Алекс К. Шалек
Биомедицинский инженер
Алекс Шалек
Алекс Шалек, август 2019 г.
Рожденный( 1981-12-18 )18 декабря 1981 г.
Альма-матерКолумбийский университет
Гарвардский университет
НаградыПрофессорская должность имени Дж. В. Кикхефера (с 2023 г. по настоящее время)
Премия Avant-Garde (DP1 Pioneer) от Национального института по борьбе со злоупотреблением наркотиками (2021 г.) Премия за достижения в преподавательском составе имени
Гарольда Э. Эджертона , Массачусетский технологический институт (2020 г.) Стипендия Pew-Stewart
от Благотворительного фонда Pew (2018 г.) Научный сотрудник
Sloan Foundation от Фонда Альфреда П. Слоана (2018 г.)
Программа стипендиатов Searle (2015 г.)
Премия Beckman Young Investigators (2015 г.)
Премия директора NIH New Innovator (2015 г.)
Научная карьера
УчрежденияМассачусетский технологический институт
Институт Брода
Институт Коха по интегративным исследованиям рака
Институт
Рагона Больница общего профиля
Гарвардская медицинская школа
научный руководительПарк Хонгкун
Веб-сайтwww.shaleklab.com

Алекс К. Шалек, биомедицинский инженер , является директором Института медицинской инженерии и науки (IMES) и профессором JW Kieckhefer в IMES и на кафедре химии Массачусетского технологического института . Он является внештатным членом Института Коха по интегративным исследованиям рака в Массачусетском технологическом институте. Кроме того, он является членом Института Рагона , членом Института Брода , ассистентом по иммунологии в Массачусетской больнице общего профиля и преподавателем по медицинским наукам и технологиям в Гарвардской медицинской школе . Многопрофильные исследования лаборатории Шалек направлены на создание и внедрение широко применимых методов изучения и проектирования клеточных реакций в тканях, стимулирования биологических открытий и улучшения прогностики, диагностики и терапии аутоиммунных, инфекционных и раковых заболеваний. Шалек и его лаборатория наиболее известны своей работой в области геномики отдельных клеток и изучением ряда разрушительных, но трудно поддающихся изучению заболеваний человека совместно с партнерами по всему миру. [1]

Образование и предыдущие исследования

Шалек получил степень бакалавра наук с отличием в 2004 году в Колумбийском университете , где он изучал химическую физику в качестве стипендиата Джона Джея с Ричардом Берсоном и Луисом Брюсом . Затем он выполнил дипломную работу по химической физике, разрабатывая массивы нанопроводов в качестве клеточных «шприцев» и электрохимических зондов под руководством Хонгкуна Парка в Гарвардском университете. [2] После этого, будучи постдокторантом под руководством Парка и Авива Регева в Институте Брода, Шалек помог пионеру одноклеточных моделей в клеточных реакциях, чтобы изучить, как клетки по-разному реагируют на одно и то же состояние, показав, что ковариация экспрессии генов по всему геному между клетками может быть использована для определения клеточных типов и состояний, их внутренней «схемы», «снизу вверх». [3] [4] [5] [6]

Как независимый исследователь, Шалек и его лаборатория помогли масштабировать и упростить геномику отдельных клеток для изучения сложных клинических образцов с низким уровнем входных данных по всему миру. [7] [5] [8] Параллельно они использовали эти и другие подходы [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [ чрезмерное цитирование ] для изучения причин и последствий клеточной гетерогенности при раке, [15] [16] [17] [18] [19] инфекционных заболеваниях, [5] [8] [9] [10] [20] [21] [22 ] [23] [24] [25] [26] [27] [ чрезмерное цитирование ] и воспалении. [28] [29] [30]

Текущие исследования

Текущая работа в лаборатории Шалек включает как разработку широкомасштабных технологий, так и их применение для характеристики, моделирования и управления многоклеточными системами. Что касается разработки технологий, лаборатория объединяет области исследований в области геномики , химической биологии и нанотехнологий для создания доступных подходов к профилированию и управлению клетками и их взаимодействиями.

