ABCdb
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных ABCdb по системам транспортеров ABC в прокариотических геномах. |
Типы собираемых данных | Транспортеры АТФ-связывающих кассет (ABC) |
| Организмы | прокариоты |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Тулузы , CNRS |
| Лаборатория | ЛМГМ |
| Первичная цитата | PMID 16499625 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www-abcdb.biotoul.fr/ |
| Инструменты | |
| Веб | расширенный поиск, BLAST |
| Разнообразный | |
| Политика кураторства | да - автоматический и ручной |
| Добавляемые в закладки сущности | да |
ABCdb — это биологическая база данных для транспортеров аденозинтрифосфатсвязывающей кассеты (ABC), кодируемых полностью секвенированными геномами архей и бактерий . Эти белки важны для транспортировки веществ в клетки и встречаются во всех живых организмах.
биологическая функция систем ABC
Большинство систем ABC функционируют при транспортировке соединения через мембрану в клетку (импортер) или наружу (экспортер), для чего система генерирует энергию путем гидролиза аденозинтрифосфата (АТФ) . Транспортеры ABC встречаются во всех живых организмах.
Система транспортера ABC состоит как минимум из двух компонентов: кассеты связывания АТФ и трансмембранного домена или домена, охватывающего мембрану . Обычно это отдельные белки или могут встречаться в виде белковых доменов . Типичный транспортер ABC состоит из двух доменов связывания нуклеотидов, которые активируют транспорт посредством гидролиза АТФ, и двух доменов, охватывающих мембрану, которые действуют как мембранный канал для субстрата. Импортерам требуется белок, связывающий растворенное вещество, который распознает и связывает субстрат .
Различные партнеры системы ABC обычно кодируются соседними генами.
Функции
Белки ABC образуют суперсемейство белков, кодируемых большими семействами паралогичных генов. Анализ последовательности показывает, что члены суперсемейства ABC могли расходиться с общими предковыми формами, и позволяет организовать белки ABC в подсемейства. Классификация систем ABC на (под-)семейства может помочь предсказать , какие субстраты могут транспортироваться системой.
ABCdb — это общедоступный ресурс , [1] с помощью которого можно:
- выберите штамм из древа видов и просмотрите все его системы ABC, классифицированные по (под)семействам.
- для определенного (под)семейства ABC сравните все белки полностью секвенированных прокариот.
- используйте последовательность белка и проанализируйте ее с помощью ABCdb, чтобы найти аннотации для похожих белков
Смотрите также
- Мембранный транспортный белок
- База данных классификации транспортеров TCDB
- Транспортеры ABC
- АТФ-связывающий домен ABC-транспортеров
- Трансмембранный домен ABC-транспортеров
Ссылки
Внешние ссылки
- http://www-abcdb.biotoul.fr/ Сайт ABCdb
