KIAA0825
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
KIAA0825
Идентификаторы
ПсевдонимыKIAA0825 , C5orf36, PAPA10
Внешние идентификаторыОМИМ : 617266; МГИ : 1919621; гомологен : 89234; Генные карты : KIAA0825; OMA :KIAA0825 - ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

285600

72371

Ансамбль

ENSG00000185261

ENSMUSG00000071252

UniProt

Q8IV33

Q3UPC7

РефСек (мРНК)

NM_001145678
NM_173665

НМ_001081353
НМ_001145676
НМ_028215

RefSeq (белок)

NP_001139150
NP_775936

NP_001074822
NP_001139148

Местоположение (UCSC)Хр 5: 94.15 – 94.62 МбХр 13: 77.28 – 77.76 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

KIAA0825 — это белок, который у людей кодируется одноименным геном, расположенным на хромосоме 5, 5q15. Это возможный фактор риска при диабете II типа, связанный с высоким уровнем глюкозы в крови. Это относительно быстро мутирующий ген по сравнению с другими кодирующими генами. Однако есть один регион, который высококонсервативен у видов, имеющих этот ген, известный как DUF4495. Предполагается, что он перемещается между ядром и цитоплазмой.

Общая информация

Изоформы C5orf36

KIAA0825 — это ген, который, по-видимому, является генетическим фактором, повышающим риск диабета II типа , возможно, за счет повышения уровня глюкозы в крови. [5] Он также был идентифицирован как возможный онкоген. [6] У C5orf36 есть один общий псевдоним KIAA0825. Ген имеет длину около 478 кб и содержит 22 экзона. Он производит 10 различных вариантов: 9 альтернативно сплайсированных и одну несплайсированную версию. Самая длинная экспериментально подтвержденная мРНК имеет длину 7240 п.н. и производит белок длиной 1275 аминокислот. [7] Предполагается, что белок весит около 147,8 кДа. Он имеет ортологов у большинства животных, включая Aplysia californica , но не встречается вне животных, за возможным исключением Plasmodiophora brassicae .

Информация о белке

Белок имеет прогнозируемый вес 147,8 кДа. [8] [9] Он не содержит известного сигнала ядерной локализации, но содержит сигнал ядерного экспорта. [10] Предполагается, что субклеточная локализация белка — это ядро ​​и цитоплазма. [11] Это говорит о том, что белок может перемещаться вперед и назад через ядерную мембрану.

Вторичная структура

Это 3-D прогноз, созданный I-TASSER. Зеленый цвет указывает на сохраненный DUF4495.

Несколько программ предполагают, что вторичная структура белка в основном представляет собой спирали с несколькими бета-слоями. [12] [13] [14] [15] Анализ состава белка также предполагает, что белок имеет относительно низкие уровни глицина. [16] Это может указывать на довольно жесткую структуру по сравнению с другими белками. Третичную структуру сложнее предсказать из-за размера белка, частично из-за его размера. Показанная трехмерная структура показывает прогноз, сделанный I-TASSER . Это возможная структура с C-оценкой -1,06 по шкале от -5 до 1 (где чем выше число, тем больше уверенность). [17] [18] [19] Эта предсказанная структура указывает на то, что есть две основные части, и возможно, что они взаимодействуют в зависимости от состояния белка (например, фосфорилирован ли он или нет).

Выражение

Данные по экспрессии мРНК из Атласа белков человека, рассчитанные как число транскриптов на миллион (TPM).
Здесь показаны уровни экспрессии C5orf36 в тканях человека. Данные предоставлены Human Protein Atlas.

мРНК для KIAA0825 экспрессируется на относительно низких скоростях по сравнению с другими мРНК. [20] Однако белок экспрессируется на относительно высоких скоростях, особенно в частях мозга, а также надпочечниках и щитовидной железе. [21] Это предполагает, что белок нелегко разрушается и остается в клетке в течение длительных периодов времени, так что непрерывная транскрипция ДНК в мРНК не является необходимой. Ни одно из текущих открытий не предполагает, что существует альтернативная экспрессия различных изоформ в различных тканях.