В дополнение к этим инструментам с мировым исследовательским сообществом, [31] лаборатория применяет их для анализа человеческих заболеваний, таких как COVID-19, [32] [33] методично связывая клеточные особенности и клинические наблюдения. Основные направления включают в себя то, как: иммунные клетки координируют сбалансированные ответы на экологические стрессы; [28] [29] [8] [34] взаимодействия клетки-хозяина и патогена развиваются во время инфекции; [8] [9] [10] [21] [22] [23] [26] [ чрезмерное цитирование ] и опухолевые клетки уклоняются от терапевтического лечения и естественного иммунитета. [15] [17] [18] [19] [25] [35]

На основе этих и других наблюдений лаборатория стремится понять, как болезнь изменяет функцию тканей на клеточном уровне, и реализовать терапевтические и профилактические вмешательства для восстановления или поддержания здоровья человека.

Избранные награды и почести

  • Профессорская должность имени Дж. В. Кикхефера, 2023 – настоящее время
  • Премия «Авангард» (DP1 Pioneer) от Национального института по борьбе со злоупотреблением наркотиками (NIDA), 2021 г.
  • Премия Гарольда Э. Эджертона за достижения в преподавательском составе 2019-2020 [36]
  • Премия «Молодой наставник», Гарвардская медицинская школа , 2020 г. [37]
  • Pew-Stewart Scholar, Pew Charitable Trust Благотворительный фонд, 2018–2022 [38]
  • Научный сотрудник по химии, Фонд Альфреда П. Слоана , 2018–2020 гг. [39]
  • Профессорская программа развития карьеры Pfizer-Laubach, Массачусетский технологический институт, 2017–2020 гг. [40]
  • Научный консультант, Science Translational Medicine, 2016 [41]
  • Премия директора NIH «Новый новатор» , 2015–2020 гг. [42]
  • Премия Бекмана для молодых исследователей Фонда Арнольда и Мейбл Бекман, 2015–2019 [43]
  • Программа стипендий Searle [44]
  • Первое место в конкурсе «Follow That Cell» (член команды), NIH, 2015 [45]
  • Профессорство по развитию карьеры Германа Л. Ф. фон Гельмгольца, Массачусетский технологический институт, 2014–2016 гг. [45]
  • Премия за выдающиеся достижения, Институт Броуда Гарварда и Массачусетского технологического института, 2013 г. [45]
  • Премия Дадли Р. Хершбаха за преподавание, Гарвардский университет, 2006 г. [45]
  • Аспирантская исследовательская стипендия, NSF, 2005 – 2008 [45]
  • Сертификат отличия в преподавании, Гарвардский университет, 2005 [45]
  • Phi Beta Kappa, Колумбийский университет, 2004 [45]
  • Стипендиат Джона Джея, Колумбийский университет, 2000 – 2004 [45]

Избранные публикации

  • Хуан, Сыи и др. (2021-01-21). «Лимфатические узлы иннервируются уникальной популяцией сенсорных нейронов с иммуномодулирующим потенциалом». Cell . 184 (2): 441–459.e25 [34]
  • Циглер, CGK и др. (28.05.2020). «Рецептор SARS-CoV-2 ACE2 — это ген, стимулируемый интерфероном в эпителиальных клетках дыхательных путей человека, который обнаруживается в определенных подмножествах клеток в тканях», Cell, 181, 1016 (2020). [20]
  • Хьюз, Трэвис К. и др. (2020-10-13). «Массовое параллельное секвенирование scRNA-Seq на основе синтеза второй цепи выявляет клеточные состояния и молекулярные особенности воспалительных патологий кожи человека». Иммунитет . 53 (4): 878–894.e7. [8]
