Аналитический индекс профиля
Микробиологический метод быстрой идентификации
Система обнаружения API 20NE после 24 часов инкубации.

Аналитический индекс профиля , или API , представляет собой систему классификации бактерий , основанную на биохимических тестах. Система была разработана для ускорения скорости идентификации клинически значимых бактерий. Она может использоваться только для идентификации известных видов из индекса. [1] Полученные данные являются фенотипическими признаками . Методы, основанные на последовательности ДНК , включая мультилокусное типирование последовательности и даже секвенирование всего генома , все чаще используются для идентификации видов и штаммов бактерий. Эти новые методы могут использоваться для дополнения или даже замены использования тестирования API в клинических условиях.

История

Аналитический индекс профиля (API) был изобретен в 1970-х годах в США Пьером Жаненом из Analytab Products Inc. [2] Тестовая система API в настоящее время производится компанией bioMérieux . [3] Ассортимент API представляет собой стандартизированную и миниатюризированную версию существующих методов, которые считались сложными в исполнении и трудными для считывания.

Описание

Идентификация возможна только с помощью микробиологической культуры . Тестовые полоски API состоят из лунок, содержащих обезвоженные субстраты, такие как окислительно-восстановительные субстраты, электрогенные субстраты и люминогенные субстраты, для обнаружения ферментативной активности , обычно связанной с ферментацией углеводов или катаболизмом белков или аминокислот инокулированными организмами. Бактериальная суспензия используется для регидратации каждой из лунок, и полоски инкубируются. Во время инкубации метаболизм вызывает изменения цвета, которые являются либо спонтанными, либо выявляются добавлением реагентов. Например, когда углеводы ферментируются, pH внутри лунки уменьшается, и это отображается изменением цвета индикатора pH. Все результаты тестов компилируются для получения номера профиля, который затем сравнивается с номерами профилей в коммерческой кодовой книге (или онлайн) для определения идентификации вида бактерий. [4]

API-20E

Перед началом теста необходимо подтвердить, что культивируемые бактерии являются Enterobacteriaceae, это делается с помощью быстрого теста на оксидазу для цитохромкоксидазы . Enterobacteriaceae, как правило, являются оксидазоотрицательными, то есть они либо не используют кислород в качестве акцептора электронов в цепи переноса электронов , либо используют другой цитохромный фермент для переноса электронов на кислород. [5] Если культура определена как оксидазоположительная, необходимо провести альтернативные тесты для правильной идентификации вида бактерий. API-20E специфичен для дифференциации членов семейства грамотрицательных бактерий Enterobacteriaceae . [6] [7] Другая система API, API-Staph, специфична для грамположительных бактерий , включая виды Staphylococcus , виды Micrococcus и родственные организмы. [7]

API 20E/NE

Система API 20E/NE — это широко используемая биохимическая тестовая система, разработанная для быстрой идентификации грамотрицательных бактерий. Она специально нацелена на две группы: Enterobacteriaceae (API 20E) и не-Enterobacteriaceae (API 20NE). Эта система особенно полезна в клинической микробиологии и экологических исследованиях для идентификации бактерий на основе их биохимической активности.

Как это работает

  • Тест-полоски: Система состоит из пластиковой полоски, содержащей 20 небольших реакционных пробирок (микропробирок), каждая из которых содержит различные обезвоженные субстраты.
  • Регидратация и инокуляция: Для проведения теста микропробирки регидратируются бактериальной суспензией. Каждая микропробирка предназначена для обнаружения специфических ферментативных активностей или углеводных ферментаций, характерных для тестируемых бактерий.
  • Инкубация: После инокуляции полоска инкубируется в течение определенного периода, обычно 18-24 часов, при определенной температуре (часто 35-37°C). Во время инкубации бактерии взаимодействуют с субстратами, что приводит к видимым изменениям цвета, если реакции происходят.
  • Считывание результатов: После инкубации результаты интерпретируются путем наблюдения за изменениями цвета в каждой пробирке, которые указывают на положительные или отрицательные реакции. Модель реакций сравнивается с референтной базой данных для идентификации организма.
  • Идентификация: Каждая реакция оценивается численно, а совокупный балл формирует номер профиля, который затем используется для идентификации организма с помощью базы данных или программного обеспечения для идентификации.

Ссылки

  1. ^ "Поиск тестов API | Аналитический индекс профилей | BacDive". bacdive.dsmz.de . Получено 2024-03-08 .
  2. ^ http://patft.uspto.gov/netacgi/nph-Parser?Sect1=PTO1&Sect2=HITOFF&d=PALL&p=1&u=%2Fnetahtml%2FPTO%2Fsrchnum.htm&r=1&f=G&l=50&s1=3936356.PN.&OS=PN/3936356&RS=PN/3936356 [ постоянная мертвая ссылка ‍ ]
  3. ^ "API® strips - Innovation - bioMérieux Clinical Diagnostics". Архивировано из оригинала 2009-05-25 . Получено 2009-11-09 .
  4. ^ Танкешвар, Ачарья (28.02.2024). «API и RAPID ID для идентификации микроорганизмов • Microbe Online». Microbe Online . Получено 08.03.2024 .
  5. ^ Октавия, Софи; Лан, Руитинг (2014). «Семейство Enterobacteriaceae». Прокариоты . С.  225–286 . doi :10.1007/978-3-642-38922-1_167. ISBN 978-3-642-38921-4.
  6. ^ Холмс, Б.; Уиллкокс, В. Р.; Лапаж, С. П. (1978-01-01). «Идентификация энтеробактерий по системе API 20E». Журнал клинической патологии . 31 (1): 22– 30. doi : 10.1136 /jcp.31.1.22. ISSN  0021-9746. PMC 476713. PMID  342546. 
  7. ^ ab "Справочное руководство API V7" (PDF) . Biomerieux . 2019.

Дальнейшее чтение

  • Патентное ведомство США, номер патента 3936356 [1]
  • Система API: многотрубчатый микрометод для идентификации энтеробактерий, П. Б. Смит, К. М. Томфорде, Д. Л. Роден и А. БалоусЦентр по контролю и профилактике заболеваний, Атланта, Джорджия 30333 [2]


Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Analytical_profile_index&oldid=1256997057"