Ассоциация учреждений биомолекулярных ресурсов

Ассоциация учреждений биомолекулярных ресурсов
Формирование	1989
Штаб-квартира	Лексингтон, Кентукки
Расположение	Соединенные Штаты;
Членство	2500 (май 2023)
Официальный язык	Английский
Президент	Кевин Кнудтсон
Веб-сайт	http://www.abrf.org/

Американская научная организация

Ассоциация учреждений биомолекулярных ресурсов (ABRF) занимается развитием основных и исследовательских биотехнологических лабораторий посредством исследований, коммуникации и образования. ^[1] Членами ABRF являются более 2000 ученых, представляющих 340 различных основных лабораторий в 41 стране, включая промышленные, правительственные, академические и исследовательские учреждения.

История

В 1986 году была проведена встреча-сателлит Research Resource Facility в рамках Шестой международной конференции по методам анализа последовательности белков. ^{[ требуется ссылка ]} В следующем году образцы секвенирования белков и аминокислот были отправлены для обследования 103 основных объектов. К 1989 году ABRF был официально организован и зарегистрирован. Ежегодное собрание проводилось как сателлитное собрание Protein Society до 1996 года, когда начались отдельные собрания. ^[2]

Исследовательские группы ABRF

Исследовательские группы созданы для выполнения двух целей Ассоциации биомолекулярных ресурсных объектов. Во-первых, для предоставления механизмов самооценки и улучшения процедурной и операционной точности, прецизионности и эффективности в ресурсных объектах и исследовательских лабораториях. Во-вторых, для содействия образованию персонала ресурсных объектов и исследовательских лабораторий, пользователей, администраторов и заинтересованных членов научного сообщества. ^[3] Результаты исследований исследовательской группы ABRF были опубликованы в научных статьях. ^[4]^[5]^[6] Результаты исследований исследовательской группы ABRF были повторно использованы в других исследованиях. ^[7]^[8]^[9]

Группа секвенирования нового поколения ABRF (ABRF-NGS)
Группа по исследованию технологий антител (ARG)
Группа биомедицинских исследований «Омикс» (BORG)
Группа по исследованию секвенирования ДНК (DSRG)
Исследовательская группа по проточной цитометрии (FCRG)
Группа исследований геномики (GVRG)
Группа исследования гликопротеинов (gPRG)
Исследовательская группа световой микроскопии (LMRG)
Группа исследований метаболомики (MRG)
Группа метагеномных исследований (MGRG)
Группа по исследованию молекулярных взаимодействий (MIRG)
Группа по исследованию нуклеиновых кислот (NARG)
Группа по исследованию экспрессии белков (PERG)
Группа исследований по секвенированию белков (PSRG)
Группа исследований протеомики (PRG)
Исследовательская группа протеомной информатики (iPRG)
Группа по исследованию стандартов протеомики (sPRG)

Технологии Ресурсов

Члены ABRF участвуют в широком спектре биомолекулярных технологий, которые внедряются в основных учреждениях:

Автоматизация: высокопроизводительный скрининг, LIMS , робототехника .
Химия белков/пептидов : анализ аминокислот, секвенирование N- и C-концевых участков, синтез пептидов, пептидные/белковые массивы.
Биофизика : калориметрия , КД, флуоресценция , рассеяние света , ППР , ультрацентрифугирование .
Проточная цитометрия, активирующая флуоресценцию, сортировка клеток
Экспрессия, идентификация и профилирование белков : дифференциальная флуоресценция, традиционный двумерный гель-электрофорез , обнаружение биомаркеров заболеваний.
Экспрессия генов и профилирование: генные матрицы, ПЦР в реальном времени .
Масс-спектрометрия : качественный, количественный и структурный анализ белков, углеводов , олигонуклеотидов и липидов .
Микроскопия световая микроскопия и визуализация, Конфокальная микроскопия
Химия нуклеиновых кислот : секвенирование ДНК , синтез ДНК , синтез РНК , генотипирование .
Разделение: 1- и 2-мерный ПААГ, капиллярный электрофорез , хроматография .
Контроль качества : GLP, GMP, качество и соответствие.
Универсальный стандарт протеомики (UPS), смесь белков, используемых в качестве эталонного стандарта в протеомике, представленная вышеупомянутой sPRG. ^[10] Она включает в себя два набора: исходный (UPS1, где все 48 белков находятся на уровне 48 пмоль) и динамический диапазон концентраций (называемый UPS2), варьирующийся от 500 амоль до 50 пмоль. ^[11]
Другое: биоинформатика , анализ углеводов , дифференциальный дисплей, производство рекомбинантных белков .