  • Котляр, Дилан и др. (2020-11-25). «Профилирование отдельных клеток при заболевании вирусом Эбола in vivo выявляет динамику вируса и хозяина». Cell . 183 (5): 1383–1401.e19. [10]
  • Kazer, Samuel W. et al. (2020-04). «Интегрированный одноклеточный анализ многоклеточной иммунной динамики во время сверхострой инфекции ВИЧ-1». Nature Medicine . 26 (4): 511–518. [9]
  • Смилли, К.# и др. (2019). «Внутри- и межклеточная перестройка толстой кишки человека при язвенном колите» Cell , 178 , 714 (2019). [29]
  • Ордовас-Монтанес, Дж. и др. (2018). «Снижение клеточного разнообразия и измененное состояние базальных клеток-предшественников информируют о дисфункции эпителиального барьера в иммунитете человека 2-го типа», Nature , 560 , 649 (2018). [28]
  • Мартин-Гайо, Э. и др. (2018). «Рациональная структура для модуляции ансамблевого иммунного поведения, вдохновленная элитным контролем ВИЧ-1», Genome Biol. , 19 , 10 (2018). [26]
  • TM Gierahn и др. (2017) «Seq-Well: портативная, недорогая платформа для секвенирования РНК отдельных клеток с низким входным объемом образцов». Nature Meth . 14 (2017): 395. [5]
  • И. Тирош и др. (2017) «Диссекция многоклеточной экосистемы метастатической меланомы с помощью секвенирования РНК отдельных клеток». Science 352.6282 (2016): 189-96. [15]
  • EZ Macosko и др. (2015). «Профилирование экспрессии генома тысяч отдельных клеток с использованием нанолитровых капель». Cell 161 (2015): 1202-14. [7]
  • AK Shalek и др. (2014). «Масштабное секвенирование РНК отдельных клеток раскрывает стратегии регулирования динамической изменчивости от клетки к клетке посредством паракринной сигнализации». Nature 510 (2014): 363. [4]
  • AK Shalek и др. (2013). «Транскриптомика отдельных клеток выявляет бимодальность в экспрессии и сплайсинге в иммунных клетках». Nature 498 (2013): 236-40. [3]
  • Н. Йосеф и др. (2013). «Динамическая регуляторная сеть, контролирующая дифференцировку клеток Th17». Nature 496 (2013): 461-68. [46]

Ссылки

  1. ^ "Shalek Lab". shaleklab.com . Получено 2020-10-30 .
  2. ^ Робинсон, Джейкоб Т.; Йорголли, Марсела; Шалек, Алекс К.; Юн, Мён-Хан; Гертнер, Рона С.; Парк, Хонгкун (март 2012 г.). «Вертикальные нанопроволочные электродные массивы как масштабируемая платформа для внутриклеточного взаимодействия с нейронными цепями». Nature Nanotechnology . 7 (3): 180– 184. Bibcode :2012NatNa...7..180R. doi :10.1038/nnano.2011.249. ISSN  1748-3395. PMC 4209482 . PMID  22231664. 
  3. ^ ab Шалек, Алекс К.; Сатия, Рахул; Адиконис, Сиань; Гертнер, Рона С.; Гобломм, Джеллерт Т.; Рейчоудхури, Рактима; Шварц, Шрага; Йосеф, Нир; Мальбёф, Кристин; Лу, Диана; Тромбетта, Джон Дж. (июнь 2013 г.). «Транскриптомика отдельных клеток выявляет бимодальность в экспрессии и сплайсинге в иммунных клетках». Nature . 498 (7453): 236– 240. Bibcode :2013Natur.498..236S. doi :10.1038/nature12172. ISSN  1476-4687. PMC 3683364 . PMID  23685454. 
  4. ^ Аб Шалек, Алекс К.; Сатиджа, Рахул; Шуга, Джо; Тромбетта, Джон Дж.; Геннерт, Дэйв; Лу, Диана; Чен, Пейлин; Гертнер, Рона С.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Йосеф, Нир; Шварц, Шрага (июнь 2014 г.). «Одноклеточная РНК-секвенирование демонстрирует динамический паракринный контроль клеточных вариаций». Природа . 510 (7505): 363–369 . Бибкод : 2014Natur.510..363S. дои : 10.1038/nature13437. ISSN  1476-4687. ПМК 4193940 . ПМИД  24919153. 
