БиБейс
BeeBase — это онлайновая биоинформационная база данных, в которой размещались данные, связанные с Apis mellifera , европейской медоносной пчелой, а также некоторыми патогенами и другими видами. Она была разработана в сотрудничестве с Honey Bee Genome Sequencing Consortium . [1] В 2020 году она была архивирована и заменена Hymenoptera Genome Database .
Данные и услуги
Биологические данные и услуги, доступные на BeeBase, включают:
- Данные последовательности ДНК и белков
- официальный набор генов пчел (разработан и размещен на Beebase)
- браузер генома
- карты связей
- сервер для поиска генома медоносной пчелы с использованием BLAST
Услуги
В феврале 2007 года BeeBase состоял из просмотрщика генома на основе GBrowser и сравнительного просмотрщика карт на основе Cmap , оба модуля проекта Generic Model Organism Database (GMOD). Просмотрщик генома включал треки известных генов медоносной пчелы, предсказанные наборы генов (Ensembl, NCBI, EMBL-Heidelberg), маркеры STS (карты сцепления Solignac и Hunt), теги последовательностей, экспрессируемых медоносной пчелой (EST), гомологи у плодовой мушки , комара и других насекомых и мобильные элементы . Сравнительный просмотрщик карт медоносной пчелы отображал карты сцепления и физическую карту (сборку генома), выделяя маркеры, которые являются общими для карт.
Кроме того, были запланированы просмотрщик QTL и база данных экспрессии генов . Последовательность генома должна была служить ссылкой для связывания этих различных типов данных.
Beebase организовала сообщество по аннотированию генома пчелы в сотрудничестве с Центром секвенирования генома человека Медицинского колледжа Бейлора . [2]
Данные
На ныне архивированном сайте размещена последовательность генома apis mellifera, а также последовательность генома следующих патогенов: [1]
Анализировались еще два вида: [1]
Смотрите также
Ссылки
- ^ Веб-сайт abc BeeBase - http://hymenopteragenome.org/beebase/
- ^ Elsik, CG; Worley, KC; Zhang, L.; Milshina, NV; Jiang, H.; Reese, JT; Childs, KL; Venkatraman, A.; Dickens, CM; Weinstock, GM; Gibbs, RA (25 октября 2006 г.). «Аннотация сообщества: процедуры, протоколы и вспомогательные инструменты». Genome Research . 16 (11): 1329– 1333. doi : 10.1101/gr.5580606 . PMID 17065605.
Внешние ссылки
- БиБейс