Ежегодная конференция

Ежегодная конференция Ассоциации биомолекулярных ресурсов проводится весной в разных городах Северной Америки. Эта международная конференция используется для ознакомления участников с новыми и развивающимися биотехнологиями посредством лекций, круглых столов, презентаций исследовательских групп, стендовых сессий, семинаров и технических выставок.

ABRF 2023, 7–10 мая 2023 г., Бостон, Массачусетс
ABRF 2022, 27–30 марта 2022 г., Палм-Спрингс, Калифорния
ABRF 2021, 7–11 марта 2021 г., виртуальная встреча из-за COVID-19
ABRF 2020, 29 февраля - 3 марта 2020 г., Палм-Спрингс, Калифорния
ABRF 2019, 23–26 марта, Сан-Антонио , Техас; 30 лет преодоления границ науки и технологий, открывая двери в будущее
ABRF 2018, 22–25 апреля, Миртл-Бич, Южная Каролина ; Главная конференция по основным услугам
ABRF 2017, 25–28 марта, Сан-Диего , Калифорния; Форум для продвижения современных базовых технологий для обеспечения инноваций завтрашнего дня.
ABRF 2016, 20–23 февраля, Форт-Лодердейл , Флорида; Инновационные технологии, ускоряющие открытия
ABRF 2015, 28–31 марта, Сент-Луис , Миссури; Интегративные технологии для продвижения научных ядер
ABRF 2014, 23–25 марта, Альбукерке , Нью-Мексико; Командная наука и большие данные: ядра на переднем крае
ABRF 2013, 2–5 марта, Палм-Спрингс, Калифорния; Инструменты для развития конвергентной науки
ABRF 2012, 17–20 марта, Орландо, Флорида; Изучение биомолекул
ABRF 2011, 19–22 февраля, Сан-Антонио, Техас; Технологии для персонализированной медицины
ABRF 2010, 20–23 марта, Сакраменто, Калифорния; Трансляция фундаментальных исследований с достижениями в области биомолекулярной технологии
ABRF 2009, 7–10 февраля, Мемфис, Теннесси; Применение и оптимизация существующих и новых биотехнологий
ABRF 2008, 9–12 февраля, Солт-Лейк-Сити, Юта; Внедрение технологий в области наук о жизни
ABRF 2007, 31 марта - 3 апреля, Тампа, Флорида; Создание биологической дорожной карты
ABRF 2006, 11–14 февраля, Лонг-Бич, Калифорния; Интеграция науки, инструментов и технологий с системной биологией
ABRF 2005, 5–8 февраля, Саванна, Джорджия; Биомолекулярные технологии: от открытия к гипотезе
ABRF 2004, 28 февраля - 2 марта, Портленд, Орегон; Интеграция технологий в протеомике и геномике
ABRF 2003, 10–13 февраля, Денвер, Колорадо; Трансляция биологии с использованием протеомики и функциональной геномики
ABRF 2002, 9–12 марта, Остин, Техас; Биомолекулярные технологии: инструменты для открытий в протеомике и геномике
ABRF 2001, 24–27 февраля, Сан-Диего, Калифорния; Новая биология: технология разрешения макромолекулярных коммуникаций
ABRF 2000, 19–22 февраля, Белвью, Вашингтон; От единичного к глобальному анализу биологических систем
ABRF 1999, 19–22 марта, Дарем, Северная Каролина; Биоинформатика и биомолекулярные технологии: связывание геномов, протеомов и биохимии
ABRF 1998, 21–24 марта, Сан-Диего, Калифорния; От геномов к функциям — технические проблемы постгеномной эры
ABRF 1997, 9–12 февраля, Балтимор, Мэриленд; Методы на интерфейсе генома и протеома
ABRF 1996, 30 марта - 2 апреля, Сан-Франциско, Калифорния; Биомолекулярные технологии

Премия ABRF

Премия ABRF вручается на ежегодном собрании ABRF за выдающийся вклад в биомолекулярные технологии. Прошлые победители премии (годы относятся к ежегодной конференции, на которой была вручена награда): ^[12]