  5. ^ abcd Gierahn, Todd M.; Wadsworth, Marc H.; Hughes, Travis K.; Bryson, Bryan D.; Butler, Andrew; Satija, Rahul; Fortune, Sarah; Love, J. Christopher; Shalek, Alex K. (апрель 2017 г.). "Seq-Well: портативное, недорогое секвенирование РНК отдельных клеток с высокой пропускной способностью". Nature Methods . 14 (4): 395– 398. doi :10.1038/nmeth.4179. hdl : 1721.1/113430 . ISSN  1548-7105. PMC 5376227 . PMID  28192419. 
  6. ^ «Сделать секвенирование РНК отдельных клеток широко доступным». Новости MIT | Массачусетский технологический институт . 13 февраля 2017 г. Получено 17 февраля 2021 г.
  7. ^ ab Macosko, Evan Z.; Basu, Anindita; Satija, Rahul; Nemesh, James; Shekhar, Karthik; Goldman, Melissa; Tirosh, Itay; Bialas, Allison R.; Kamitaki, Nolan; Martersteck, Emily M.; Trombetta, John J. (2015-05-21). "Высокопараллельное профилирование экспрессии генома в отдельных клетках с использованием нанолитровых капель". Cell . 161 (5): 1202– 1214. doi :10.1016/j.cell.2015.05.002. ISSN  0092-8674. PMC 4481139 . PMID  26000488. 
  8. ^ abcdef Хьюз, Трэвис К.; Уодсворт, Марк Х.; Гиран, Тодд М.; До, Тран; Вайс, Дэвид; Андраде, Присцила Р.; Ма, Фэйянг; Сильва, Бруно Дж. де Андраде; Шао, Шуай; Цой, Лам К.; Ордовас-Монтанес, Хосе (13.10.2020). "Массово-параллельное секвенирование scRNA на основе синтеза второй цепи выявляет клеточные состояния и молекулярные особенности воспалительных патологий кожи человека". Иммунитет . 53 (4): 878–894.e7. doi : 10.1016/j.immuni.2020.09.015 . ISSN  1074-7613. PMC 7562821 . PMID  33053333. 
  9. ^ abcd Kazer, Samuel W.; Aicher, Toby P.; Muema, Daniel M.; Carroll, Shaina L.; Ordovas-Montanes, Jose; Miao, Vincent N.; Tu, Ang A.; Ziegler, Carly GK; Nyquist, Sarah K.; Wong, Emily B.; Ismail, Nasreen (апрель 2020 г.). «Комплексный одноклеточный анализ многоклеточной иммунной динамики во время сверхострой инфекции ВИЧ-1». Nature Medicine . 26 (4): 511– 518. doi : 10.1038/s41591-020-0799-2 . ISSN  1546-170X. PMC 7237067 . PMID  32251406. 
  10. ^ abcd Котляр, Дилан; Лин, Аарон Э.; Лог, Джеймс; Хьюз, Трэвис К.; Хури, Надин М.; Раджу, Сиддхарт С.; Уодсворт, Марк Х.; Чен, Хан; Курц, Джонатан Р.; Дигеро-Кемп, Бонни; Бьорнсон, Зак Б. (2020-11-25). «Профилирование отдельных клеток заболевания, вызванного вирусом Эбола, in vivo выявляет динамику вируса и хозяина». Cell . 183 (5): 1383–1401.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.10.002 . ISSN  0092-8674. PMC 7707107 . PMID  33159858. 
  11. ^ Геншафт, Алекс С.; Ли, Шуцян; Галлант, Кэролайн Дж.; Дарманис, Спирос; Пракадан, Санджай М.; Циглер, Карли ГК; Лундберг, Мартин; Фредрикссон, Саймон; Хонг, Джойс; Регев, Авив; Ливак, Кеннет Дж. (2016-09-19). «Мультиплексное целевое профилирование протеомов и транскриптомов отдельных клеток в одной реакции». Genome Biology . 17 (1): 188. doi : 10.1186/s13059-016-1045-6 . ISSN  1474-760X. PMC 5027636 . PMID  27640647. 
