ЗВЕРЬ 2

Байесовский эволюционный анализ путем выборки деревьев
Стабильный релиз	2.7.4 / 2023-03-20
Репозиторий	https://github.com/CompEvol/beast2
Написано в	Ява
Операционная система	Windows , Mac OS X , Linux
Тип	Программное обеспечение для филогенетики
Лицензия	Стандартная общественная лицензия ограниченного применения GNU
Веб-сайт	http://www.beast2.org/

BEAST 2 — это кроссплатформенная программа для байесовского анализа молекулярных последовательностей . ^[1] Используя MCMC , она оценивает укорененные, рассчитанные по времени филогении, используя ряд моделей замещения и часов , а также множество априорных значений деревьев. Существует связанный инструмент, называемый BEAUTi, для настройки стандартных анализов (которые указываются с помощью XML ). BEAST 2 — это полностью переписанная более ранняя (все еще активно разрабатываемая) программа BEAST ^[2] и, как таковая, опирается на большой объем работы. Примечательной особенностью BEAST 2 является система упаковки, которая упростила процесс внедрения новых моделей.

«Укрощение ЗВЕРЯ» — это ресурс, созданный сообществом, который обучает использованию BEAST 2 и связанного с ним филогенетического программного обеспечения. ^[3]

BEAUti

BEAUti означает "Bayesian Evolutionary Analysis Utility". Это графический пользовательский интерфейс (GUI), который используется для создания входных файлов для BEAST 2. Он позволяет пользователям легко указывать различные параметры и настройки для их филогенетического анализа, такие как файл данных, модель молекулярной эволюции и априорные распределения параметров модели. BEAUti также позволяет пользователям указывать параметры для анализа MCMC, такие как длина цепи и частота выборки. Это делает его удобным для пользователя способом запуска BEAST 2, поскольку он устраняет необходимость для пользователей вручную редактировать входные файлы XML.

BEAUti позволяет пользователям легко устанавливать и управлять различными пакетами, такими как модели молекулярной эволюции или коалесцентные модели. Эти пакеты можно устанавливать непосредственно из BEAUti. Это упрощает добавление новых функций в анализ без необходимости вручную загружать и устанавливать пакеты.

CBAN

Comprehensive BEAST Archive Network (CBAN) — официальный репозиторий пакетов BEAST 2. Пакеты в CBAN можно установить через BEAUti из коробки. ^[4]

LinguaPhylo

Связанный проект — LinguaPhylo (LPhy). ^[5] LPhy — вероятностный язык программирования для определения филогенетических анализов с синтаксисом, похожим на OpenBUGS . Он предоставляет способ генерировать файлы XML BEAST 2 (и аналогичные спецификации моделей для других пакетов филогенетики) без необходимости писать XML вручную.

МАСТЕР/ремастер

Особенно важным пакетом в экосистемах BEAST 2 является remaster ^[6] (ранее MASTER ^[7] ). Remaster — это инструмент для моделирования популяционных траекторий и филогений на основе моделей рождения-смерти и коалесценции. Он используется в имитационных исследованиях для проверки новых методологий.

Ссылки

^ Bouckaert, Remoco (2019-04-08). "BEAST 2.5: передовая программная платформа для байесовского эволюционного анализа". PLOS Computational Biology . 15 (4): e1006650. Bibcode : 2019PLSCB..15E6650B. doi : 10.1371 /journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209.
^ Сушард, Марк (2018-06-08). "Байесовская филогенетическая и филодинамическая интеграция данных с использованием BEAST 1.10". Virus Evolution . 4 (1): vey016. doi :10.1093/ve/vey016. PMC 6007674 . PMID 29942656.
^ Баридо-Соттани, Жоэль (январь 2018 г.). «Укрощение ЗВЕРЯ — ресурс обучающих материалов для сообщества по ЗВЕРЮ 2». Систематическая биология . 67 (1): 170– 174. doi :10.1093/sysbio/syx060. PMC 5925777. PMID 28673048 .
^ «Комплексная архивная сеть BEAST».
^ Драммонд, Алексей Дж.; Чен, Кайли; Мендес, Фабио К.; Се, Донг (2023). «LinguaPhylo: язык спецификации вероятностной модели для воспроизводимых филогенетических анализов». PLOS Computational Biology . 19 (7): e1011226. doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .
^ Vaughan, Timothy G. (2024). "ReMASTER: улучшенное филодинамическое моделирование для BEAST 2.7". Биоинформатика . 40 (1): btae015. doi :10.1093/bioinformatics/btae015. hdl : 20.500.11850/655887 .
^ Vaughan, Timothy G.; Drummond, Alexei J. (2013). «Стохастический симулятор основных уравнений рождения–смерти с применением к филодинамике». Молекулярная биология и эволюция . 30 (6): 1480– 1493. doi :10.1093/molbev/mst057. PMC 3649681 .

Внешние ссылки

Официальный сайт

Эта статья о научном программном обеспечении — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[1] Bouckaert, Remoco (2019-04-08). "BEAST 2.5: передовая программная платформа для байесовского эволюционного анализа". PLOS Computational Biology . 15 (4): e1006650. Bibcode : 2019PLSCB..15E6650B. doi : 10.1371 /journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209.

[2] Сушард, Марк (2018-06-08). "Байесовская филогенетическая и филодинамическая интеграция данных с использованием BEAST 1.10". Virus Evolution . 4 (1): vey016. doi :10.1093/ve/vey016. PMC 6007674 . PMID 29942656.

[3] Баридо-Соттани, Жоэль (январь 2018 г.). «Укрощение ЗВЕРЯ — ресурс обучающих материалов для сообщества по ЗВЕРЮ 2». Систематическая биология . 67 (1): 170– 174. doi :10.1093/sysbio/syx060. PMC 5925777. PMID 28673048 .

[4] «Комплексная архивная сеть BEAST».

[5] Драммонд, Алексей Дж.; Чен, Кайли; Мендес, Фабио К.; Се, Донг (2023). «LinguaPhylo: язык спецификации вероятностной модели для воспроизводимых филогенетических анализов». PLOS Computational Biology . 19 (7): e1011226. doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .

[6] Vaughan, Timothy G. (2024). "ReMASTER: улучшенное филодинамическое моделирование для BEAST 2.7". Биоинформатика . 40 (1): btae015. doi :10.1093/bioinformatics/btae015. hdl : 20.500.11850/655887 .

[7] Vaughan, Timothy G.; Drummond, Alexei J. (2013). «Стохастический симулятор основных уравнений рождения–смерти с применением к филодинамике». Молекулярная биология и эволюция . 30 (6): 1480– 1493. doi :10.1093/molbev/mst057. PMC 3649681 .