СИБЕРСОРТ

Биоинформатический инструмент

CIBERSORT , также называемый CIBERSORTx , — это биоинформатический инструмент, используемый для деконволюции пропорций типов клеток и профилей экспрессии генов из массивов данных секвенирования РНК . ^[1]^[2]^[3]^[4] Это один из самых быстрорастущих программных инструментов в области наук о жизни. ^[5]

Ссылки

^ Ньюман, Аарон М.; Лю, Чи Лонг; Грин, Майкл Р.; Джентлс, Эндрю Дж.; Фэн, Вэйго; Сюй, Юэ; Хоанг, Чуонг Д.; Диен, Максимилиан; Ализаде, Эш А. (2015). «Надежный подсчет подмножеств клеток из профилей экспрессии тканей». Nature Methods . 12 (5): 453– 457. doi :10.1038/nmeth.3337. ISSN 1548-7105. PMC 4739640 .
^ Newman, Aaron M.; Steen, Chloé B.; Liu, Chih Long; Gentles, Andrew J.; Chaudhuri, Aadel A.; Scherer, Florian; Khodadoust, Michael S.; Esfahani, Mohammad S.; Luca, Bogdan A.; Steiner, David; Diehn, Maximilian; Alizadeh, Ash A. (2019). «Определение распространенности и экспрессии типов клеток в объемных тканях с помощью цифровой цитометрии». Nature Biotechnology . 37 (7): 773– 782. doi :10.1038/s41587-019-0114-2. ISSN 1546-1696. PMC 6610714 .
^ Чэнь, Бинбин; Ходадуст, Майкл С.; Лю, Чи Лонг; Ньюман, Аарон М.; Ализаде, Эш А. (2018), фон Штехов, Луиза (ред.), «Профилирование инфильтрирующих опухоль иммунных клеток с помощью CIBERSORT», Cancer Systems Biology , т. 1711, Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer New York, стр. 243–259 , doi :10.1007/978-1-4939-7493-1_12, ISBN 978-1-4939-7492-4, PMC 5895181 , PMID 29344893 , получено 2023-02-01
^ Стин, Хлоя Б.; Лю, Чи Лонг; Ализаде, Эш А.; Ньюман, Аарон М. (2020), Киддер, Бенджамин Л. (ред.), «Профилирование распространенности и экспрессии типов клеток в тканях с помощью CIBERSORTx», Транскрипционные сети стволовых клеток: методы и протоколы , Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer US, стр. 135–157 , doi :10.1007/978-1-0716-0301-7_7, ISBN 978-1-0716-0301-7, PMC 7695353 , PMID 31960376 , получено 2023-02-08
^ Хатсон, Мэтью (2023-01-12). «Ищете лучший инструмент программного обеспечения для бионауки? Проверьте эту базу данных». Nature . doi :10.1038/d41586-023-00053-w.

Эта статья по биоинформатике — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[1] Ньюман, Аарон М.; Лю, Чи Лонг; Грин, Майкл Р.; Джентлс, Эндрю Дж.; Фэн, Вэйго; Сюй, Юэ; Хоанг, Чуонг Д.; Диен, Максимилиан; Ализаде, Эш А. (2015). «Надежный подсчет подмножеств клеток из профилей экспрессии тканей». Nature Methods . 12 (5): 453– 457. doi :10.1038/nmeth.3337. ISSN 1548-7105. PMC 4739640 .

[2] Newman, Aaron M.; Steen, Chloé B.; Liu, Chih Long; Gentles, Andrew J.; Chaudhuri, Aadel A.; Scherer, Florian; Khodadoust, Michael S.; Esfahani, Mohammad S.; Luca, Bogdan A.; Steiner, David; Diehn, Maximilian; Alizadeh, Ash A. (2019). «Определение распространенности и экспрессии типов клеток в объемных тканях с помощью цифровой цитометрии». Nature Biotechnology . 37 (7): 773– 782. doi :10.1038/s41587-019-0114-2. ISSN 1546-1696. PMC 6610714 .

[3] Чэнь, Бинбин; Ходадуст, Майкл С.; Лю, Чи Лонг; Ньюман, Аарон М.; Ализаде, Эш А. (2018), фон Штехов, Луиза (ред.), «Профилирование инфильтрирующих опухоль иммунных клеток с помощью CIBERSORT», Cancer Systems Biology , т. 1711, Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer New York, стр. 243–259 , doi :10.1007/978-1-4939-7493-1_12, ISBN 978-1-4939-7492-4, PMC 5895181 , PMID 29344893 , получено 2023-02-01

[4] Стин, Хлоя Б.; Лю, Чи Лонг; Ализаде, Эш А.; Ньюман, Аарон М. (2020), Киддер, Бенджамин Л. (ред.), «Профилирование распространенности и экспрессии типов клеток в тканях с помощью CIBERSORTx», Транскрипционные сети стволовых клеток: методы и протоколы , Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer US, стр. 135–157 , doi :10.1007/978-1-0716-0301-7_7, ISBN 978-1-0716-0301-7, PMC 7695353 , PMID 31960376 , получено 2023-02-08

[5] Хатсон, Мэтью (2023-01-12). «Ищете лучший инструмент программного обеспечения для бионауки? Проверьте эту базу данных». Nature . doi :10.1038/d41586-023-00053-w.