Анатомография
Интерактивный веб-сайт с доступом к анатомическим данным
Анатомография
Логотип анатомографии.Скриншот анатомографии
Доступно вАнглийский или японский
ВладелецЦентр базы данных по наукам о жизни
СозданоКосаку Окубо
URLlifesciencedb.jp/bp3d
КоммерческийНет
Запущен2009-02-09 [1]
Текущий статусАктивный
Лицензия на контент

CC-BY-SA 2.1-ja [2]
В клипе представлен обзор функциональных возможностей сервера анатомии.

Anatomography — это интерактивный веб-сайт, который поддерживает создание анатомических схем и анимаций человеческого тела. Веб-сайт Anatomography поддерживается некоммерческим исследовательским институтом DBCLS (Database Center for Life Science), расположенным в Токийском университете. Анатомические схемы, созданные Anatomography, и трехмерные полигональные данные, используемые на веб-сайте (называемые BodyParts3D), находятся в свободном доступе по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike.

Описание

Журнал «Анатомография» был запущен 9 февраля 2009 года [1] основателем и главным директором Коусаку Окубо  [яп] , профессором Банка данных ДНК Японии в Национальном институте генетики .

Полигональные данные человеческого тела, используемые на сайте, называются " BodyParts3D ". [3] Полигональные данные BodyParts3D извлекаются из изображений МРТ всего тела . Набор изображений МРТ, на котором основан BodyParts3D, называется "TARO". Taro — это распространенное мужское имя в японском языке, как John в английском языке. TARO — это набор воксельных данных размером 2 мм * 2 мм * 2 мм для мужчины, созданный Национальным институтом информационных и коммуникационных технологий . [4] TARO был опубликован бесплатно в ноябре 2004 года. [5] [6]

Процесс создания BodyParts3D выглядит следующим образом. [3]

  • Этап 1: В исходные данные TARO были введены дополнительные анатомические сегментации.
  • Этап 2: Затем недостающие детали были дополнены, а размытые контуры уточнены с помощью программы 3D-редактирования с использованием учебников, атласов [7] и макетов, созданных медицинскими иллюстраторами.
  • Этап 3: Дальнейшая сегментация и модификация данных будут продолжаться в сотрудничестве с клиническими исследователями до тех пор, пока не будет достигнут достаточный охват концепций.

Полигональные данные BodyParts3D распространяются в формате файла OBJ . Размер всего файла данных составляет 127 МБ (полигон уменьшен) и 521 МБ (высокое качество) по версии 3.0. [8] Количество частей тела (органов), зарегистрированных в BodyParts3D, составляет 1523 по версии 3.0. [7]

Лицензия

Изображения, созданные с помощью Anatomography, и полигональные данные, включенные в BodyParts3D, лицензированы по лицензии Creative Commons [2] в надежде на расширение использования и демократизацию медицинских знаний. [9]

Финансирование

Проект BodyParts3D/Anatomography финансировался MEXT (Японское министерство образования, культуры, спорта, науки и технологий ) с 2007 по 2010 финансовый год . [10] [11] С 2011 финансового года проект финансируется JST ( Японское агентство по науке и технологиям ). [11]

Прием

Диаграммы из Anatomography используются, например, в канадском научном телешоу Le code Chastenay, [12] интернет-энциклопедии Wikipedia, в качестве лекционного материала в университетах и ​​в других местах для обмена знаниями. [9] Что касается использования Anatomography на таких сайтах, как Wikipedia и Wikimedia Commons, разработчики говорят, что «распространение использования анонимными пользователями на таких сайтах, как Wikipedia и Wikimedia Commons, — это то, чего мы ожидали». [9]

Технические характеристики

Проект BodyParts3D/Anatomography использует Основную модель анатомии (FMA). FMA — это анатомическая онтология с открытым исходным кодом, разработанная и поддерживаемая Группой структурной информатики Вашингтонского университета . В BodyParts3D каждая часть тела управляется идентификатором FMA (FMAID), определяемым FMA. Например, позвоночный столб зарегистрирован как FMA13478 , височная доля зарегистрирована как FMA61825 и т. д.

История версий

  • Версия 1.0 (9 февраля 2009 г.) [1]
  • Версия 2.0 (28 апреля 2010 г.) [13] Общее количество частей тела — 1324. [14]
  • Версия 3.0 (20 июня 2011 г.) Общее количество частей тела — 1523. [7]
  • Версия 4.0 (16 мая 2013 г.) [15]

Похожие услуги

  • BioDigital Human — бесплатный веб-сервис и коммерческий продукт, предоставляемый компанией BioDigital , Inc., расположенной в Нью-Йорке, штат Нью-Йорк, США. BioDigital Human был опубликован в 2011 году. Веб-сайт получил премию SXSW Interactive Award в 2013 году.

Другие

Несколько обучающих видеороликов по использованию анатомографии доступны на YouTube , [16] см. внешние ссылки.

