CCDC82
| CCDC82 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | CCDC82 , HSPC048, домен спиральной спирали, содержащий 82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1913646; HomoloGene : 11678; GeneCards : CCDC82; OMA :CCDC82 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coiled-Coil Domain Containing Protein 82 (CCDC82) — это белок , который у людей кодируется одноименным геном CCDC82. Ген CCDC82 экспрессируется практически во всех тканях человека с довольно низкой скоростью. На сегодняшний день нет патентов, связанных с CCDC82, и функция остается неизвестной.
Ген
CCDC82 расположен на хромосоме 11 в 11q21.5. [5] Он содержит два домена с неизвестной функцией, DUF4196 и DUF4211. [6] Последовательность ДНК имеет длину 37 155 пар оснований [7] и содержит 7 экзонов . [8]
Гомология
CCDC82 присутствует во многих ортологах . Он сохраняется у других млекопитающих , рептилий , птиц и костистых рыб . Он не обнаружен у беспозвоночных , бактерий или грибов . Паралогов нет . [9]
| Научное название | Общее название | Дата расхождения | Регистрационный номер | Длина | Процент идентичности | Процент сходства |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Пан троглодиты | Шимпанзе | 6,3 млн лет назад | XP_001147806.1 | 544 аа | 60,8 | 99 |
| Горилла горилла горилла | Горилла | 8,8 млн лет назад | XP_004052053.1 | 521 аа | 56.2 | 91 |
| Понго пигмеус | Орангутанг | 15,7 млн лет назад | NP_003253075.1 | 343 аа | 95.3 | 98 |
| Nomascus leucogenys | Хохлатый гиббон | 20,4 млн лет назад | XP_003253075.1 | 554 аа | 57.8 | 94 |
| Папио анубис | Оливковый павиан | 29 млн лет назад | XP_003910631.1 | 542 аа | 52 | 86 |
| Callithrix jacchus | Мартышка | 42,6 млн лет назад | XP_002754732.1 | 526 аа | 51.2 | 86 |
| Mus musculus | Мышь | 92,3 млн лет назад | NP_079810.2 | 518 аа | 39.7 | 74 |
| Rattus norvegicus | Серая крыса | 92,3 млн лет назад | NP_001007661.1 | 516 аа | 37.4 | 71 |
| Canis lupus familiaris | Собака | 94,2 млн лет назад | XP_542232.2 | 520 аа | 46 | 79 |
| Бык-Таурус | Корова | 94,2 млн лет назад | NP_001039559.2 | 522 аа | 42.4 | 74 |
| Ailuropoda melanoleuca | Гигантская панда | 94,2 млн лет назад | XP_002925755.1 | 528 аа | 45.4 | 80 |
| Loxodonta африканская | африканский слон | 98,7 млн лет назад | XP_003415705.1 | 521 аа | 40.4 | 75 |
| Sarcophilus harrisii | Тасманийский дьявол | 162,2 млн лет назад | XP_003764344.1 | 518 аа | 36.9 | 70 |
| Монодельфис домашний | Серый короткохвостый опоссум | 162,2 млн лет назад | XP_001363143.1 | 516 аа | 36.7 | 72 |
| Орниторинхус анатинус | Утконос | 167,4 млн лет назад | XP_001511067.1 | 505 аа | 26.6 | 70 |
| Галлус галлус | Курица | 296 млн лет назад | XP_423807.3 | 460 аа | 24.3 | 56 |
| Meleagris gallopavo | Дикая индейка | 296 млн лет назад | XP_003203546.1 | 462 аа | 21.5 | 70 |
| Taeniopygia guttata | Зебровая амадина | 296 млн лет назад | XP_002198267.1 | 575 аа | 20 | 61 |
| Анолис каролинский | каролинский анолис | 296 млн лет назад | XP_003219357.1 | 603 аа | 19.9 | 49 |
| Xenopus tropicalis | Западная когтистая лягушка | 371,2 млн лет назад | XP_002935613.1 | 462 аа | 21 | 73 |
мРНК
Промоутер
Предсказанный промотор для CCDC82 расположен на минус-цепи и охватывает от пар оснований 96 122 963 до 96 123 587. Он имеет длину 625 пар оснований. [10]
Факторы транскрипции
Перечисленные ниже факторы транскрипции предназначены для предсказанной последовательности промотора и расположены на минус-цепи. [11]
| Подробная информация о семье | Охватывать | Счет |
|---|---|---|
| Альтернативный вариант сплайсинга FOXP1 | 48-64 | 1.00 |
| Гомеодоменный фактор транскрипции Otx2 | 34-50 | .992 |
| Элементы реакции на гипоксию | 111-127 | .985 |
| Гомеобокс A10/HOX 1.8 | 52-68 | .957 |
| СРЮ ящик 9 | 80-104 | .947 |
| Мезодерма задняя 1 и 2 | 42-62 | .937 |
| гетеродимер c-Myc/Max | 44-60 | .929 |
| SAM указал домен, содержащий фактор транскрипции ets | 27-47 | .923 |