Регулирование

Анализ промотора дает некоторое представление об экспрессии KIAA0825. [22] Одним из возможных обнаруженных регуляторов является фактор транскрипции NeuroD1 . Этот фактор является важным регулятором гена инсулина, и мутация в этом гене может привести к диабету II типа. [23] Это может объяснить, почему KIAA0825 экспрессируется на более низких уровнях у пациентов с диабетом II типа. Другим возможным фактором транскрипции является фактор миелоидного цинкового пальца 1, который связан с миелоидным лейкозом, поскольку он задерживает апоптоз клеток в присутствии ретиноевой кислоты. [24] Существует также несколько мест, где могут связываться факторы транскрипции семейства SMAD позвоночных. Считается, что эти факторы транскрипции отвечают за динамику ядерно-цитоплазматического взаимодействия. [25] Это означает, что эти факторы транскрипции SMAD могут влиять на KIAA0825, поскольку субклеточная локализация предполагает, что он перемещается через ядерную оболочку.

Функция

Было обнаружено, что два белка взаимодействуют с KIAA0825. Один из них — фактор связывания энхансера интерлейкина 3. [ 26] ILF3 — это фактор, который образует комплексы с другими белками, регулирует экспрессию генов и стабилизирует мРНК. [27] Другой — белок-предшественник амилоида-бета . [28] Этот белок является интегральным мембранным белком, чаще всего встречающимся в синапсах нейронов. Ни один из этих белков не изучен достаточно хорошо, чтобы точно указать роль C5orf36 в клетках человека. Однако они предполагают, что KIAA0825 может выполнять различные функции в различных частях клетки.

Орфология

Ортологи KIAA0825 можно найти практически у всех животных , но их нет у растений, бактерий или простейших. Он в основном высококонсервативный у позвоночных, особенно у млекопитающих, но гены, которые содержат область, похожую на область DUF4495, можно найти у калифорнийского морского зайца , как правило, одного из самых простых животных. Размер, особенно у млекопитающих, хорошо сохраняется, составляя около 1250–1300 аминокислот. Это говорит о том, что белок оборачивается вокруг себя, образуя важные структуры для своей функции.

Паралогов гена KIAA0825 у людей или других видов обнаружено не было .

