Митохондриальный код асцидий

Альтернативный генетический код, обнаруженный в митохондриальном геноме оболочников

Митохондриальный код асцидий (таблица трансляции 13 ) — это генетический код , обнаруженный в митохондриях асцидий .

Код

AAs = FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSGGVVVVAAAADDEEGGGG

Starts = ---M------------------------------MM---------------M------------

Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG

Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG

Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

Основания: аденин (А), цитозин (С), гуанин (Г) и тимин (Т) или урацил (У).

Аминокислоты: аланин (Ala, A), аргинин (Arg, R), аспарагин (Asn, N), аспарагиновая кислота (Asp, D), цистеин (Cys, C), глутаминовая кислота (Glu, E), глутамин (Gln, Q), глицин (Gly, G), гистидин (His, H), изолейцин (Ile, I), лейцин (Leu, L), лизин (Lys, K), метионин (Met, M), фенилаланин (Phe, F), пролин (Pro, P), серин (Ser, S), треонин (Thr, T), триптофан (Trp, W), тирозин (Tyr, Y), валин (Val, V)

Отличия от стандартного кода


ДНК-кодоны	РНК-кодоны	Этот код (13)	Стандартный код (1)
`AGA`	`AGA`	`Gly` `(G)`	`Arg` `(R)`
`AGG`	`AGG`	`Gly` `(G)`	`Arg` `(R)`
`ATA`	`AUA`	`Met` `(M)`	`Ile` `(I)`
`TGA`	`UGA`	`Trp` `(W)`	`STOP = Ter` `(*)`

Систематический диапазон и комментарии

Существуют доказательства из филогенетически разнообразной выборки оболочников ( Urochordata ), что AGA и AGG кодируют глицин . У других организмов AGA/AGG кодируют либо аргинин , либо серин , а в митохондриях позвоночных они кодируют STOP. Доказательства глициновой трансляции AGA/AGG были впервые обнаружены в 1993 году у Pyura stolonifera^[1] и Halocynthia roretzi . ^[2] Затем это было подтверждено секвенированием тРНК ^[3] и секвенированием целых митохондриальных геномов. ^[4]^[5]

Альтернативные инициирующие кодоны

АТА, ГТГ и ТТГ ^[5]
ATT — это стартовый кодон гена CytB у Halocynthia roretzi . ^[6]

Смотрите также

Список генетических кодов

Ссылки

В этой статье использован текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в общественном достоянии . ^[7]

^ Durrheim GA, Corfield VA, Harley EH, Ricketts MH (1993). "Нуклеотидная последовательность цитохромоксидазы (субъединица III) из митохондрии оболочника Pyura stolonifera: доказательство того, что AGR кодирует глицин". Nucleic Acids Research . 21 (15): 3587– 8. doi :10.1093/nar/21.15.3587. PMC 331473. PMID 8393993 .
^ Yokobori S, Ueda T, Watanabe K (январь 1993). «Кодоны AGA и AGG считываются как глицин в митохондриях асцидий». Журнал молекулярной эволюции . 36 (1): 1– 8. Bibcode : 1993JMolE..36....1Y. doi : 10.1007/bf02407301. PMID 8381878. S2CID 12603691.
^ Kondow A, Suzuki T, Yokobori S, Ueda T, Watanabe K (июнь 1999 г.). «Дополнительная тРНКGly(U*CU), обнаруженная в митохондриях асцидий, ответственная за декодирование неуниверсальных кодонов AGA/AGG как глицина». Nucleic Acids Research . 27 (12): 2554– 9. doi :10.1093/nar/27.12.2554. PMC 148460. PMID 10352185 .
^ Yokobori S, Ueda T, Feldmaier-Fuchs G, Pääbo S, Ueshima R, Kondow A, Nishikawa K, Watanabe K (декабрь 1999 г.). "Полная последовательность ДНК митохондриального генома асцидии Halocynthia roretzi (Chordata, Urochordata)". Genetics . 153 (4): 1851– 62. doi :10.1093/genetics/153.4.1851. PMC 1460873 . PMID 10581290.
^ ab Yokobori S, Watanabe Y, Oshima T (ноябрь 2003 г.). «Митохондриальный геном Ciona savignyi (Urochordata, Ascidiacea, Enterogona): сравнение расположения генов и генов тРНК с митохондриальным геномом Halocynthia roretzi». Journal of Molecular Evolution . 57 (5): 574– 87. Bibcode :2003JMolE..57..574Y. doi :10.1007/s00239-003-2511-9. PMID 14738316. S2CID 19474615.
^ Gissi C, Pesole G (2003). «Картирование транскриптов и аннотация генома мтДНК асцидий с использованием данных EST». Genome Research . 13 (9): 2203– 12. doi :10.1101/gr.1227803. PMC 403730. PMID 12915488 .
^ Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. "The Genetic Codes". Браузер таксономии . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), Национальная медицинская библиотека США . Получено 5 июня 2016 г.

Эта статья по генетике — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[Durrheim-1] Durrheim GA, Corfield VA, Harley EH, Ricketts MH (1993). "Нуклеотидная последовательность цитохромоксидазы (субъединица III) из митохондрии оболочника Pyura stolonifera: доказательство того, что AGR кодирует глицин". Nucleic Acids Research . 21 (15): 3587– 8. doi :10.1093/nar/21.15.3587. PMC 331473. PMID 8393993 .

[Yokobori-2] Yokobori S, Ueda T, Watanabe K (январь 1993). «Кодоны AGA и AGG считываются как глицин в митохондриях асцидий». Журнал молекулярной эволюции . 36 (1): 1– 8. Bibcode : 1993JMolE..36....1Y. doi : 10.1007/bf02407301. PMID 8381878. S2CID 12603691.

[Kondow-3] Kondow A, Suzuki T, Yokobori S, Ueda T, Watanabe K (июнь 1999 г.). «Дополнительная тРНКGly(U*CU), обнаруженная в митохондриях асцидий, ответственная за декодирование неуниверсальных кодонов AGA/AGG как глицина». Nucleic Acids Research . 27 (12): 2554– 9. doi :10.1093/nar/27.12.2554. PMC 148460. PMID 10352185 .

[4] Yokobori S, Ueda T, Feldmaier-Fuchs G, Pääbo S, Ueshima R, Kondow A, Nishikawa K, Watanabe K (декабрь 1999 г.). "Полная последовательность ДНК митохондриального генома асцидии Halocynthia roretzi (Chordata, Urochordata)". Genetics . 153 (4): 1851– 62. doi :10.1093/genetics/153.4.1851. PMC 1460873 . PMID 10581290.

[Yokobori_1999-5] Yokobori S, Watanabe Y, Oshima T (ноябрь 2003 г.). «Митохондриальный геном Ciona savignyi (Urochordata, Ascidiacea, Enterogona): сравнение расположения генов и генов тРНК с митохондриальным геномом Halocynthia roretzi». Journal of Molecular Evolution . 57 (5): 574– 87. Bibcode :2003JMolE..57..574Y. doi :10.1007/s00239-003-2511-9. PMID 14738316. S2CID 19474615.

[pmid12915488-6] Gissi C, Pesole G (2003). «Картирование транскриптов и аннотация генома мтДНК асцидий с использованием данных EST». Genome Research . 13 (9): 2203– 12. doi :10.1101/gr.1227803. PMC 403730. PMID 12915488 .

[NCBI-7] Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. "The Genetic Codes". Браузер таксономии . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), Национальная медицинская библиотека США . Получено 5 июня 2016 г.