  12. ^ Киммерлинг, Роберт Дж.; Ли Сзето, Грегори; Ли, Дженнифер В.; Геншафт, Алекс С.; Казер, Сэмюэл В.; Пайер, Кристофор Р.; де Риба Боррахо, Джейкоб; Блейни, Пол К.; Ирвин, Даррелл Дж.; Шалек, Алекс К.; Маналис, Скотт Р. (2016-01-06). "Микрофлюидная платформа, позволяющая проводить секвенирование РНК отдельных клеток в нескольких поколениях". Nature Communications . 7 (1): 10220. Bibcode :2016NatCo...710220K. doi : 10.1038/ncomms10220 . ISSN  2041-1723. PMC 4729820 . PMID  26732280. 
  13. ^ Ту, Энг А.; Гиран, Тодд М.; Мониан, Бринда; Морган, Дункан М.; Мехта, Навин К.; Руитер, Берт; Шреффлер, Уэйн Г.; Шалек, Алекс К.; Лав, Дж. Кристофер (декабрь 2019 г.). «Секвенирование TCR в паре с массивно параллельным 3′ РНК-секвенированием выявляет клонотипические сигнатуры Т-клеток». Nature Immunology . 20 (12): 1692– 1699. doi : 10.1038/s41590-019-0544-5 . ISSN  1529-2916. PMC 7528220 . PMID  31745340. 
  14. ^ Гален, Питер ван; Ховештадт, Фолькер; Ии, Марк Х. Уодсворт; Хьюз, Трэвис К.; Гриффин, Габриэль К.; Батталья, София; Верга, Джулия А.; Стефански, Джейсон; Пастика, Тимоти Дж.; Стори, Дженнифер Ломбарди; Пинкус, Джеральдин С. (2019-03-07). "Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity". Cell . 176 (6): 1265–1281.e24. doi : 10.1016/j.cell.2019.01.031 . ISSN  0092-8674. PMC 6515904 . PMID  30827681. 
  15. ^ abc Тирош, Итай; Изар, Бенджамин; Пракадан, Санджай М.; Уодсворт, Марк Х.; Трейси, Дэниел; Тромбетта, Джон Дж.; Ротем, Асаф; Родман, Кристофер; Лиан, Кристин; Мерфи, Джордж; Фаллахи-Сичани, Мохаммад (2016-04-08). «Диссектинг многоклеточной экосистемы метастатической меланомы с помощью секвенирования РНК отдельных клеток». Science . 352 (6282): 189– 196. Bibcode :2016Sci...352..189T. doi : 10.1126/science.aad0501 . ISSN  0036-8075. PMC 4944528 . PMID  27124452. 
  16. ^ Лор, Йенс Г.; Адальстейнссон, Виктор А.; Цибульскис, Кристиан; Чоудхури, Атиш Д.; Розенберг, Мара; Круз-Гордилло, Питер; Фрэнсис, Джошуа М.; Чжан, Чэн-Чжун; Шалек, Алекс К.; Сатия, Рахул; Тромбетта, Джон Дж. (май 2014 г.). «Полноэкзомное секвенирование циркулирующих опухолевых клеток открывает окно в метастатический рак простаты». Nature Biotechnology . 32 (5): 479– 484. doi :10.1038/nbt.2892. ISSN  1546-1696. PMC 4034575 . PMID  24752078. 
  17. ^ ab Patel, Anoop P.; Tirosh, Itay; Trombetta, John J.; Shalek, Alex K.; Gillespie, Shawn M.; Wakimoto, Hiroaki; Cahill, Daniel P.; Nahed, Brian V.; Curry, William T.; Martuza, Robert L.; Louis, David N. (2014-06-20). "Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma". Science . 344 (6190): 1396– 1401. Bibcode :2014Sci...344.1396P. doi :10.1126/science.1254257. ISSN  0036-8075. PMC 4123637 . PMID  24925914. 
  18. ^ ab Хамза, Башар; Нг, Шэн Ронг; Пракадан, Санджай М.; Дельгадо, Франциско Фейхо; Чин, Кристофер Р.; Кинг, Эмили М.; Янг, Люси Ф.; Дэвидсон, Шон М.; ДеГувейя, Келси Л.; Сермак, Натан; Навиа, Эндрю У. (2019-02-05). "Оптофлюидный сортировщик клеток в реальном времени для продольных исследований ЦОК в мышиных моделях рака". Труды Национальной академии наук . 116 (6): 2232– 2236. Bibcode : 2019PNAS..116.2232H. doi : 10.1073/pnas.1814102116 . ISSN  0027-8424. PMC 6369805 . PMID  30674677. 
