Альфаспутник
Альфасателлитиды
Классификация вирусов Редактировать эту классификацию
(без рейтинга):Вирус
Семья:Альфасателлитиды

Альфасателлиты — это семейство вирусов-сателлитов с одноцепочечной ДНК, которые зависят от присутствия другого вируса ( вирусов-помощников ) для репликации своих геномов. Таким образом, они имеют минимальные геномы с очень низкой геномной избыточностью. Геном представляет собой одну кольцевуюмолекулу одноцепочечной ДНК . [1] Первые альфасателлиты были описаны в 1999 году и были связаны с болезнью курчавости листьев хлопчатника и болезнью желтых жилок агератума. [2] [3] Поскольку бегомовирусы характеризуются на молекулярном уровне, описывается все большее количество альфасателлитов.

Ранее эти вирусы были известны как компоненты ДНК 1. [4]

Эти вирусы обычно встречаются в Старом Свете. Некоторые были выделены из Нового Света, но их связь с вирусами-хозяевами все еще изучается.

Геном

Геном имеет длину от 1300 до 1400 нуклеотидов и имеет три консервативные особенности: шпильковую структуру, одну открытую рамку считывания (ORF) и богатую аденином область. [5]

Структура шпильки имеет петлю, которая включает нонануклеотид TAGTATTAC, который является общим для нановирусов и отличается от последовательности TAATATTAC геминивирусов одним нуклеотидом. Как в геминивирусах, так и в нановирусах эта последовательность содержит начало репликации ( ori ) и разрезается белком-инициатором репликации катящегося кольца для инициирования репликации вирусной ДНК. На основе структуры шпильки альфасателлиты можно разделить на 5 клад. [6]

Открытая рамка считывания кодирует белок-инициатор репликации по типу катящегося кольца (Rep), аналогичный тому, что обнаружен в нановирусах . Молекулярная масса кодируемого белка составляет 32–37 килодальтон, а его аминокислотная последовательность составляет ~320. Он высококонсервативен, и его аминокислотная последовательность составляет 86,3–100,0% идентичности между изолятами. [ необходима цитата ]

Богатая аденином область находится сразу за геном rep и имеет длину приблизительно 153–169 нуклеотидов с содержанием аденина от 52,3 до 58,4%. Филогенетический анализ этой области показывает, что их можно разделить на три клады, которые соответствуют тем, которые были обнаружены при филогенетическом анализе всего генома. [6] Эта часть генома, по-видимому, избыточна. [7]

Была описана предполагаемая вторая ORF в геноме альфасателлитного вируса. [8] Значимость этого открытия (если таковая имеется) неизвестна.

Рекомбинация происходит между альфа-сателлитами. [9]

Вирусология

Отличительных вирионов нет, поскольку вирусные геномы заключены в белок оболочки вируса-помощника. [ необходима цитата ]

Альфасателлиты, связанные с бегомовирусами, требуют бегомовируса для перемещения в растениях и передачи насекомым, но способны к саморепликации в растениях-хозяевах. Они, по-видимому, не вызывают заболевания растений или не изменяют ход инфекции бегомовирусом. Они могут быть способны снизить тяжесть инфекции бегомовирусами. [10] [11]

Альфасателлиты также были описаны в ассоциации с Nanoviridae . Они, как правило, немного короче (1100–1300 нуклеотидов), но кодируют белки в дополнение к гену rep . Из-за многокомпонентного генома Nanoviridae они изначально не были признаны отдельными геномами. [12] [13] [14]

Альфа-сателлиты могут быть целью подавления РНК. [15]

Таксономия

Альфасателлиты сгруппированы в семейство Alphasatellitidae . Это семейство состоит из трех подсемейств, 18 родов и 85 видов. Распознаются следующие подсемейства и роды (- satellitinae обозначает подсемейство, а - satellite обозначает род): [16]

  • геминиальныефазасаттелитины
    • Возрастезисателлит
    • Clecrusatellit
    • Colecusпутник
    • Draftysatellite
    • Госмусоспутник
    • Сомасателлит
    • Whiflysatellite
  • Наноальфасателлиты
    • Clostunспутник
    • Fabenesatellite
    • Milvetспутник
    • Mivedwarспутник
    • Sophoyesatellite
    • Subclovsatellite
  • Петромоальфасателлиты
    • Бабуспутник
    • Кокоспутник
    • Копраспутник
    • Коббари-сателлит
    • Muscarспутник

Эволюция

Учитывая сходство между белками rep альфасателлитов и нановирусов , вполне вероятно, что альфасателлиты произошли от нановирусов. [6]

Использует

Эти вирусы использовались при разработке исследований по подавлению вирусных генов. [17]