2023 Кристи Г. Энке и Ричард Йост за разработку тройного квадрупольного масс-спектрометра и колоссальный вклад, который тройные квадрупольные системы внесли в широкий спектр биомедицинских исследований.
2022 Дженнифер Липпинкотт-Шварц
2021 -
2020 Джордж Чёрч за новаторские исследования в области геномного секвенирования и лидерство в областях генной терапии и технологий синтетической биологии.
2019 Ричард М. Каприоли за открытие временной и пространственной обработки в биологических системах с использованием масс-спектрометрии.
2018 Амос Байрох за разработку ресурсов сообщества, таких как база знаний UniProtKB/Swiss-Prot , PROSITE , ENZYME и neXtProt .
2017 Сэр Шанкар Баласубраманян и Дэвид Кленерман за изобретение метода секвенирования ДНК следующего поколения, который сегодня широко известен как «секвенирование путем синтеза».
2016 Эммануэль Шарпантье и Дженнифер Дудна за разработку технологий редактирования генома CRISPR/Cas9.
2015 Джон Г. Уайт и Уильям Брэдшоу Амос за разработку лазерного сканирующего конфокального микроскопа высокого разрешения
2014 Патрик Х. О'Фаррелл — за разработку двумерного гель-электрофореза.
2013 Леонард Герценберг и Леонора Герценберг за разработку метода проточной активируемой сортировки клеток (FACS).
2012 Алан Г. Маршалл за разработку масс-спектрометрии с преобразованием Фурье и ионным циклотронным резонансом (FT-ICR).
2011 Сэр Алек Джон Джеффрис : разработал методы ДНК-дактилоскопии и ДНК- профилирования.
2010 Пэт Браун : Новаторская работа в области разработки микрочипов и разнообразные применения этой технологии в генетических исследованиях.
2009 Матиас Улен
2008 Руди Эберсольд
2007 Дональд Ф. Хант
2006 Роджер Тсиен
2005 Стивен Фодор
2004 Эдвин Саузерн
2003 Франц Хилленкамп и Майкл Карас
2002 Джон Фенн
2001 Чаба Хорват
2000 Лерой Худ
1999 Марвин Х. Карутерс за пионерский вклад в химический синтез ДНК и РНК
1998 Брюс Меррифилд
1997 Ллойд М. Смит
1996 Дэвид Липман
1995 Клаус Биман
1994 Фредерик Сэнгер

Журнал биомолекулярных технологий

ABRF является издателем журнала Journal of Biomolecular Techniques. Журнал рецензируется и издается ежеквартально. ^[13] Основной упор в журнале делается на публикацию научных обзоров и статей, связанных с биомолекулярными ресурсными объектами. Исследовательская группа публикует отчеты, включающие ежегодные обзоры. Также включены новости и события, а также обзор статей, посвященных методам, используемым в типичных основных условиях объектов. Текущий главный редактор — Рон Орландо, Университет Джорджии .

Исполнительный совет ABRF

Кевин Кнудтсон, президент ABRF, Отдел геномики, Университет Айовы
Жюстин Кигени, казначей, Медицинский центр КУ
Мари Адамс, Институт Ван Анделя
Роксанн Эшворт, Университет Джонса Хопкинса
Ким Делвенталь, Институт медицинских исследований Стоуэрса
Шридар Читтур, SUNY Albany
Ник Амбулос, Медицинская школа Мэрилендского университета
Сью Вайнтрауб, Центр медицинских наук Техасского университета в Сан-Антонио
Магнус Палмблад, Медицинский центр Лейденского университета
Кен Шоппманн, исполнительный директор ABRF