Дополнительные изображения

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abc Примечания к выпуску (на японском языке). DBCLS. Получено 12 октября 2012 г.
  2. ^ ab FAQs - кредит. (на японском) DBCLS. Получено 12.10.2012.
  3. ^ ab Мицухаши, Н; Фуджиэда, К; Тамура, Т; Кавамото, С; Такаги, Т; Окубо, К (2009). "BodyParts3D: база данных трехмерных структур для анатомических концепций". Nucleic Acids Research . 37 (выпуск базы данных): D782–5. doi :10.1093/nar/gkn613. PMC  2686534. PMID  18835852 .Значок открытого доступа
  4. ^ Нагаока, Т; Ватанабэ, С; Сакурай, К; Куниеда, Э; Ватанабэ, С; Таки, М; Яманака, И (2004). «Разработка реалистичных воксельных моделей всего тела с высоким разрешением для взрослых японских мужчин и женщин среднего роста и веса и применение моделей к дозиметрии радиочастотного электромагнитного поля». Физика в медицине и биологии . 49 (1): 1– 15. Bibcode : 2004PMB....49....1N. doi : 10.1088/0031-9155/49/1/001. PMID  14971769.
  5. ^ 日本人の数値人体モデルDB「TARO」と「HANAKO」公開 10 ноября 2004 г. (на японском языке). ИТМедиа. Проверено 12 октября 2012 г.
  6. ^ 報道発表:日本人平均成人男女の数値人体モデルデータベース公開のお知らせ 10 ноября 2004 г. (на японском языке). Национальный институт информационных и коммуникационных технологий. Проверено 12 октября 2012 г.
  7. ^ Примечание к выпуску abc BodyParts3D (выпуск 3.0, 2011/6/20) [ постоянная нерабочая ссылка ‍ ] DBCLS. Получено 15.10.2012.
  8. ^ Загрузить - BodyParts3D DBCLS. Получено 15.10.2012.
  9. ^ abc 三橋 信孝、藤枝 香、今井 紫緒、武藤 勇、田村 卓郎、川本 祥子、高木利久、大久保 公策 「BodyParts3DとАнатомография: 医学での情報共有を「動機付ける」素材」(на японском) [ постоянная мертвая ссылка ]シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ～10年先のデータベースを考える～」/ Нобутака Мицухаси, Каори Фудзиеда, Шио Имаи, Исаму Муто, Такуро Тамура, Сёко Кавамото, Тошихиса Такаги и Косаку Окубо «BodyParts3D и анатомия: материалы, мотивирующие обмен информацией в медицине» Стендовый доклад на «Симпозиуме: К будущему науки о жизни – мышление баз данных 10 лет спустя», проходившем в Токийском университете в 05.10.2010. Получено 12 октября 2012 г.
  10. ^ Описание базы данных BodyParts3D Архив базы данных по наукам о жизни. Получено 19 октября 2012 г.
  11. ^ ab FAQ - О Центре баз данных по наукам о жизни (DBCLS) Архивировано 30.01.2013 на Wayback Machine DBCLS. Получено 19.10.2012.
  12. ^ 「LE CODE CHASTENAY」Выпуск 48 Архивировано 04.03.2016 на Wayback Machine , вышло в эфир 19.01.2010
  13. ^ Обновления "BodyParts3D/Anatomography" Архивировано 5 июня 2010 г. на Wayback Machine Опубликовано 28 апреля 2010 г. DBCLS. Получено 16 октября 2012 г.
  14. ↑ BodyParts3D Release Note (Выпуск 2.0, 28.04.2010) DBCLS. Получено 15.10.2012.
  15. ^ "BodyParts3D Release Notes, v4.0". Получено 18.11.2015.
  16. ^ Кавано, С.; Оно, Х.; Такаги, Т.; Боно, Х. (2012). «Учебные видеоматериалы по биоинформатическим ресурсам: пробное распространение в Интернете в Японии под названием TogoTV». Briefings in Bioinformatics . 13 (2): 258– 68. doi :10.1093/bib/bbr039. PMC 3294242. PMID  21803786 . Значок открытого доступа
  17. ^ Конференция "Баланс защиты интеллектуальной собственности и обмена данными в науке", проведенная в Токийском университете, 2009-10-05. Презентация Окубо на японском языке Архивировано 10 июня 2013 года в Wayback Machine , как раз перед лекцией Лоуренса Лессига . Полные видео каждой лекции доступны на странице расписания программы веб-сайта конференции (частично на японском, частично на английском) Архивировано 4 февраля 2013 года в Wayback Machine .
На Викискладе есть медиафайлы по теме «Анатомия» .
  • Анатомография
  • Данные полигонов BodyParts3D
  • Введение в BodyParts3D / Анатомия на YouTube
  • Как использовать BodyParts3D / Anatomography 2010 на YouTube
  • Центр базы данных по наукам о жизни
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Анатомография&oldid=1263600177"