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000185261 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000071252 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Li J, Wei J, Xu P, Yan M, Li J, Chen Z, Jin T (декабрь 2016 г.). «Влияние полиморфизмов генов, связанных с диабетом, на клинические характеристики диабета 2 типа у китайской популяции хань». Oncotarget . 7 (51): 85464– 85471. doi :10.18632/oncotarget.13399. PMC 5356749 . PMID  27863428. 
  6. ^ Delgado AP, Brandao P, Chapado MJ, Hamid S, Narayanan R (июль–август 2014 г.). «Открытые рамки считывания, связанные с раком в темной материи генома человека». Cancer Genomics & Proteomics . 11 (4): 201–13 . PMID  25048349.
  7. ^ Координаторы ресурсов NCBI (январь 2017 г.). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации». Nucleic Acids Research . 45 (D1): D12 – D17 . doi :10.1093/nar/gkw1071. PMC 5210554. PMID  27899561 .  
  8. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш ИР., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2002– 6. Bibcode : 1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073 /pnas.89.6.2002 . PMC 48584. PMID  1549558. 
  9. ^ Брендель В. "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu . Кафедра математики, Стэнфордский университет, Калифорния . Получено 17 апреля 2017 г. .
  10. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатых лейцином». Protein Engineering, Design & Selection . 17 (6): 527–36 . doi : 10.1093/protein/gzh062 . PMID  15314210.
  11. ^ Nakai K, Horton P (январь 1999). "PSORT: программа для обнаружения сигналов сортировки в белках и предсказания их субклеточной локализации". Trends in Biochemical Sciences . 24 (1): 34– 6. doi :10.1016/s0968-0004(98)01336-x. PMID  10087920.
  12. ^ Bigelow HR, Petrey DS, Liu J, Przybylski D, Rost B (28 апреля 2004 г.). «Предсказание трансмембранных бета-бочек в протеомах». Nucleic Acids Research . 32 (8): 2566– 77. doi :10.1093/nar/gkh580. PMC 419468. PMID  15141026 . 
  13. ^ Рост Б., Ячдав Г., Лю Дж. (июль 2004 г.). «Сервер PredictProtein». Nucleic Acids Research . 32 (выпуск веб-сервера): W321–6. doi :10.1093/nar/gkh377. PMC 441515. PMID  15215403 . 
  14. ^ Гарнье Дж., Осгуторп Д.Дж., Робсон Б. (март 1978 г.). «Анализ точности и последствий простых методов прогнозирования вторичной структуры глобулярных белков». Журнал молекулярной биологии . 120 (1): 97– 120. doi :10.1016/0022-2836(78)90297-8. PMID  642007.
  15. ^ Берджесс AW, Поннусвами PK, Шерага HA (1974). «Анализ конформаций аминокислотных остатков и прогнозирование топографии остова в белках». Израильский журнал химии . 12 ( 1– 2): 239– 286. doi :10.1002/ijch.197400022.
  16. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш ИР., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2002– 6. Bibcode : 1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073 /pnas.89.6.2002 . PMC 48584. PMID  1549558. 
  17. ^ Чжан И (январь 2008 г.). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белка». BMC Bioinformatics . 9 (1): 40. doi : 10.1186/1471-2105-9-40 . PMC 2245901. PMID  18215316 . 
  18. ^ Рой А., Кучукурал А., Чжан И. (апрель 2010 г.). «I-TASSER: унифицированная платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белка». Nature Protocols . 5 (4): 725– 38. doi :10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174 . PMID  20360767. 
  19. ^ Yang J, Yan R, Roy A, Xu D, Poisson J, Zhang Y (январь 2015 г.). «Комплект I-TASSER: прогнозирование структуры и функции белка». Nature Methods . 12 (1): 7– 8. doi :10.1038/nmeth.3213. PMC 4428668 . PMID  25549265. 
  20. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Science . 347 (6220): 1260419. doi :10.1126/science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  21. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Science . 347 (6220): 1260419. doi :10.1126/science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  22. ^ "Genomatix". Genomatix . Архивировано из оригинала 19 августа 2021 . Получено 7 мая 2017 .
  23. ^ Prantera G, Pimpinelli S, Rocchi A (1 января 1999 г.). «Влияние дистамицина А на лейкоциты человека in vitro». Cytogenetics and Cell Genetics . 23 ( 1– 2): 103– 7. doi : 10.1128 /MCB.19.1.704 . PMC 83927. PMID  83927. 
  24. ^ Robertson KA, Hill DP, Kelley MR, Tritt R, Crum B, Van Epps S, Srour E, Rice S, Hromas R (май 1998). «Миелоидный ген цинкового пальца (MZF-1) задерживает апоптоз и дифференциацию, вызванные ретиноевой кислотой, в клетках миелоидного лейкоза». Leukemia . 12 (5): 690– 8. doi : 10.1038/sj.leu.2401005 . PMID  9593266.
  25. ^ Массаге Дж., Соан Дж., Уоттон Д. (декабрь 2005 г.). «Smad факторы транскрипции». Гены и развитие . 19 (23): 2783–810 . doi : 10.1101/gad.1350705 . ПМИД  16322555.
  26. ^ Chu L, Su MY, Maggi LB, Lu L, Mullins C, Crosby S, Huang G, Chng WJ, Vij R, Tomasson MH (август 2012 г.). «Связанная с множественной миеломой хромосомная транслокация активирует сиротскую snoRNA ACA11 для подавления окислительного стресса». Журнал клинических исследований . 122 (8): 2793– 806. doi :10.1172/JCI63051. PMC 3408744. PMID  22751105 . 
  27. ^ Шауме А., Кастелла С., Гасми Л., Фрадин А., Клодик Г., Больбах Г., Пуле Р., Денуле П., Ларшер Дж.К. (июнь 2013 г.). «Протеомный анализ взаимодействия фактора связывания энхансера интерлейкина 3 (Ilf3) и ядерного фактора 90 (NF90)». Биохимия . 95 (6): 1146–57 . doi :10.1016/j.biochi.2013.01.004. ПМИД  23321469.
  28. ^ Oláh J, Vincze O, Virók D, Simon D, Bozsó Z, Tõkési N и др. (сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических маркирующих белков: белок, способствующий полимеризации тубулина/p25, бета-амилоид и альфа-синуклеин». Журнал биологической химии . 286 (39): 34088– 100. doi : 10.1074/jbc.M111.243907 . PMC 3190826. PMID  21832049 . 
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=KIAA0825&oldid=1261171729"