также собственные реализации нескольких существующих популярных приложений с ускорением SIMD . В 2010 году CLC bio стала известна как первая коммерческая платформа для анализа биоинформатики, которая использовала графический пользовательский интерфейс для создания, управления и развертывания рабочих процессов анализа, а также инструменты командной строки , SOAP и REST API, а позднее и возможность запуска контейнерных инструментов. [10]
По мере добавления дополнительных возможностей в программную платформу она в конечном итоге была разделена на несколько тематических рабочих мест и плагинов с наборами функций, относящихся к различным приложениям (например, анализ путей , геномика и другие омики ). Функции включают в себя картирование прочтений и сборку de novo данных высокопроизводительного секвенирования , обнаружение SNP и структурных вариаций по всему геному , ChIP-seq , RNA-Seq , анализ малых РНК , завершение генома, микробную геномику, структурную биологию и функции для анализа, визуализации и сравнения геномных , транскриптомных и эпигеномных данных.
Облачные вычисления
В 2017 году CLC bio запустила свой CLC Genomics Cloud Engine [8] в качестве платформы командной строки для выполнения облачных биоинформатических рабочих процессов на Amazon Web Services. В 2019 году эта платформа была адаптирована и одобрена для использования в AWS GovCloud. В 2020 году CLC bio выпустила бесплатный плагин, который позволяет выполнять рабочие процессы на AWS непосредственно из настольного программного обеспечения CLC Genomics Workbench. [ необходима цитата ]
Аппаратное обеспечение
В самом начале компания представила собственные высокопроизводительные вычислительные решения, сосредоточившись на ускорении алгоритмов с открытым исходным кодом, таких как HMMER , Smith-Waterman и ClustalW , с использованием технологии FPGA . Однако эти продукты больше не находятся в разработке.
Ссылки
- ^ "QIAGEN приобретает CLC Bio". Информатика из Technology Networks . Получено 2025-01-17 .
- ^ "CLC Bio примет участие в $15-миллионном проекте ЕС по изучению механизмов дифференциации стволовых клеток". GenomeWeb . 2012-02-17 . Получено 2022-11-29 .
- ^ "ЕС финансирует разработку программного обеспечения для регуляции генов". GenomeWeb . 2011-01-13 . Получено 2022-11-29 .
- ^ "Профиль компании (PDF)" (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 2012-05-04 . Получено 2012-05-29 .
- ^ "Количество загрузок". clcbio.com . 2012-02-05. Архивировано из оригинала 2012-02-05.
- ^ "Клиенты". clcbio.com . 2012-10-05. Архивировано из оригинала 2012-10-05.
- ^ "Инструменты и приложения биоинформатики". QIAGEN Digital Insights . Получено 29.11.2022 .
- ^ ab "Последние улучшения". QIAGEN Digital Insights . Получено 2022-11-30 .
- ^ "О нас". QIAGEN Digital Insights . Получено 2022-11-30 .
- ^ "Последние улучшения". Биоинформатическое программное обеспечение и услуги: QIAGEN Digital Insights . Получено 2020-05-07 .