  19. ^ ab Kimmerling, Robert J.; Prakadan, Sanjay M.; Gupta, Alejandro J.; Calistri, Nicholas L.; Stevens, Mark M.; Olcum, Selim; Cermak, Nathan; Drake, Riley S.; Pelton, Kristine; De Smet, Frederik; Ligon, Keith L. (2018-11-27). "Связывание измерений массы, скорости роста и экспрессии генов в отдельных клетках". Genome Biology . 19 (1): 207. doi : 10.1186/s13059-018-1576-0 . ISSN  1474-760X. PMC 6260722. PMID 30482222  . 
  20. ^ ab Ziegler, Carly GK; Allon, Samuel J.; Nyquist, Sarah K.; Mbano, Ian M.; Miao, Vincent N.; Tzouanas, Constantine N.; Cao, Yuming; Yousif, Ashraf S.; Bals, Julia; Hauser, Blake M.; Feldman, Jared (2020-05-28). "Рецептор SARS-CoV-2 ACE2 является стимулируемым интерфероном геном в эпителиальных клетках дыхательных путей человека и обнаруживается в определенных подмножествах клеток в тканях". Cell . 181 (5): 1016–1035.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.04.035 . ISSN  0092-8674. PMC 7252096 . PMID  32413319. 
  21. ^ ab Гидеон, Ханна П.; Хьюз, Трэвис К.; Уодсворт, Марк Х.; Ту, Энг Энди; Гиран, Тодд М.; Хопкинс, Форрест Ф.; Вэй, Джун-Ронг; Куммерлоу, Коннер; Грант, Николь Л.; Нарган, Кивершен; Фуа, Цзяяо (2020-10-26). «Профилирование отдельных клеток туберкулезных гранулем легких выявляет функциональные лимфоцитарные сигнатуры бактериального контроля». bioRxiv : 2020.10.24.352492. doi :10.1101/2020.10.24.352492. S2CID  226229228.
  22. ^ ab Waldman, Benjamin S.; Schwarz, Dominic; Wadsworth, Marc H.; Saeij, Jeroen P.; Shalek, Alex K.; Lourido, Sebastian (2020-01-23). ​​«Идентификация главного регулятора дифференциации у токсоплазмы». Cell . 180 (2): 359–372.e16. doi : 10.1016/j.cell.2019.12.013 . ISSN  0092-8674. PMC 6978799 . PMID  31955846. 
  23. ^ ab Darrah, Patricia A.; Zeppa, Joseph J.; Maiello, Pauline; Hackney, Joshua A.; Wadsworth, Marc H.; Hughes, Travis K.; Pokkali, Supriya; Swanson, Phillip A.; Grant, Nicole L.; Rodgers, Mark A.; Kamath, Megha (январь 2020 г.). «Профилактика туберкулеза у макак после внутривенной иммунизации БЦЖ». Nature . 577 (7788): 95– 102. Bibcode :2020Natur.577...95D. doi : 10.1038/s41586-019-1817-8 . ISSN  1476-4687. PMC 7015856 . PMID  31894150. 
  24. ^ Ранасингхе, Шриника; Ламот, Педро А.; Согоян, Дэмиен З.; Казер, Сэмюэл В.; Коул, Майкл Б.; Шалек, Алекс К.; Йосеф, Нир; Джонс, Р. Брэд; Донахи, Фейт; Нвону, Чиома; Джани, Прия (18.10.2016). «Антивирусные CD8+ Т-клетки, ограниченные человеческим лейкоцитарным антигеном класса II, существуют во время естественной ВИЧ-инфекции и демонстрируют клональную экспансию». Иммунитет . 45 (4): 917–930 . doi : 10.1016/j.immuni.2016.09.015 . ISSN  1074-7613. PMC 5077698. PMID 27760342  . 
