Синтаза 2-сукцинил-5-енолпирувил-6-гидрокси-3-циклогексен-1-карбоновой кислоты
| Синтаза 2-сукцинил-5-енолпирувил-6-гидрокси-3-циклогексен-1-карбоновой кислоты | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 На этом изображении показаны две цепи, которые объединяются, образуя этот фермент. | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Номер ЕС | 2.2.1.9 | ||||||||
| Номер CAS | 122007-88-9 | ||||||||
| Базы данных | |||||||||
| ИнтЭнз | IntEnz вид | ||||||||
| БРЕНДА | запись BRENDA | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme вид | ||||||||
| КЕГГ | запись KEGG | ||||||||
| МетаЦик | метаболический путь | ||||||||
| ПРИАМ | профиль | ||||||||
| Структуры PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| |||||||||
В энзимологии СЕФХК-синтаза ( КФ 2.2.1.9), кодируемая геном menD в E. coli , является ферментом, катализирующим вторую стадию биосинтеза менахинона (витамина К2). Двумя субстратами этого фермента являются 2 - оксоглутарат и изохоризмат. Продуктами этого фермента являются 5-енолпирувоил - 6-гидрокси-2-сукцинил-циклогекс-3-ен-1-карбоксилат и CO2 . Он принадлежит к семейству трансфераз.
Классификация
Этот фермент принадлежит к семейству ферментов, которые переносят альдегидные или кетоновые группы . Если говорить конкретно, этот фермент принадлежит к семействам транскетолаз и трансальдолаз. Распространенные названия фермента:
- МенД
- Синтаза SEPHCHC
- Синтаза 2-сукцинил-5-енолпирувил-6-гидрокси-3-циклогексен-1-карбоновой кислоты
- Систематическое название: изохоризмат:2-оксоглутарат 4-оксопентаноаттрансфераза
Реакция
В биосинтезе витамина К SEPHCHC участвует во втором этапе пути. [1] Тип реакции — декарбоксилирование, и для максимальной активности этот фермент использует кофактор Mg2+, ион магния. [2] В предыдущие годы считалось, что эта реакция приводит к SHCHC, продукту MenH . После дальнейших исследований мы теперь знаем, что эта реакция является новым этапом пути. Фактический продукт этого фермента может спонтанно терять пируват . [3]
Структура
Структуры показывают стабильную ассоциацию димеров в соответствии с гель-фильтрацией, а аналитические исследования подтверждают классификацию MenD в семействе пируватоксидазы. Активный сайт является высокоосновным с гидрофобным участком. Эти особенности соответствуют химическим свойствам субстратов. [4]
Гомологи
Существует много похожих структур MenD. Хотя он обычно встречается в E. Coli , но может быть найден и в других организмах. Bacillus subtilis и Mycobacterium tuberculosis являются двумя гомологами. Все организмы имеют нечто общее, катализируя реакции декарбоксилирования.
Ссылки
- ^ "Вход фермента EC: 2.2.1.9". ExPASy .
- ^ "The Enzyme List Class 2" (PDF) . Сентябрь 2010 . Получено 25 августа 2016 .
- ^ "Фермент 2.2.1.9". KEGG .
- ^ PDB : 2jla ; Dawson A, Fyfe PK, Hunter WN (декабрь 2008 г.). «Специфичность и реактивность в биосинтезе менахинона: структура Escherichia coli MenD (2-сукцинил-5-енолпирувил-6-гидрокси-3-циклогексадиен-1-карбоксилатсинтазы)». Журнал молекулярной биологии . 384 (5): 1353–68. doi :10.1016/j.jmb.2008.10.048. PMC 3656419 . PMID 18983854.