| белок, связывающий цАМФ-чувствительный элемент | 134-154 | .917 |
| PR домен цинковый палец белок 14 | 138-152 | .912 |
Белок
Длина белка, который он кодирует, составляет 344 аминокислоты . Сам белок очень кислый и очень богат аспарагиновой кислотой и глутаминовой кислотой . Он также очень дефицитен по аланину , содержит только два аланина во всей последовательности. Аланины расположены рядом друг с другом, аминокислоты с номерами 233 и 234. Аланин 233 высококонсервативный во всех ортологах. Молекулярная масса составляет 40,0 кдал, а изоэлектрическая точка составляет 4,383 [12]
Выражение
CCDC82 обнаружен почти во всех тканях человеческого организма, однако в больших количествах он присутствует в скелетных мышцах , коре надпочечников и тройничном ганглии . [13] [14]
Посттрансляционные модификации
CCDC82 имеет несколько предсказанных участков фосфорилирования . [15] Существует 32 предсказанных участка фосфорилирования серина , 5 треонина и 3 тирозина . [16]
Взаимодействия
Известно, что CCDC82 взаимодействует с двумя белками. Он косвенно взаимодействует с VHL , геном, кодирующим супрессор опухолей и убиквитин- протеинлигазу. Он также взаимодействует с EWSR1 , который функционирует как транскрипционный репрессор. [17]
Клиническое значение
CCDC82 — это ген, реагирующий на circulat. [18] Circulat — это продукт, предназначенный для восстановления системного сосудистого здоровья. Это растительный продукт, который принимают пациенты, страдающие диабетом или проблемами с кровообращением. [19]
Возможная функция
На основании информации о том, что CCDC82 подвержен влиянию продукта Circulat, можно предположить, что CCDC82 участвует в функции кровообращения. Однако это всего лишь предположение.
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000149231 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000079084 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "CCDC82 Genomic Views". GeneCards . Институт науки Вейцмана.
- ^ "Домены и семейства белков CCDC82". GeneCards . Институт науки Вейцмана.
- ^ "Homo sapiens хромосома 11, GRCh37.p10 первичная сборка". NCBI. 13 августа 2013 г.
- ^ «Прогнозирование нескольких вариантов нескольких генов». Softberry.
- ^ "CCDC82 BLAST". BLAST . NCBI.
- ^ "Genome Browser". ElDorado . Genomatix.
- ^ "Сайты связывания факторов транскрипции". ElDorado . Genomatix.
- ^ "SAPS". Биологический верстак . SDSU.[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "Масштабный анализ человеческого транскриптома (HG-U133A)". GeoProfiles . NCBI.
- ^ Hu RM, Han ZG, Song HD, Peng YD, Huang QH, Ren SX, Gu YJ, Huang CH, Li YB, Jiang CL, Fu G, Zhang QH, Gu BW, Dai M, Mao YF, Gao GF, Rong R, Ye M, Zhou J, Xu SH, Gu J, Shi JX, Jin WR, Zhang CK, Wu TM, Huang GY, Chen Z, Chen MD, Chen JL (август 2000 г.). «Профилирование экспрессии генов в оси гипоталамус-гипофиз-надпочечники человека и клонирование полноразмерной кДНК». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 97 (17): 9543– 8. Bibcode : 2000PNAS...97.9543H. doi : 10.1073/pnas.160270997 . PMC 16901. PMID 10931946 .
- ^ Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Cell . 127 (3): 635– 48. doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983. S2CID 7827573.
- ^ "CCDC82". NetPhos 2.0 . Центр биологического анализа. Архивировано из оригинала 2013-10-16 . Получено 2013-05-14 .
- ^ "CCDC82". Генные карты . Институт Вейцмана . Получено 2 мая 2013 г.
- ^ Антошечкин А, Олалде Дж, Магаричи М, Мухаммад А, Салом А, Суарес Дж, Амендола Ф (август 2007 г.). «Анализ эффектов растительного препарата Циркулат на уровни экспрессии генов в культивируемых фибробластах человека». Phytother Res . 21 (8): 777– 89. doi :10.1002/ptr.2174. PMID 17514633. S2CID 29862628.
- ^ "About Circulat". Circulat . Circulat Biotech LLC. Архивировано из оригинала 2013-08-31.
Внешние ссылки
- Расположение генома человека CCDC82 и страница с подробностями гена CCDC82 в браузере геномов UCSC .