  25. ^ ab Рагхаван, Шриватсан; Винтер, Питер С.; Навиа, Эндрю У.; Уильямс, Ханна Л.; ДенАдель, Алан; Калекар, Радха Л.; Гальвес-Рейес, Дженнифер; Лоудер, Кристен Э.; Мулугета, Нолавит; Рагхаван, Маниша С.; Борах, Ашир А. (2020-08-25). «Транскрипционные подтип-специфические микросредовые перекрестные помехи и пластичность опухолевых клеток при метастатическом раке поджелудочной железы». bioRxiv : 2020.08.25.256214. doi :10.1101/2020.08.25.256214. S2CID  221355597.
  26. ^ abc Мартин-Гайо, Энрике; Коул, Майкл Б.; Колб, Келли Э.; Оуян, Чжэнъюй; Кронин, Жаклин; Казер, Сэмюэл В.; Ордовас-Монтанес, Хосе; Лихтерфельд, Матиас; Уокер, Брюс Д.; Йосеф, Нир; Шалек, Алекс К. (2018-01-29). "Вычислительная структура, основанная на воспроизводимости, идентифицирует индуцируемое, улучшенное противовирусное состояние в дендритных клетках из элитных контроллеров ВИЧ-1". Genome Biology . 19 (1): 10. doi : 10.1186/s13059-017-1385-x . ISSN  1474-760X. PMC 5789701 . PMID  29378643. 
  27. ^ Клёверприс, Хенрик Н.; Казер, Сэмюэл В.; Мьёсберг, Дженни; Мабука, Дженниффер М.; Веллманн, Аманда; Ндхлову, Заза; Ядон, Мариса С.; Нхамоебонде, пастух; Мюнхгоф, Максимилиан; Симони, Янник; Андерссон, Франк (16 февраля 2016 г.). «Врожденные лимфоидные клетки необратимо истощаются во время острой инфекции ВИЧ-1 при отсутствии вирусной супрессии». Иммунитет . 44 (2): 391–405 . doi : 10.1016/j.immuni.2016.01.006 . ISSN  1074-7613. ПМК 6836297 . ПМИД  26850658. 
  28. ^ abc Ордовас-Монтанес, Хосе; Дуайер, Дэниел Ф.; Найквист, Сара К.; Буххейт, Кэтлин М.; Вукович, Марко; Деб, Чаарушена; Уодсворт, Марк Х.; Хьюз, Трэвис К.; Казер, Сэмюэл В.; Ёсимото, Эри; Кэхилл, Кэтрин Н. (август 2018 г.). «Аллергическая воспалительная память в клетках-предшественниках респираторного эпителия человека». Природа . 560 (7720): 649–654 . Бибкод : 2018Natur.560..649O. дои : 10.1038/s41586-018-0449-8. hdl : 1721.1/122932 . ISSN  1476-4687. PMC 6133715. PMID  30135581 . 
  29. ^ abc Smillie, Christopher S.; Biton, Moshe; Ordovas-Montanes, Jose; Sullivan, Keri M.; Burgin, Grace; Graham, Daniel B.; Herbst, Rebecca H.; Rogel, Noga; Slyper, Michal; Waldman, Julia; Sud, Malika (2019-07-25). «Внутри- и межклеточная перестройка толстой кишки человека при язвенном колите». Cell . 178 (3): 714–730.e22. doi : 10.1016/j.cell.2019.06.029 . ISSN  0092-8674. PMC 6662628 . PMID  31348891. 
  30. ^ «Техника идентифицирует Т-клетки, подготовленные к определенным аллергиям или инфекциям: исследователи разрабатывают метод выделения и секвенирования РНК Т-клеток, реагирующих на определенную цель». ScienceDaily . Получено 17.02.2021 .
  31. ^ Majumder, Partha P.; Mhlanga, Musa M.; Shalek, Alex K. (октябрь 2020 г.). «Атлас человеческих клеток и справедливость: извлеченные уроки». Nature Medicine . 26 (10): 1509–1511 . arXiv : 2010.16154 . doi : 10.1038/s41591-020-1100-4 . ISSN  1546-170X. PMID  33029017.