Ссылки

^ "Mission Statement". Association of Biomolecular Resource Facilities. Архивировано из оригинала 1 апреля 2019 года . Получено 4 марта 2020 года .
^ Крабб, Дж. У.: «ABRF; Краткая история» ABRF News, июнь 1995 г.
^ "Research Group Guidelines" (PDF) . Ассоциация биомолекулярных ресурсных учреждений. Архивировано из оригинала (PDF) 31 января 2012 года . Получено 15 апреля 2009 года .
^ Чой, Мина; Эрен-Догу, Зейнеп Ф.; Коланджело, Кристофер; Коттрелл, Джон; Хупманн, Майкл Р.; Капп, Юджин А.; Ким, Сангтае; Лам, Генри; Нойберт, Томас А.; Палмблад, Магнус; Финни, Бретт С.; Вайнтрауб, Сьюзан Т.; Маклин, Брендан; Витек, Ольга (2017). «Исследование исследовательской группы по информатике протеома ABRF (iPRG) 2015 г.: обнаружение дифференциально распространенных белков в количественных экспериментах без меток с использованием ЖХ–МС/МС». Журнал исследований протеома . 16 (2): 945–957. doi :10.1021/acs.jproteome.6b00881. PMID 27990823. S2CID 4578078.
^ Chalkley, Robert J.; Bandeira, Nuno; Chambers, Matthew C.; Clauser, Karl R.; Cottrell, John S.; Deutsch, Eric W.; Kapp, Eugene A.; Lam, Henry HN; McDonald, W. Hayes; Neubert, Thomas A.; Sun, Rui-Xiang (2014). "Proteome informatics research group (iPRG)_2012: исследование по обнаружению модифицированных пептидов в сложной смеси". Molecular & Cellular Proteomics . 13 (1): 360–371. doi : 10.1074/mcp.M113.032813 . PMC 3879627 . PMID 24187338 . Получено 5 ноября 2018 г. .
^ Беннетт, Кейрин Л.; Ван, Ся; Бистром, Кори Э.; Чемберс, Мэтью К.; Андахт, Трейси М.; Данготт, Ларри Дж.; Элортца, Феликс; Лешик, Джон; Молина, Хенрик; Мориц, Роберт Л.; Финни, Бретт С.; Томпсон, Дж. Уилл; Бангер, Морин К.; Табб, Дэвид Л. (2015). «Исследование протеомной исследовательской группы ABRF 2012/2013 гг.: оценка продольной внутрилабораторной изменчивости в рутинных анализах пептидной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии». Молекулярная и клеточная протеомика . 14 (12): 3299–3309. doi : 10.1074/mcp.O115.051888 . PMC 4762617 . PMID 26435129 . Получено 5 ноября 2018 г. .
^ Нгуен, Трунг Хай; Растенбург, Ариен С.; Криммер, Стефан Г.; Чжан, Хэси; Кларк, Джон Д.; Новик, Пол А.; Брэнсон, Ким; Панде, Виджай С.; Чодера, Джон Д.; Минь, Дэвид Д.Л. (2018). «Байесовский анализ изотермической титрационной калориметрии для термодинамики связывания». PLOS ONE . 13 (9): e0203224. Bibcode : 2018PLoSO..1303224N. doi : 10.1371/journal.pone.0203224 . PMC 6136728. PMID 30212471 .
^ The, Matthew; Edfors, Fredrik; Perez-Riverol, Yasset; Payne, Samuel H.; Hoopmann, Michael R.; Palmblad, Magnus; Forsström, Björn; Käll, Lukas (2018). «Стандарт белка, который эмулирует гомологию для характеристики алгоритмов вывода белка». Journal of Proteome Research . 17 (5): 1879–1886. doi :10.1021/acs.jproteome.7b00899. PMC 6474350. PMID 29631402 .
^ У, Гуаньин; Вань, Сян; Сюй, Баохуа (2018). «Новая оценка частоты ложных открытий на уровне белков». BMC Genomics . 19 (Suppl 6): 567. doi : 10.1186/s12864-018-4923-3 . PMC 6101079. PMID 30367581 .
^ "Универсальные стандарты протеомики – проверка будущего протеомики" . Получено 22 августа 2016 г. .
^ "Протеомные стандарты UPS1 и UP2" . Получено 22 августа 2016 г.
^ "ABRF Award". Ассоциация биомолекулярных ресурсных учреждений. Архивировано из оригинала 30 января 2012 года . Получено 22 августа 2016 года .
^ "JBT: Journal of Biomolecular Techniques". Ассоциация биомолекулярных ресурсных учреждений. Архивировано из оригинала 10 сентября 2022 г. Получено 16 октября 2022 г.

Внешние ссылки

Ассоциация биомолекулярных ресурсов ABRF
Федерация американских обществ экспериментальной биологии (FASEB)
Форум обсуждения ABRF
Журнал биомолекулярных технологий
ABRF в LinkedIn
Лидерство

[1] "Mission Statement". Association of Biomolecular Resource Facilities. Архивировано из оригинала 1 апреля 2019 года . Получено 4 марта 2020 года .

[2] Крабб, Дж. У.: «ABRF; Краткая история» ABRF News, июнь 1995 г.

