Анализ сходств

Непараметрический статистический тест

Анализ сходств (ANOSIM) — непараметрический статистический тест , широко используемый в области экологии . Тест был впервые предложен KR Clarke ^[1] как тест типа ANOVA , где вместо работы с необработанными данными используется ранжированная матрица различий.

Учитывая матрицу различий рангов между наборами образцов, каждый из которых принадлежит одному сайту (например, одной группе лечения ), ANOSIM проверяет, можем ли мы отвергнуть нулевую гипотезу о том, что сходство между сайтами больше или равно сходству внутри каждого сайта.

Тестовая статистика R рассчитывается следующим образом:

R={\frac {r_{B}-r_{W}}{M/2}}

где r_B — среднее значение рангового сходства пар образцов (или репликатов), происходящих из разных сайтов, r_W — среднее значение рангового сходства пар среди репликатов в пределах сайтов, а M = n ( n − 1)/2, где n — количество образцов.

Статистика теста R ограничена значениями от −1 до 1, где положительные числа предполагают большее сходство внутри сайтов, а значения, близкие к нулю, представляют отсутствие различий между сайтами и сходства внутри сайтов. Отрицательные значения R предполагают большее сходство между сайтами, чем внутри сайтов, и могут повысить вероятность неправильного назначения образцов сайтам.

Для проверки гипотез , где нулевая гипотеза заключается в том, что сходства внутри сайтов меньше или равны сходствам между сайтами, статистика R обычно сравнивается с набором значений R′ , которые достигаются посредством случайного перемешивания меток сайтов между образцами и вычисления результирующего R′ , повторяемого много раз. Процент раз, когда фактическое значение R превосходило значения R′ , полученные перестановками , является p-значением для фактической статистики R.

Ранжирование различий в ANOSIM и NMDS (неметрическое многомерное шкалирование) идут рука об руку. Объединение обоих методов дополняет визуализацию групповых различий вместе с проверкой значимости . ^[2]

ANOSIM реализован в нескольких статистических программах, включая PRIMER, пакет R Vegan ^[3] и PAST.

Ссылки

^ Кларк, KR (1993). «Непараметрический многомерный анализ изменений в структуре сообщества». Austral Ecology . 18 (1): 117– 143. doi :10.1111/j.1442-9993.1993.tb00438.x. ISSN 1442-9985.
^ Буттиджиг, Пьер Луиджи; Раметт, Альбан (2014). «Руководство по статистическому анализу в микробной экологии: ориентированный на сообщество, живой обзор многомерных анализов данных». FEMS Microbiology Ecology . 90 (3): 543– 550. doi : 10.1111/1574-6941.12437 . hdl : 21.11116/0000-0001-C4CA-E . ISSN 0168-6496. PMID 25314312.
^ "vegan: пакет R для общественных экологов" . Получено 2023-06-13 .

Внешние ссылки

http://www.pisces-conservation.com/caphelp/index.html?anaанализofsimilarity(anosim.html
https://bizfluent.com/about-5475541-similarities-between-swot-pest-anaанализ.html

[Clarke1993-1] Кларк, KR (1993). «Непараметрический многомерный анализ изменений в структуре сообщества». Austral Ecology . 18 (1): 117– 143. doi :10.1111/j.1442-9993.1993.tb00438.x. ISSN 1442-9985.

[ButtigiegRamette2014-2] Буттиджиг, Пьер Луиджи; Раметт, Альбан (2014). «Руководство по статистическому анализу в микробной экологии: ориентированный на сообщество, живой обзор многомерных анализов данных». FEMS Microbiology Ecology . 90 (3): 543– 550. doi : 10.1111/1574-6941.12437 . hdl : 21.11116/0000-0001-C4CA-E . ISSN 0168-6496. PMID 25314312.

[3] "vegan: пакет R для общественных экологов" . Получено 2023-06-13 .