  32. ^ «Исследователи идентифицируют клетки, вероятно, подверженные воздействию вируса Covid-19». Новости MIT | Массачусетский технологический институт . 22 апреля 2020 г. Получено 17 февраля 2021 г.
  33. ^ "В легкие и дальше". hms.harvard.edu . 29 апреля 2020 г. Получено 17 февраля 2021 г.
  34. ^ ab Huang, Siyi; Ziegler, Carly GK; Austin, John; Mannoun, Najat; Vukovic, Marko; Ordovas-Montanes, Jose; Shalek, Alex K.; Andrian, Ulrich H. von (2021-01-21). «Лимфатические узлы иннервируются уникальной популяцией сенсорных нейронов с иммуномодулирующим потенциалом». Cell . 184 (2): 441–459.e25. doi : 10.1016/j.cell.2020.11.028 . ISSN  0092-8674. PMC 9612289 . PMID  33333021. 
  35. ^ Ниршль, Кристофер Дж.; Суарес-Фариньяс, Майте; Изар, Бенджамин; Пракадан, Санджай; Данненфельзер, Рут; Тирош, Итай; Лю, Юн; Чжу, Цянь; Деви, К. Санджана П.; Кэрролл, Шайна Л.; Чау, Дэвид (29 июня 2017 г.). «IFNγ-зависимый тканеиммунный гомеостаз используется в микроокружении опухоли». Клетка . 170 (1): 127–141.e15. дои : 10.1016/j.cell.2017.06.016 . ISSN  0092-8674. ПМК 5569303 . ПМИД  28666115. 
  36. ^ "Алекс Шалек выигрывает премию Edgerton Faculty Award". Новости MIT | Массачусетский технологический институт . 23 апреля 2020 г. Получено 11 декабря 2020 г.
  37. ^ "Премии за выдающиеся достижения в наставничестве". Офис по вопросам разнообразия, включения и партнерства в сообществах Гарвардской медицинской школы . Получено 11 декабря 2020 г.
  38. ^ "Шалек назван стипендиатом Pew-Stewart Scholar 2018 года за исследования рака – Химический факультет Массачусетского технологического института". 14 июня 2018 г. Получено 11 декабря 2020 г.
  39. ^ "IMES Professor Alex Shalek wins 2018 Sloan Research Fellowship". Институт медицинской инженерии и науки . 2018-02-15 . Получено 2021-02-09 .
  40. ^ "Алекс Шалек назначен профессором развития карьеры Pfizer-Laubach – Shalek Lab". shaleklab.com . 2 июля 2017 г. Получено 11 декабря 2020 г.
  41. ^ "Предыдущие ASA | Science Translational Medicine". stm.sciencemag.org . Получено 2021-02-17 .
  42. ^ "Шалек награжден премией NIH New Innovator Award". Институт Рагона MGH, MIT и Гарварда . 2015-10-06 . Получено 2020-12-11 .
  43. ^ "Алекс Шалек". Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Получено 11 декабря 2020 г.
  44. ^ "Searle Scholars Program". Профиль ученого Алекс Шалек . Архивировано из оригинала 5 сентября 2015 г. Получено 2 июня 2023 г.
  45. ^ abcdefgh "Алекс К. Шалек". Институт медицинской инженерии и науки . Получено 2021-02-09 .
  46. ^ Йосеф, Нир; Шалек, Алекс К.; Гаубломм, Джеллерт Т.; Джин, Хулин; Ли, Юджин; Авасти, Амит; Ву, Чуан; Карвач, Катажина; Сяо, Шэн; Йорголли, Марсела; Геннерт, Дэвид (апрель 2013 г.). «Динамическая регуляторная сеть, контролирующая дифференцировку клеток TH 17». Природа . 496 (7446): 461–468 . Бибкод : 2013Natur.496..461Y. дои : 10.1038/nature11981. ISSN  1476-4687. ПМЦ 3637864 . ПМИД  23467089. 
  • Публикации Алекса К. Шалека, проиндексированные Google Scholar
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Алекс_К._Шалек&oldid=1242743321"