[3] "Research Group Guidelines" (PDF) . Ассоциация биомолекулярных ресурсных учреждений. Архивировано из оригинала (PDF) 31 января 2012 года . Получено 15 апреля 2009 года .

[4] Чой, Мина; Эрен-Догу, Зейнеп Ф.; Коланджело, Кристофер; Коттрелл, Джон; Хупманн, Майкл Р.; Капп, Юджин А.; Ким, Сангтае; Лам, Генри; Нойберт, Томас А.; Палмблад, Магнус; Финни, Бретт С.; Вайнтрауб, Сьюзан Т.; Маклин, Брендан; Витек, Ольга (2017). «Исследование исследовательской группы по информатике протеома ABRF (iPRG) 2015 г.: обнаружение дифференциально распространенных белков в количественных экспериментах без меток с использованием ЖХ–МС/МС». Журнал исследований протеома . 16 (2): 945–957. doi :10.1021/acs.jproteome.6b00881. PMID 27990823. S2CID 4578078.

[5] Chalkley, Robert J.; Bandeira, Nuno; Chambers, Matthew C.; Clauser, Karl R.; Cottrell, John S.; Deutsch, Eric W.; Kapp, Eugene A.; Lam, Henry HN; McDonald, W. Hayes; Neubert, Thomas A.; Sun, Rui-Xiang (2014). "Proteome informatics research group (iPRG)_2012: исследование по обнаружению модифицированных пептидов в сложной смеси". Molecular & Cellular Proteomics . 13 (1): 360–371. doi : 10.1074/mcp.M113.032813 . PMC 3879627 . PMID 24187338 . Получено 5 ноября 2018 г. .

[6] Беннетт, Кейрин Л.; Ван, Ся; Бистром, Кори Э.; Чемберс, Мэтью К.; Андахт, Трейси М.; Данготт, Ларри Дж.; Элортца, Феликс; Лешик, Джон; Молина, Хенрик; Мориц, Роберт Л.; Финни, Бретт С.; Томпсон, Дж. Уилл; Бангер, Морин К.; Табб, Дэвид Л. (2015). «Исследование протеомной исследовательской группы ABRF 2012/2013 гг.: оценка продольной внутрилабораторной изменчивости в рутинных анализах пептидной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии». Молекулярная и клеточная протеомика . 14 (12): 3299–3309. doi : 10.1074/mcp.O115.051888 . PMC 4762617 . PMID 26435129 . Получено 5 ноября 2018 г. .

[7] Нгуен, Трунг Хай; Растенбург, Ариен С.; Криммер, Стефан Г.; Чжан, Хэси; Кларк, Джон Д.; Новик, Пол А.; Брэнсон, Ким; Панде, Виджай С.; Чодера, Джон Д.; Минь, Дэвид Д.Л. (2018). «Байесовский анализ изотермической титрационной калориметрии для термодинамики связывания». PLOS ONE . 13 (9): e0203224. Bibcode : 2018PLoSO..1303224N. doi : 10.1371/journal.pone.0203224 . PMC 6136728. PMID 30212471 .

[8] The, Matthew; Edfors, Fredrik; Perez-Riverol, Yasset; Payne, Samuel H.; Hoopmann, Michael R.; Palmblad, Magnus; Forsström, Björn; Käll, Lukas (2018). «Стандарт белка, который эмулирует гомологию для характеристики алгоритмов вывода белка». Journal of Proteome Research . 17 (5): 1879–1886. doi :10.1021/acs.jproteome.7b00899. PMC 6474350. PMID 29631402 .

[9] У, Гуаньин; Вань, Сян; Сюй, Баохуа (2018). «Новая оценка частоты ложных открытий на уровне белков». BMC Genomics . 19 (Suppl 6): 567. doi : 10.1186/s12864-018-4923-3 . PMC 6101079. PMID 30367581 .

[10] "Универсальные стандарты протеомики – проверка будущего протеомики" . Получено 22 августа 2016 г. .

[11] "Протеомные стандарты UPS1 и UP2" . Получено 22 августа 2016 г.

[12] "ABRF Award". Ассоциация биомолекулярных ресурсных учреждений. Архивировано из оригинала 30 января 2012 года . Получено 22 августа 2016 года .

[13] "JBT: Journal of Biomolecular Techniques". Ассоциация биомолекулярных ресурсных учреждений. Архивировано из оригинала 10 сентября 2022 г. Получено 16 октября 2022 г.