Псевдонокардиевые
| Псевдонокардиевые | |
|---|---|
.jpg/1280px-Pseudonocardia_pini_NRRL_B-65534_(Type_Strain).jpg) | |
| Псевдонокардия пини на чашке с агаром | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Актиномицеты |
| Сорт: | Актиномицеты |
| Заказ: | Pseudonocardiales Labeda и Гудфеллоу 2015 [2] |
| Семья: | Pseudonocardiaceae Эмбли и др. 1989 [1] |
| Генера | |
См. текст. | |
| Синонимы | |
| |
.jpg){kind=link}
Pseudonocardiaceae — семейство бактерий в порядке Actinomycetales и единственный представитель подотряда Pseudonocardineae .
Геномика
Виды в пределах семейства Pseudonocardiaceae образуют отдельную кладу в филогенетических деревьях, основанных на конкатенированных белковых последовательностях. Кроме того, Nakamurella multipartite , в настоящее время часть порядка Frankiales , также образовала кладу с видами Pseudonocardiaceae в 100% бутстреп - репликаций филогенетических деревьев. Была идентифицирована консервативная сигнатура инделя , которая обнаружена в N. multipartite и всех, кроме одного, видах Pseudonocardiaceae. Эта одноаминокислотная вставка в UMP-киназе служит как для предоставления молекулярного маркера почти для всех Pseudonocardiaceae, так и для предположения, что N. multipartite тесно связан с этой группой. Некоторые данные также свидетельствуют о том, что порядки Pseudonocardiales и Corynebacteriales тесно связаны. Было выявлено несколько консервативных сигнатурных инделей, которые встречаются как у Pseudonocardiales, так и у Corynebacteriales, включая вставку из трех аминокислот в консервативной области мутазы UDP-галактопиранозы . Эта вставка также присутствует у N. multipartite и Geodermatophilus obscurus , другого представителя Frankiales. Кроме того, было выявлено пять консервативных сигнатурных белков, которые встречаются только в порядках Pseudonocardiales и Corynebacteriales. Гомологи белков обычно встречаются у N. multipartite и G. obscurus , что является дополнительным доказательством того, что эти два вида тесно связаны с порядками Pseudonocardiales и Corynebacteriales. [3]
Генера
Pseudonocardiaceae включает следующие роды: [4]
- Актиноаллотейхус Тамура и др. 2000
- Actinocrispum Hatano et al. 2016 год
- Актинокинеоспора Хасегава 1988
- Актиномицетоспора Цзян и др. 2008
- Actinophytocola Indananda et al. 2010 год
- Actinopolyspora Gochnauer et al. 1975 (Утвержденные списки 1980)
- Actinorectispora Quadri et al. 2016 год
- Actinosynnema Hasegawa et al. 1978 (Утвержденные списки 1980)
- Аллокуцнерия Лабеда и Кроппенштедт 2008 г.
- Аллосахарополиспора Тео и др. 2021 год
- Амиколатопсис Лешевалье и др. 1986 г.
- Бунагея Меклат и др. 2015
- Кроссиелла Лабеда 2001
- Ганджариэлла Нингсих и др. 2019 год
- Гудфелловиелла Лабеда и др. 2008 год
- Haloactinomyces Лай и др. 2017
- Haloechinothrix Тан и др. 2010
- Halopolyspora Лай и др. 2014
- Halosaccharopolyspora Teo et al. 2021 год
- Травобытцы Чжан и др. 2016 год
- Кибделоспорангиум Ширер и др. 1986
- Куцнерия Штакебрандт и др. 1994 год
- Лабедеа Ли 2012
- Ленцеа Яссин и др. 1995 г.
- Longimycelium Ся и др. 2013
- Праузерелла Ким и Гудфеллоу 1999
- Псевдонокардия Хенссена 1957 (Утвержденные списки 1980)
- Qaidamihabitans Tian et al. 2022 год
- Saccharomonospora Nonomura и Ohara 1971 (Утвержденные списки 1980)
- Saccharopolyspora Lacey и Goodfellow 1975 (Утвержденные списки 1980)
- Saccharothrix Labeda et al. 1984 г.
- Salinifilum Moshtaghi Nikou et al. 2017 год
- Сциционелла Тиан и др. 2009
- Solihabitans Джин и др. 2022
- Streptoalloteichus ( бывший Томита и др. 1978) Томита и др. 1987
- Жители Тамаричи Цинь и др. 2015 год
- Thermocrispum Korn-Wendisch et al. 1995 год
- Термотуника Ву и др. 2014
- Умезаваэа Лабеда и Кроппенштедт, 2007 г.
Филогения
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN). [4] Филогения основана на анализе всего генома. [5] [a]
| |||||||||||||||||||
Примечания
- ^ Actinocrispum , Actinorectispora , Bounagaea , Crossiella , Gandjariella , Haloactinomyces , Halopolyspora , Halosaccharopolyspora , Herbihabitans , Labedaea , Longimycelium , Salinifilum , Solihabitans , Tamaricihabitans и Thermotunica не включены в это филогенетическое дерево.
Ссылки
- ^ Embley MT, Smida J, Stackebrandt E (1988). «Филогения актиномицетов IV с хемотипом стенки без миколата и описание семейства Pseudonocardiaceae fam. nov». Syst. Appl. Microbiol . 11 : 16–19. doi :10.1016/S0723-2020(88)80047-X.
- ^ Labeda DP, Goodfellow M (2012). "Order XIII. Pseudonocardiales ord. nov.". В Goodfellow M, Kämpfer P, Trujillo ME, Suzuki K, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 5 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. стр. 1301.
- ^ Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетические рамки и молекулярные сигнатуры для основных кладов филума актинобактерий». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. doi :10.1128/MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973 .
- ^ ab Euzéby JP, Parte AC. "Pseudonocardiaceae". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 9 июня 2021 г.
- ^ Nouioui I, Carro L, García-López M, Meier-Kolthoff JP, Woyke T, Kyrpides NC, Pukall R, Klenk HP, Goodfellow M, Göker M (2018). "Геномная таксономическая классификация типа актинобактерий". Front. Microbiol . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . PMC 6113628. PMID 30186281 .
