Мотив РНК ARRPOF
| АРРПОФ | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности РНК ARRPOF | |
| Идентификаторы | |
| Символ | АРРПОФ |
| Рфам | РФ02933 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Ген ; мРНК |
| ТАК | SO:0001263 |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив РНК ARRPOF представляет собой консервативную структуру РНК , которая была обнаружена биоинформатикой . [1]
Большинство примеров мотива ARRPOF найдены в образцах ДНК окружающей среды, а организм-хозяин неизвестен. Единственный классифицированный организм с мотивом ARRPOF — Fusobacterium nucleatum , а экземпляр мотива ARRPOF найден в плазмиде pKH9.
Предполагается, что мотив ARRPOF связан с репликацией плазмиды . [1] Плазмида pKH9 имеет ген rep . Хотя известно, что эти гены необходимы для репликации некоторых плазмид, когда этот ген rep был удален из плазмиды pKH9, плазмида все еще была способна реплицироваться. [2] Была обнаружена другая область плазмиды pKH9, необходимая для репликации, [2] и мотив ARRPOF встречается в части этой области. [1]
Поскольку репликация плазмиды включает молекулы ДНК , которые временно являются одноцепочечными, было также высказано предположение [1] , что мотив ARRPOF, возможно, функционирует как одноцепочечная ДНК, а не как РНК. С точки зрения вторичной структуры , РНК и ДНК трудно различить, когда доступна только информация о последовательности.
Ссылки
- ^ abcd Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (октябрь 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811–10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
- ^ ab Bachrach G, Haake SK, Glick A, Hazan R, Naor R, Andersen RN, Kolenbrander PE (декабрь 2004 г.). «Характеристика новой плазмиды Fusobacterium nucleatum pKH9 и доказательства наличия системы зависимости». Appl. Environ. Microbiol . 70 (12): 6957–6962. doi :10.1128/AEM.70.12.6957-6962.2004. PMC 535169. PMID 15574887 .