Ссылки

  1. ^ Сильва, Хорхе Мигель; Пратас, Диого; Каэтано, Таня; Матос, Сержиу (11 августа 2022 г.). «Сложность вирусных геномов». ГигаСайенс . 11 : giac079. doi : 10.1093/gigascience/giac079. ISSN  2047-217X. ПМЦ  9366995 . ПМИД  35950839.
  2. ^ Saunders K, Stanley J (ноябрь 1999 г.). «Похожий на нановирус компонент ДНК, связанный с заболеванием желтых жилок Ageratum conyzoides: доказательства межсемейной рекомбинации между растительными ДНК-вирусами». Вирусология . 264 (1): 142–52 . doi : 10.1006/viro.1999.9948 . PMID  10544139.
  3. ^ Мансур С., Хан Ш., Башир А. и др. (июнь 1999 г.). «Идентификация новой кольцевой одноцепочечной ДНК, связанной с курчавостью листьев хлопка в Пакистане». Вирусология . 259 (1): 190– 9. doi : 10.1006/viro.1999.9766 . PMID  10364503.
  4. ^ Stanley J (февраль 2004 г.). «Субвирусные ДНК, связанные с комплексами заболеваний геминивирусов». Vet. Microbiol . 98 (2): 121– 9. doi :10.1016/j.vetmic.2003.10.005. PMID  14741124.
  5. ^ Briddon RW, Bull SE, Amin I, et al. (Июль 2004). «Разнообразие ДНК 1: молекула, похожая на спутник, связанная с монокомпонентными комплексами бегомовирус-ДНК бета». Вирусология . 324 (2): 462–74 . doi : 10.1016/j.virol.2004.03.041 . PMID  15207631.
  6. ^ abc Xie Y, Wu P, Liu P, Gong H, Zhou X (2010). "Характеристика альфа-сателлитов, связанных с монокомпонентными комплексами бегомовирус/бетасателлит в Юньнани, Китай". Virol. J . 7 : 178. doi : 10.1186/1743-422X-7-178 . PMC 2922188 . PMID  20678232. 
  7. ^ Шахид М.С., Али Л., Андлеб С. (2009). «Функция богатой альфа-хромосомой области альфа-сателлита, связанная с курчавостью листьев хлопка в Пакистане» (PDF) . EurAsia J BioSci . 3 : 152– 6. Архивировано из оригинала (PDF) 2014-03-08 . Получено 2014-03-08 .
  8. ^ Romay G, Chirinos D, Geraud-Pouey F, Desbiez C (ноябрь 2010 г.). «Ассоциация атипичного альфасателлита с двудольным бегомовирусом Нового Света». Arch. Virol . 155 (11): 1843– 7. doi :10.1007/s00705-010-0760-7. PMID  20665058. S2CID  20039085.
  9. ^ Kumar J, Kumar A, Roy JK, Tuli R, Khan JA (август 2010 г.). «Идентификация и молекулярная характеристика бегомовируса и связанных с ним молекул сателлитной ДНК, инфицирующих Cyamopsis tetragonoloba». Virus Genes . 41 (1): 118– 25. doi :10.1007/s11262-010-0482-7. PMID  20405195. S2CID  6790138.
  10. ^ Idris AM, Shahid MS, Briddon RW, Khan AJ, Zhu JK, Brown JK (март 2011 г.). «Необычный альфасателлит, связанный с однокомпонентными бегомовирусами, ослабляет симптомы и снижает накопление бетасателлита» (pdf) . J. Gen. Virol . 92 (Pt 3): 706–17 . doi : 10.1099/vir.0.025288-0 . PMID  21084498.
  11. ^ Nawaz-Ul-Rehman MS, Nahid N, Mansoor S, Briddon RW, Fauquet CM (сентябрь 2010 г.). "Посттранскрипционная активность подавления генов двух непатогенных альфасателлитов, связанных с бегомовирусом". Вирусология . 405 (2): 300– 8. doi : 10.1016/j.virol.2010.06.024 . PMID  20598726.
  12. ^ Katul L, Maiss E, Vetten HJ (февраль 1995 г.). «Анализ последовательности компонента ДНК вируса некротической желтухи конских бобов, содержащего предполагаемый ген репликазы» (pdf) . J. Gen. Virol . 76 (Pt 2): 475– 9. doi : 10.1099/0022-1317-76-2-475 . PMID  7844570.
  13. ^ Katul L, Timchenko T, Gronenborn B, Vetten HJ (декабрь 1998 г.). «Десять отдельных кольцевых компонентов одноцепочечной ДНК, четыре из которых кодируют предполагаемые белки, связанные с репликацией, связаны с геномом вируса некротической желтухи бобов» (pdf) . J. Gen. Virol . 79 (Pt 12): 3101– 9. doi : 10.1099/0022-1317-79-12-3101 . PMID  9880028.
  14. ^ Sano Y, Wada M, Hashimoto Y, Matsumoto T, Kojima M (декабрь 1998 г.). «Последовательности десяти кольцевых компонентов одноцепочечной ДНК, связанных с геномом вируса карликовости молочной вики» (pdf) . J. Gen. Virol . 79 (Pt 12): 3111– 8. doi : 10.1099/0022-1317-79-12-3111 . PMID  9880029.
  15. ^ Амин И, Хуссейн К, Акбергенов Р и др. (август 2011 г.). «Подавители подавления РНК, кодируемые компонентами комплекса бегомовируса курчавости листьев хлопка-бетасателлита». Mol. Plant Microbe Interact . 24 (8): 973– 83. doi : 10.1094/MPMI-01-11-0001 . PMID  21751853.
  16. ^ "Virus Taxonomy: 2022 Release". Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2023 г. Получено 14 августа 2023 г.
  17. ^ Huang CJ, Zhang T, Li FF, Zhang XY, Zhou XP (февраль 2011 г.). «Разработка и применение эффективной системы подавления генов, индуцированных вирусом, в Nicotiana tabacum с использованием альфасателлита геминивируса». J Zhejiang Univ Sci B . 12 (2): 83– 92. doi :10.1631/jzus.B1000157. PMC 3030953 . PMID  21265040. 
  • ViralZone Альфасателлитиды
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Альфаспутник&oldid=1187421122"